Kolmas eli metafysillinen todistus (XXIV–XXIX).
Mutta vaikka sielun olossa oleminen kuolemankin jälkeen siis jo täten on todistettu, ryhtyy Sokrates vielä uuteenkin todistukseen, koska luulee huomaavansa, että sekä Kebes että Simmias vielä epäilevät. Tähän saakka ei ole vielä ollut kysymystä sielun oikeasta laadusta, sen luonnosta, sielun käsitteestä, ja muut todistukset kuin ne, jotka ovat tästä otetut, eivät täysin riitä. Sokrates siis nyt selittämään, mitä laatua sielu on. Sielu on liittämätön, aina samana pysyväinen ja yhdenkaltainen, joittenka laatusanojen vastakohtina ovat: liiteperäinen, milloin minkin kaltainen eikä koskaan samana pysyvä. Jos nyt kysytään, mikä näistä vastakohdista on semmoinen, että sen sopii haihtua, rau’eta ja kuolla, niin totta kait liiteperäisen sopii hajaantua samalla tavalla, kuin se kokoonkin pantiin, mutta liittämättömän sopii, aina samana, pysyväisenä, iäti pysyä ja elää. Myöskin on sielu näkymätön ja jumalallisen kaltainen, ja semmoisenakin sen tulee elää, kun sitä vastoin sen vastakohdan, nim. näkyväisen, ruumiillisen, inhimillisen, tulee kuolla.
Tähän todistukseen liittäypi nyt siveydellinen katsaus (XXX–XXXIV): Ainoastaan puhdas sielu voi joutua itsensä kanssa samanlaatuisen, s. o puhtaan luo, se on: jumaliin. Mutta jos se ruumiin himojen kautta on tullut saastaiseksi ja totuutta vihaa, niin ajelehtii se hautojen ympäri, siksi että se määrätyn ajan perästä joutuu sisälliseen laatuunsa vastaavaan eläin-ruumiisen. Mutta jumaliin pääsee filosofin sielu, joka oikeata hyvettä harrastaa, totuutta etsii ja ruumiista irtaantuu.
Nyt tulee hetken äänettömyys, jonka perästä seuraa: a) Simmiaan väite (XXXV–XXXVI) että sitä samaa, mitä äsken sanottiin sielusta, voisi sanoa myöskin esim. lyyryn harmoniasta eli soinnusta, ja kenpä tiesi sielu ei olekaan mitään muuta kuin harmoniaa; b) Kebeen väite (XXXVI–XXXVII) ettei sielun ijankaikkisuus sittenkään ole hänen mielestään täysin todistettu, koska sielu kyllä voi ruumiin kuoleman jälkeen vielä kauankin elää, mutta sillä ei ole sanottu, että se ijankaikkisesti elää, koska se voisi, yhä uusia ruumiita asuntoinaan käyttämällä ja käyttäen, kulumistaan kulua ja sittenkin vihdoin kuolla.
Sitten kerrotaan, mitä nämä vastaväitteet vaikuttivat kuulijoihin, ja Sokrates kehoittaa välipuheessa Faidonin kanssa urhollisesti sotimaan epäilystä vastaan sekä varoittaa filosofiallisten tutkistelujen vihaamista vastaan (XXXVIII–XL), jonka perästä seuraa Sokrateen vastaväitteet a) Simmiasta ja b) Kebestä vastaan.
Vastaväite Simmiasta vastaan (XLI–XLIII). Sitä väitettä vastaan, että sielu muka olisi harmonia, sotii se seikka, joka jo on myönnetty, että sielu on olemassa ennen ruumista, jota ei voi sanoa soinnusta. Siitä seuraisi myöskin se selvä vääryys, ettei olisi mitään eroitusta hyvän ja pahan välillä. Sielun luontoon kuuluu myöskin, että se voi hallita ruumista, mutta sointu riippuu aina ruumiista (soittokoneesta), mitenkä voisikaan siis sielu olla sointua.
Vastaväite Kebestä vastaan (XLIV–LVI). Ensiksi Sokrates uudestaan kertoo ne väitteet, joita Kebes oli tehnyt (XLIV) ja ryhtyy sitten näitä väitteitä vääriksi todistamaan pitemmän tutkimuksen kautta, josta syntyy: