Sorge und Schrecken verbreitete sich in Wittenberg als der Hauptfestung
Kursachsens und dem geistigen Hauptbollwerk des Protestantismus, und
ganz besonders im Schwarzen Kloster, von dem aus der Sturm gegen das
Papsttum begonnen war.

Im Sommer kamen unter Hauptmann von Mila viele gute Kriegsknechte in die Stadt, auch viel Proviant, Büchsen und Pulver. Die einen waren ordentlich und fromm, andere lebten roh und praßten. Die Bürger zogen mit den Kriegsknechten auf die Wache, ergriffen Spieße, Hellebarden und Arkebusen und bezogen die Schanzen, Hans Lufft, der Drucker mit seinen Gesellen, den großen Berg, wo die „Singerin“, ein großes Geschütz, aufgestellt war. Eine spätere Nachricht erzählt, daß auch Hans Luther als Fähnrich in den „kaiserischen Elbkrieg“ gezogen sei[617].

Alles war in Aufregung, namentlich als Herzog Moriz von Sachsen, dem schon Luther Verrat an der evangelischen Sache zugetraut hatte, sich auf die Seite des Kaisers schlug und in Kursachsen einfiel, von den Welschen und „Hussern“ des Königs Ferdinand begleitet[618].

Die Universität begann sich zu zerstreuen aus Furcht vor Belagerung. Der
Krieg näherte sich. Am 6. November wird Zwickau umzingelt, daher die
Hochschule aufgelöst. Am 9. kommt die Kunde, Zwickau sei an Moriz
übergeben und das feindliche Kriegsvolk ziehe auf Wittenberg heran.
Jetzt flüchtete alles, was konnte, aus der festen Stadt: Greise, Weiber,
Kinder, nach allen Richtungen in zahllosen Wagen, während der fallende
Winterschnee Menschen, Tiere und Gefährte bedeckte. Nur Pfarrer und
Schulmeister blieben zurück von den Beamten[619].

Frau Käthe hatte schon vor vierzehn Tagen ihren Wagen einspannen und außer ihren Kindern das Wertvollste und Notwendigste an Hab und Gut aufladen lassen. Auch der Neffe Fabian Kaufmann und wohl noch andere Verwandte und Tischgenossen waren bei dem traurigen Zug; der Famulus Wolf aber blieb zur Hut des Hauses zurück. Die Flucht ging über Dessau und Zerbst nach dem festen Magdeburg, wohin sich die meisten Professoren begaben; nur Melanchthon blieb mit seiner Familie in Zerbst, wo er einen kleinen Schülerkreis sammelte, kam aber öfters nach Magdeburg herüber. Fabian wurde später nach Wittenberg zurückgeschickt, wo neben Kreuziger und Bugenhagen auch Paul Eber verblieben war, der sich des jungen Menschen annehmen konnte; wahrscheinlich sollte Fabian in der Stadt mit Wolf Sieberger auf das Schwarze Kloster und den Lutherischen Besitz achtgeben.

Bald kam die betrübende Kunde von Wittenberg: „Man hat (am 16. November) die Vorstädte samt allen Gärten und Lusthäusern weggebrannt, die Aecker verwüstet und ist den armen Leuten wohl eine Tonne Goldes Schaden geschehen und ein großer Jammer.“ Dann kam Moriz mit seinen Meißnern und mit König Ferdinands „Hussern“, und sie streiften bis an die Mauern der Stadt und schrieen hinein. Herzog Moriz, des „Teufels Ritter und Soldat“, berannte die Stadt am 18. November. Da hieß es nach dem Liede:

Zu Wittenberg auf dem hohen Wall
Hört man die Büchsen krachen.

Der Sturm wurde abgeschlagen, aber die „Hussern“ plünderten und schändeten in der Umgegend[620].

Indessen diesmal ging die Belagerung Wittenbergs rasch vorüber; denn Moriz wurde um Weihnachten von dem aus Süddeutschland herbeigeeilten Kurfürsten zurückgetrieben. Jedoch der Krieg in Sachsen dauerte fort und an eine Heimkehr nach Wittenberg war nicht zu denken; nur Melanchthon war einmal Mitte Januar 1547 dort[621].

Der Aufenthalt in Magdeburg war nichts weniger als behaglich, Unterkunft war gar schwer zu finden; dem Stadtrat war die Masse der Schüler unbequem. Die Nachbarschaft, besonders die Halloren, waren gegen sie aufgebracht und bedrohten sie. Daher suchten die Professoren andere Stellungen, namentlich Major mit seiner zahlreichen Familie[622].