Einfacher gestaltete sich das Sammeln auf botanischem Gebiet. Die Anlage eines Herbariums und einer Sammlung lebender Pflanzen betrachtete ich als die Hauptsache und nahm daher aus dem botanischen Garten von Buitenzorg zwei Malaien, einen Mantri, Sĕkarang, und einen Pflanzensucher, Amja, mit, die beide im stande waren, selbständig ihre Arbeit auszuführen. Meine Aufgabe bestand daher nur darin, ihnen für ihre botanischen Exkursionen Führer und Träger zu verschaffen und etwas Aufsicht zu üben.
Belehrt durch unsere Erfahrungen von der Reise 1896–97 gelang es uns diesmal am oberen Mahakam, eine Sammlung der verschiedensten Pflanzen, und zwar 500 Exemplare, lebend aus dem Innern Borneos nach Buitenzorg zu transportieren. Dabei hatten die am Anfang unseres Zuges am Blu-u gesammelten Pflanzen sechs Monate lang dort gepflegt werden müssen.
Beim Aufbewahren lebender Pflanzen verfuhren wir folgendermassen: wenn möglich, wurden junge Exemplare aus dem Boden genommen und zwar so, dass, um die feinen Wurzelenden nicht zu verletzen, gleichzeitig auch eine grössere Menge Erde herausgehoben wurde. Zu Hause angekommen setzten wir die Pflanzen sogleich in Bambuskörbe in eine Erde, die aus Humus, Flusssand und etwas feiner Holzkohle bestand. Die gleiche Erde wird in Buitenzorg in den Treibhäusern benützt. Unter dem dichten Laubwerk der Fruchtbäume bei der Wohnung der Malaien wurde ein Grundstück vor Besuchen von Kindern, Hunden, Schweinen und Hühnern durch Bambuslatten geschützt und die Pflanzen unverdeckt auf Holzgestellen niedergesetzt und täglich versorgt. Auf diese Weise kamen während unseres Aufenthaltes am Mahakam nur wenige Pflanzen um. Bei unserer Abreise zur Küste wurden die Körbe mit den Pflanzen in Holzkisten von ungefähr 4 × 6 dm Bodenfläche und 5 dm Höhe dicht neben einander gesetzt. Die Kisten hatte ich grösstenteils an Ort und Stelle anfertigen lassen.
Die ganze Sammlung umfasste 37 derartiger Kisten; sie wurde in ein grosses Boot gesetzt und mittelst eines Palmblattdaches vor Sonne und Regen geschützt. An jedem Ort, wo wir länger als eine Nacht blieben, wurden alle Kisten aus dem Boot genommen und ans Ufer getragen, wo man die Pflanzen im Schatten der frischen Luft aussetzte. Für die Seereise wurden die Kisten mit Rotangschirmen, über die weisser Kattun gespannt worden war, überdeckt. Durch ständiges Benetzen des Kattuns blieb die Atmosphäre unter diesem Dach auch während der Hitze auf der Seereise und später während der Eisenbahnfahrt stets genügend kühl. Obwohl zwischen der Abreise vom Blu-u und der Ankunft in Buitenzorg zwei Monate lagen, hatten sämmtliche Pflanzen in dieser Zeit doch nur wenig gelitten.
Die Ausrüstung für das Herbarium bestand hauptsächlich in grobem chinesischem Packpapier, das sich zum Pflanzentrocknen sehr gut eignet.
Während eines Aufenthaltes auf einem freien Platz, wie eine Bahauniederlassung ihn bietet, konnte man die Pflanzen der Sonne aussetzen; in der feuchten Waldatmosphäre jedoch mussten sie zwischen vielen Bogen Papier vorsichtig über dem Feuer getrocknet werden.
Grosse fleischige Früchte, die sich zum Trocknen nicht eigneten, und Blüten, die eine besondere Aufbewahrung verlangten, wurden ebenfalls in eine Formollösung gelegt. Die Farben der Orchideenblüten erhielten sich auffallend gut in einer Formollösung im Verhältniss von 1 : 5.
Unerwartete Schwierigkeiten bot das trockene Aufbewahren von Früchten und Samen zwecks späteren Aussäens. Trotz der sorgfältigen Behandlung, die sie seitens der hierin erfahrenen Javaner erfuhren, hatten bei Ankunft in Buitenzorg doch beinahe alle die Keimkraft verloren. Der Grund hierfür lag nicht in der Behandlung, sondern in der Eigentümlichkeit der Samen vieler tropischer Pflanzen, in beträchtlich kurzer Zeit die Keimfähigkeit einzubüssen; wir hätten daher die Samen sogleich aussäen und später die jungen Pflänzchen transportieren sollen.
Die vielen kleineren Ausflüge, die wir während unseres Aufenthalts am Blu-u zu benachbarten Stämmen unternahmen, kamen mehr den botanischen als den zoologischen Sammlungen zu gute. Wir beobachteten immer wieder, dass eine bestimmte Gegend zahlreiche ihr eigene Pflanzenarten besass, denen wir an einem anderen Orte nie wieder begegneten. In dem so gleichförmig aussehenden Urwald trafen wir hauptsächlich auf bestimmten Bergen eine eigene Vegetation, die auf gleichartigen benachbarten Bergen nicht mehr zu finden war.