Dieser Tadel veranlaßte den Herzog, durch seine Räte eine Anklageschrift gegen den gehaßten Erzbischof aufsetzen zu lassen, in welcher alles Material, auch haltlose Verleumdungen, aus der langen Regierungszeit Wolf Dietrichs zusammen getragen wurde. Als Hauptverbrechen wurde das Verhältnis des Erzbischofs zu Salome Alt hingestellt und behauptet, Wolf Dietrich sei trotz des Zölibatsgebotes mit Salome verheiratet gewesen. Ein ungeheures Sündenregister, auch die Behauptung vom Abfall von der katholischen Kirche, Verbindung mit der Union, beabsichtigtet Säkularisation des Erzstiftes, Konspiration mit Christian von Anhalt, dem Oberhaupt der protestantischen Union u.s.w. war enthalten, wanderte mit einer eigenen Gesandtschaft nach Rom, und der Herzog betrieb die Exkommunikation und öffentliche Absetzung Wolf Dietrichs als Ketzer und Apostaten.
Dem Papst war aber nicht darum zu thun, diese Angelegenheit, welche durch die bayerische Anklageschrift einen gehässigen Charakter bekommen hatte, zur öffentlichen Diskussion Europas zu stellen; Paul V. ließ die Sache vielmehr von einer Kardinalskongregation in aller Stille untersuchen.
Das Ergebnis lautete nach monatelanger Untersuchung: 1. Der Verdacht, Wolf Dietrich habe Ketzer begünstigt, konnte nicht bewiesen werden; 2. die Resignation ist solange ungültig, bis Wolf Dietrich den Verzicht vor einem päpstlichen Nuntius abgegeben habe.
Der Herzog mochte vielleicht solch milde Auffassung in Rom befürchtet haben, weswegen seine Gesandten Auftrag hatten, in diesem Falle rundweg zu erklären, daß der Herzog von Bayern die Verantwortung für alle daraus entspringenden Gefahren auf das Reich und die katholische Religion ablehne und von neuem das Äußerste versuchen werde, um „diesen Mann“ beiseite zu schaffen.
Diese Erklärung unter erneutem Hinweis für die Kardinäle, daß Wolf Dietrich Protestant werden wollte, sowie das Drängen des Kapitels verfehlte die beabsichtigte Wirkung nicht, die Stimmung im Vatikan schlug zu Ungunsten Wolf Dietrichs um. Der Papst delegierte den in Graz regierenden Nuntius, Anton Diaz, zur Abnahme der Resignation wie zur Erklärung, daß Wolf Dietrich nun päpstlicher Gefangener sei.
Der Winter wich zögernd aus Salzburgs Bergen, der Vorfrühling setzte ein mit Sturm und Regen. Wolf Dietrich saß noch immer auf Hohensalzburg gefangen, abgeschlossen von der Außenwelt, und genoß bei erträglicher Verpflegung nur die minimale Begünstigung, an regenlosen Tagen einige Stunden lang im Burghofe sich ergehen zu dürfen.
Im März endlich traf der Nuntius Diaz in Salzburg ein und wurde nun ein
Tag zur Abnahme der Resignation bestimmt. Als Ort hierzu wurde die
Klosterkirche auf dem Nonnberg ausersehen und diese von Soldaten ringsum
dicht besetzt.
Unter militärischer Eskorte kam Wolf Dietrich von der Veste herab in diese Kirche und wurde in die Sakristei geführt, wo der Nuntius nebst drei Dienern harrte. Sofort wurde die Sakristei verriegelt.
Einer der Diener mußte die Stelle des Notars, die übrigen Dienste als Zeuge leisten. Dem Erzbischof wurde die päpstliche Verzichturkunde vorgelesen und befohlen, zum Zeichen seiner Einwilligung die Hand auf die Brust zu legen.
Wolf Dietrich protestierte gegen einige Stellen, die zu ändern der
Nuntius gelobte.