Gegen Schweden führte Lübeck im Bunde mit Dänemark von 1563 bis 1570 den letzten Seekrieg, Lübeck stand allein. Als die hansischen Abgeordneten den Fehdebrief an König Erich XIV. überbrachten, verwies er sie an den Rat der Stadt Stockholm. „Könige müßten Königen, Bürger und Bauern aber ihresgleichen den Absagebrief senden.“
Lübecks Macht war noch nicht ganz zu verachten. Die Stadt gesellte der einundvierzig Schiffe starken dänischen Flotte unter Peder Skramm noch dreizehn lübische zu.
Der Krieg begann auch nicht ungünstig. Das Jahr 1564 brachte ein unentschiedenes Gefecht bei Öland. Am 30. Mai 1565 errangen die Verbündeten zwischen Öland und Gotland einen Sieg über die Schweden. Drei Tage lang wurde gefochten und das schwedische Admiralschiff, der Makeloes, das 173 Geschütze trug, erobert. Jakob Bagge, den schwedischen Admiral, brachten die Lübecker als Gefangenen heim.
Von nun an neigte sich das Glück den Schweden zu. Im Jahre 1565 flog das größte lübische Schiff, der ‚Engel‘, infolge einer Unvorsichtigkeit der eigenen Besatzung in die Luft. Dann führten die Schweden einen Handstreich gegen Travemünde aus, dem das neue hansische Admiralsschiff, der ‚Morian‘, nur mit knapper Not entging. Im Juli siegten die Schweden in einer Zweitageschlacht zwischen Rügen und Bornholm. Die Verbündeten verloren diesmal den dänischen und deutschen Admiral und fünfhundert Mann.
Nach einem unentschiedenen Treffen bei Gotland im Jahre 1566 wurde die dänische und deutsche Flotte bei Wisby vom Sturm überrascht. Drei lübische und zehn dänische Schiffe gingen zugrunde, darunter der ‚Morian‘ mit dem Admiral und dem Bürgermeister von Lübeck an Bord.
In den letzten Kriegsjahren gab’s keine Seeschlachten mehr; die Schweden gingen nicht mehr in See. Die Stadt Lübeck ließ ein für die damalige Zeit sehr großes Schiff, den ‚Adler‘, in diesen Jahren gegen die Schweden kreuzen.
Lübeck bemühte sich, die übrigen Hauptstädte der Hanse zum Beitritt zu bewegen, doch vergebens. Der alte Unternehmungsgeist war dahin, von der Hanse war nichts mehr zu erwarten. Äußerlich hatten die alten Städte noch den Anschein von Kraft und Wohlstand, aber der Geist der alten Seefahrer war nicht mehr lebendig, die Hanse war fortan bis zur Auflösung im Jahre 1630 nur noch ein Name, den die Ausländer nicht achteten.
Es fehlte keineswegs an Bemühungen, die Hanse wieder zur Bedeutung emporzuheben. So hieß es in der Botschaft Ferdinands II. an die hansische Versammlung zu Lübeck im Jahre 1627:
„Der Kaiser Ferdinand II. wollte die Gelegenheit nicht versäumen, die Hansestädte wieder zu altem Flor, Ansehen und Hoheit herzustellen, da sie durch die Ausländer seit geraumer Zeit nicht allein merklich unterdrückt, sondern ihnen auch von fremden Potentaten die freie Schifffahrt gesperrt, ihre Schiffe überfallen, geplündert oder in Grund geschossen und ihnen zum Hohn und Spott deutscher Nation von ausländischen, monopolischen Gesellschaften das Brot gleichsam vor der Faust abgeschnitten sei.“ —
Bei der Botschaft blieb es; die Ereignisse bewiesen, daß der kriegerische Geist dahin war. Erst unsere Zeit konnte dem Deutschen Reiche wieder zu einer Seegeltung verhelfen.