Der Künstler rächte sich an der Verwaltung des Museums zunächst dadurch, daß er in die Medaillons über den Fenstern, die sich neben den großen Fresken befinden, zwei Köpfe malte, die wohl mit Recht als die „verbissene“ und die „dumme Kritik“ aufgefaßt werden. Auch die berühmteren Fratzen an der Kunsthalle (Seite 6), die er einige Zeit später als Schlußsteine der Fenster im Erdgeschoß zum Teil selber in Stein gemeißelt hat, sind eine Künstlerrache. Sie sind zugleich eine Kritik der in der Vaterstadt Böcklins besonders gefährlichen Gewohnheit, alle wichtigen Entscheidungen durch Kommissionen treffen zu lassen, wo der Gescheitere auf die Dümmeren hört oder von ihnen überstimmt wird.
Über die monumentale Verhöhnung der eigenen Person hat man sich in den Kommissionen erst mächtig aufgeregt und den Gedanken ernstlich erwogen, dies alles zu vernichten, aber man schob auch da den mutigen Entschluß hinaus, bis endlich die zunehmende Freude der Nichtverhöhnten jeden Gedanken an eine Zerstörung der Denkmäler unmöglich machte.
Das Schlimmste war, daß der Künstler für immer die Lust an solchen Schöpfungen verloren hat, auf die eine Körperschaft einen stärkeren Einfluß gewinnen kann als auf die Entstehung eines Staffeleibildes. Es sind noch mehrmals Verhandlungen wegen monumentaler Arbeiten mit ihm angeknüpft worden. Einmal noch ist auch das Feuer der Begeisterung für eine Arbeit im großen bei ihm aufgelodert. Es war, als im Jahre 1880 das Breslauer Museum an ihn herangetreten war. Es war umsonst. Andere Anträge hat er gleich von der Hand gewiesen.
Böcklin war aber vielleicht besser als alle Zeitgenossen zu monumentalen Schöpfungen veranlagt. Er war auch vielleicht für nichts so wie für das Wandbild veranlagt und seine Entwicklung drängte seit den sechziger Jahren zum Großdekorativen hin. Eine Reihe meisterhafter Fresken über Deutschland zerstreut hätte der deutschen Malerei eine andere und höhere Entwicklung geben können und auch eine selbständigere zur Zeit, als sie der Hegemonie der Franzosen verfiel.
Den stärksten Eindruck werden von all den Basler Fresken wohl auf jeden zuerst die beiden großen Landschaften des Sarasinschen Gartenhauses machen. Hier ist Böcklin erstaunlich groß und einfach, ohne leer zu sein. Es liegt über diesen Schöpfungen ein Zauber, der fast feierlich stimmt. Das Kolorit ist sehr zurückhaltend, aber fein. Dazwischen die Figur des David, die zugleich durch ihre Plastik, wie durch ihre festlich leuchtenden Farben in Erstaunen setzt.
Die Museumsfresken gewinnen nicht in demselben Maße schon beim ersten Anblick, aber namentlich die „Flora“ enthüllt immer neue Schönheiten bei häufigerem Studium. Das Bild ist ein Hauptwerk seines Lebens, vom Höchsten und künstlerisch Feinsten, was Böcklin geschaffen hat.
Es sind hier großfigurige und großdekorative Malereien geschaffen, die nicht bei jedem Kopf und jeder Wendung an Raffael und Michelangelo erinnern, eine ganz persönliche, frische Auffassung der Natur zeigen und dennoch Stil haben.
Die ersten Basler Arbeiten, namentlich „Christus und Magdalena“ und die Landschaften bei Sarasin zeigen ein sehr zurückhaltendes Kolorit. Das wird jetzt anders. Während der Arbeiten im Museum drängt es ihn zu einer kräftigeren Farbengebung, das verrät der David bei Sarasin, die „Wiesenquelle“ und die beiden späteren Hauptbilder im Museum. Die Entwicklung geht weiter. Noch in Basel entstehen jene vier kleinen Bilder der Schackgalerie, in denen Freude und Grauen stärker als in allen bisherigen Schöpfungen ausgesprochen sind: „Der Mörder und die Furien“, „Die Felsenschlucht“ ([Taf. 32]), „Der Ritt des Todes“ ([Taf. 33]) und die „Ideale Frühlingslandschaft“ ([Taf. 31]). Die Zimmer des alten Johanniterhauses mit ihren gotischen Fenstern regten nicht zu umfangreichen Bildern an, aber fast scheint es, als ob die Arbeit im großen nun wieder das Bedürfnis hervorgerufen hätte, die gesteigerte Erregung, die ihn wie andere während der Kriegszeit ergriffen hatte, in besonders kleinem Formate zum Ausdruck zu bringen. Direkt durch die Zeitereignisse veranlaßt ist nur „Der Ritt des Todes“, der Herbst 1870 begonnen worden ist. Verrät nun schon dies Bild eine weitere Steigerung der Farbigkeit, so ist dies noch mehr der Fall bei der „Idealen Frühlingslandschaft“, wo uns beim ersten Anblick die Stimmung jubelnden Glückes entgegenklingt.
Herbst 1871 siedelte Böcklin nach München über. Er fand hier einen freundschaftlichen Umgang, namentlich mit einer Reihe von Eigenbrötlern, die damals noch wie er selber, halb verschrieen, halb bewundert waren, besonders mit Hans Thoma. Mit diesem pflegte er auch gerne die Alte Pinakothek zu besuchen; außer Grünewald, Holbein und Rubens begannen nun hier auch die alten Niederländer ihre stille Wirkung auszuüben, die bald von größter Bedeutung werden sollte. Der Künstler hat diese Jahre einmal als die glücklichsten seines Lebens bezeichnet. Jedenfalls zeichnen sie sich aus durch eine ganz unglaubliche Produktion an Ideen und an Werken. Im Jahre 1873 gingen zehn, zum Teil große und durchschlagende Bilder aus seiner Werkstatt hervor.