Von Gemälden ist gleich nach der Übersiedlung das „Selbstbildnis mit dem Weinglase“ ([Taf. 77]) entstanden. Es folgten ferner gleich anfangs die Umgestaltungen zweier Bilder, die in München geschaffen waren: der „Tanz um die Bacchussäule“ und der „Überfall von Seeräubern“ (erste, in München entstandene Fassungen auf [Taf. 35] und [36]). Die „Ruine am Meer“ wird nun zur „Burgruine“ ([Taf. 78]) im Norden. Dann aber begann der Genius loci zu wirken und es entstanden Bilder, zu denen ihn neue Erlebnisse und die neue Umgebung befruchtet hatten. Charakteristisch sind für diese Zeit die Schöpfungen, deren Vorwürfe zum Teil an Ludwig Richter oder Schwind erinnern. „Sieh, es lacht die Au“ ([Taf. 84]), vor allem die „Heimkehr des Landsknechts“ ([Taf. 83]), dann der „Gang zum Bacchustempel“ ([Taf. 89]), die „Alten in der Gartenlaube“ ([Taf. 90]), die „Mariensage“ ([Taf. 91]). Und die Bilder des tollsten Humors: „Spiel der Najaden“ ([Taf. 80]), „Susanna“, „Kentaur in der Dorfschmiede“ ([Taf. 86]).
Die Farbenpracht dieser Schöpfungen ist aufs höchste gesteigert, namentlich ist das leuchtende Rot nun eine stets wieder dominierende Note. Die Worte Kellers: „Schauen wir der Iris Bogen, wenn der hellste Himmel blaut“, passen auf keine Epoche Böcklins so gut wie auf die Zürcher Zeit. Der Meister liebte die Farben des Zürcher Sees und der neue Wohnort war sicher von Einfluß auf sein Kolorit. Es sind auch die Motive einiger gefeierter Bilder in der Umgebung seines Wohnsitzes festgestellt worden. Um alles zu erreichen, was im Bilde zu sagen ist, versucht er es jetzt auch mit mehrteiligen Gemälden, wo der Gegensatz des einen Bildes die Wirkung des andern steigern sollte; so entstanden die „Mariensage“, der „Hl. Antonius, den Fischen predigend“ ([Taf. 92]), die „Venus Genitrix“ ([Taf. 94]), die zwar erst später signiert, aber schon 1892 fast vollendet gewesen ist.
Als Stütze bei der Erschaffung seiner umfangreichen Tafelgemälde dienten in dieser Zeit öfters Entwürfe in Bleistift, Kohle oder Kreide in kleinstem Format. Böcklin malte jetzt mit Vorliebe auf Holz und entwarf die Komposition auch etwa gleich mit gewöhnlicher Kreide auf den Malgrund. Wenn umfangreiche Änderungen nötig wurden, ließ er einen Teil der Tafel wieder abhobeln.
In die Zürcher Zeit fallen auch die erneuten Versuche, plastische Werke künstlerisch zu bemalen, die gemeinsam mit dem Schwiegersohne, dem Bildhauer Peter Bruckmann, unternommen wurden. So schuf er den „Froschkönig“, den zweiten Medusenschild, das Relief „Mutter und Kind“ und endlich die Büste der Frau Böcklin.
Es fehlte in diesen Jahren nicht mehr an außergewöhnlichen Ehrungen. Es wurde der Maler 1889 Ehrenbürger der Stadt Zürich. Das Aufsehen, das die Gottfried-Keller-Medaille erregt hatte, veranlaßte die Schweizerische Bundesregierung, auch die Medaille für das Jubiläum der Schweizerischen Eidgenossenschaft dem Meister zu übertragen. Es ging damit aber noch schlimmer wie in Breslau.
Nach Kellers Tod begann auch Böcklins Gesundheit zu wanken. Im Herbst 1891 ist er von einer Reise nach Berlin mit einer nicht ganz unbedenklichen Krankheit zurückgekehrt. Am 14. Mai 1892 traf ihn jener erste Schlaganfall, der die Lähmung der letzten Jahre zur Folge hatte und dem andere folgten. Als er notdürftig hergestellt war, drang die Gattin darauf, daß er an der Riviera, die ihm schon so oft wohlgetan hatte, seine Gesundheit suchen solle. Das Ehepaar wandte sich nach Viareggio, ging nach etwa vierzehn Tagen nach Porte dei Marmi bis Ende September und dann nach San Terenzo am Golf von Spezia. Hier ist eine kleine Farbenskizze in Hochformat entstanden, eine „Villa am Meer“, im Vordergrund ein großes Blumenbeet, ein Heim, wie der Künstler es sich damals träumte. Böcklin trug sich zur Besorgnis seiner Gattin mit der Hoffnung, eine ganze Insel erwerben zu können und sie künstlerisch auszugestalten.
Um die Jahreswende siedelt er nach der Villa Torre rossa am Abhang von Fiesole über und beginnt wieder zu arbeiten. Er hat dort das Bildnis der Frau Dr. Meyer aus Freiburg gemalt. Die Zeit vom April bis November 1893 verbrachte er noch einmal in San Terenzo; hier schuf er sein Selbstbildnis für die Basler Sammlung. Der Künstler fühlte sich wieder ordentlich bei Kräften.
Wie in Dürers letzten Jahren kommt auch bei ihm der Drang zum Mitteilen seiner künstlerischen Erfahrungen. Dagegen hielt er es für ganz unmöglich, dies brieflich oder in einer Abhandlung zu tun.
Herbst 1893 bis Frühjahr 1895 wohnte er wieder in Florenz, Viale Principe Amedeo 12, um dann in eine eigene Villa überzusiedeln. Nach einer Postkarte vom 1. Januar 1894 kann er wieder „arbeiten wie ein Pferd“. Er hat in der Tat in den kühleren Monaten der Jahre 1893/94 und 1894/95 noch einmal erstaunlich viel zustande gebracht. Noch im Jahre 1893 ist eine erste Fassung „Francesca da Rimini“ ([Taf. 93]) entstanden und datiert worden. Im April 1894 standen zwei neue Bilder, der „Orlando furioso“ und eine „Ruine am Meer“, sowie die „Venus Genitrix“ ([Taf. 94]) auf der Staffelei. Die heißen Monate freilich pflegte Böcklin in den letzten Jahren auf Reisen und im Seebade zu verbringen, und in den Frühsommer 1894 fällt jene Reise nach Berlin bei Anlaß der Gründung der Zeitschrift „Pan“, die sich zu einem wahren Triumphzug gestaltete. Im Herbst siedelte dann auch sein Sohn Carlo nach Florenz über, und der Alte empfand es als eine große Wohltat, an ihm einen Helfer zu haben, welcher die stets verhaßten geschäftlichen Angelegenheiten besorgte, und auch als gelernter Architekt die Villa nach seinen Wünschen umbaute.
Im zweiten Florentiner Winter 1894/95 wurde eine ganze Reihe von Arbeiten abgeschlossen wie die letzte Version der „Nacht“, die „Ruine am Meer“, die „Venus Genitrix“, und sogar neue begonnen, wie ein „Apostel Paulus“, eine zweite „Francesca da Rimini“ und eine späte „Jagd der Diana“.