Das Kunstwerk aber war für ihn nicht bloß ein „Stück Natur im Affekt gesehen“. Als der Verfasser dieser Zeilen ihm eine Anzahl Lichtdrucke nach Zeichnungen von Matthias Grünewald vorlegte, geriet er bei den Entwürfen in Aufregung, während ihn die Studien ganz kalt ließen, obwohl sich doch schon bei diesen die Subjektivität des Meisters deutlich genug geäußert hatte. Mit der ganzen vorausgegangenen Generation und auch mit den Altersgenossen war er darin einig, etwas erzählen und nicht nur durch Auswahl, Auffassung und Stilisierung etwas Eigenes geben zu wollen. Er war außerdem persönlich schon zu vielseitig veranlagt und zu vielseitig gebildet, als daß nicht Musik und Poesie in irgendeiner Weise in seinen Bildern hätte mitspielen müssen. Ein literarischer Maler war er sicher und es kann sich bei ihm nur fragen, ob seine Gemälde nur davon leben, daß sie Geschichten erzählen und an Gefühle anspielen, die das Publikum liebt, oder ob es gute Werke bildender Kunst sind, die außer dem Sichtbaren noch anderes bieten. Er war auch ein musikalischer Maler, zunächst in demselben Sinne wie er ein literarischer war. Aber er war es noch in einem übertragenen Sinne. Die Musik war nicht nur eine Anregerin und Begleiterin seiner Kunst. Die Eigenart dieser Kunst wirkte vielmehr auch auf seinen Willen, das Naturbild umzugestalten, wirkte auf seinen Stil. Er trachtete, je älter er wurde, je mehr darnach, durch seine Bilder das Gemüt so zu packen wie die Musik es tut. „Ein Bildwerk soll etwas erzählen und dem Beschauer zu denken geben, so gut wie eine Dichtung, und ihm einen Eindruck machen wie ein Tonstück.“ Er fand deshalb auch: Alles was einem aus dem Kopf von innen heraus gerät, ist mit samt seinen Zeichenfehlern und anderen Fehlern tausendmal mehr wert, als eine noch so fleißig und noch so richtig nach der Natur gemachte Studie.
Die Art, wie er sich in der Malerei ausspricht, nähert sich in der Tat mehr als bei andern Malern seiner Zeit, der Ausdrucksweise von Musik und Architektur. Wohl singt er von seinen Leiden, indem er rauschende Bäume und brandende Wogen darstellt, aber die Elemente der Malerei, Linien und Linienfolgen, Farben und Farbenfolgen bestimmen fast ebenso wie der Rhythmus von Säulen und Gebälk, Mauer und Öffnung, von Tonfolgen und Akkorden den Gesamteindruck. Das war das Neue bei ihm und das Uralte, das, womit er dem Expressionismus vorgriff und mit Grünewald und Giotto sich verwandt zeigt.
Fast scheint es aber, als ob er das höchste Glück der Erdenkinder in der Musik gesehen hätte. Es musizieren auf seinen Bildern Andächtige und Verliebte, die Götter der Flur und der See, betrunkene Soldaten und die Seligen im Elysium. Er fand sich auch ohne systematischen Unterricht auf mehreren Instrumenten zurecht und konnte jede Melodie, die er einmal gehört hatte, fehlerlos wiedergeben, wenn sie ihm gefallen hatte. Unter den Komponisten standen ihm außer den frühen Italienern Haydn, Bach, Mozart, Beethoven und Schubert am nächsten. Gegen Richard Wagner hatte er einen unüberwindlichen Widerwillen.
Je mehr elegische Stimmung eines seiner Bilder ausströmt, um so dunkler wird die Stunde gewesen sein, aus deren Gründen heraus es später sich kristallisierte. Aber in einer Zeit, wo sonst die aufdringliche psychologische Zergliederung grassierte, versetzt er die eigenen Leiden und Freuden in altersgraue Vorzeit, in den Bereich der Götter und Heroen. Denn sicher ist alles Erlebnis, das Verhältnis von Triton und Najade so gut wie das der Alten in der Gartenlaube, die Tatenlust des Abenteurers so gut wie die Leiden des Prometheus, die Sehnsucht des Odysseus wie die „Heimkehr des Landsknechts“. Da aber so viel mit blutendem Herzen gemalt war, lehnte er jedes Reden über die Stimmung seiner Werke ab, außer über die lustigen. Die Stilisierung seiner Erlebnisse ins Heroische erlaubte dem zurückhaltenden Alemannen und Basler mehr zu sagen, als er sonstwie übers Herz gebracht hätte. Sollen wir diese Art der Maskerade verdammen? Wäre es besser gewesen, er hätte geschwiegen?
In Düsseldorf fand Böcklin einen Lehrer, der ihn verstand und der in den Grundzügen des künstlerischen Wollens mit dem einig war, was ihm dunkel vorschwebte, in Joh. Wilh. Schirmer, dem Schöpfer von Landschaften mit biblischer oder heroischer Staffage, die noch in den sechziger und siebziger Jahren große Bewunderung in ganz Deutschland gefunden haben. Dieser Lehrer war nur der begabte und feinsinnige Vertreter einer jetzt längst veralteten Richtung und ist von seinem Schüler nach wenigen Jahren überholt worden, aber Böcklin ist ihm sein ganzes Leben dankbar geblieben. Seine eigene Kunst ist von dem ausgegangen, was er bei Schirmer vorfand; freilich hat er später aus den Quellen geschöpft, die Riviera, die Campagna, das Poussintal bewundert und die Väter und Vorväter der deutschen heroischen Landschaft studiert und hat alles Überkommene selbständig umgestaltet. So gleicht das Ende nicht dem Anfang; aber ohne plötzlichen Ruck, langsam und stetig wächst er aus jener Wurzel empor.
Er blieb bis zum Frühjahr 1847 an der Akademie, da er aber auch den Sommer 1846, wie den von 1845 und 1847, in der Schweiz zu Studienfahrten benützte, so hat er im ganzen nicht mehr als etwa ein Jahr systematischen Unterricht genossen.
Seine Malerei ist in dieser Zeit geschickter, die Gesamtwirkung schlagender, es ist aber namentlich auch die Naturbeobachtung feiner geworden, so daß es nicht schwer ist, die undatierten Studien dieser Jahre mit großer Wahrscheinlichkeit chronologisch einzuordnen. Aus dieser Zeit stammen nun auch einige Kompositionen, die in ihren Vorwürfen an die Romantik eines Lessing, im Kolorit an Schirmer erinnern, wie die Burgruine in der Berliner Nationalgalerie und ein Hünengrab im Basler Museum. Diese Bilder dürften das Endresultat der Düsseldorfer Lehrjahre vorstellen.
Im März 1847 begab er sich mit dem schweizerischen Tiermaler Rud. Koller nach Brüssel, der Stadt, die damals das Ziel aller heranwachsenden Koloristen in Deutschland war, und nach Antwerpen. Die beiden bewunderten einen Rembrandt, namentlich aber Rubens und van Dyck. Böcklin suchte indessen vergebens nach Landschaften, die ihm zusagten. Den Sommer darauf soll er die Alpen von Graubünden bis an den Genfer See durchstreift haben. Im August war er in der Tat in Evian und Thonon, und im September in Genf. Es ist auch eine Reihe reizvoller Studien und Kompositionen erhalten, die die Alpen darstellen und wohl aus diesem Jahre stammen, weil sie wieder um einen Grad frischer und naturalistischer als früher datierte sind. Er war auf dem besten Wege, ein Maler seiner Heimat zu werden, wie Diday und Alexander Calame und trat auch wirklich noch bei Calame als Schüler ein. Dieser, siebzehn Jahre älter als Böcklin, stand schon auf der Höhe seines Ansehens und zog die heranwachsende schweizerische Maljugend an sich. Aber Böcklin fühlte sich wenig befriedigt, so sehr auch einige seiner Zeichnungen und Gemälde an Calame erinnern, setzte es durch, nach Paris zu dürfen und traf dort im Februar 1848 bei seinem Freunde Koller, der vorausgezogen war, ein.
Es begann jetzt noch einmal ein fleißiges Studium von morgens früh bis abends spät in einem privaten Aktsaal, im Louvre und wieder im Aktsaal. Von den Modernen haben nach Kollers Bericht dem jungen Landschafter Couture’s „Décadence des Romains“ ebenso wie seinem späteren römischen Genossen Feuerbach gefallen, noch mehr aber die Werke von Corot, Jules Dupré und dem Orientmaler Prosper Marilhat. Nach dem Zeugnis seines Schülers Zurhelle hat Böcklin auch Delacroix bewundert.
Aber die Studien wurden kurz nach der Ankunft unterbrochen durch die Februarrevolution. Die beiden Freunde, von Neugier, nicht von blasser Furcht geplagt, haben sich die Ereignisse als Maler angesehen, und die ungewohnten Bilder, die sich ergaben, auch als Maler bewundert. Sie sind sogar mit einem Volkshaufen in die königlichen Gemächer eingedrungen. Noch im Alter gedachte Böcklin gerne dieser stürmischen Tage. Aber später hat er Dinge mitansehen müssen, über die er lieber hinwegzugehen pflegte. Er ist nämlich nach der Abreise Kollers noch monatelang allein in einem kleinen Dachstübchen am Luxembourggarten zurückgeblieben und hat dort die Arbeiterschlacht im Juni miterlebt. Was er in der Zeit nach Kollers Weggang gemalt hat, wissen wir nicht; über das, was ihm sonst zugestoßen ist, sind nur einzelne Anekdoten und zum Teil widersprechende Nachrichten erhalten. Angeekelt und flügellahm kehrte er gegen den September nach Hause zurück, aber reifer als Mensch und als Künstler.