Daß die hellenische und die persische Seemacht einander so nahe lagen, schien ein entscheidendes Seegefecht unvermeidlich zu machen; viele Strategen Alexanders wünschten es; man glaubte des Sieges gewiß zu sein, da sogar der alte vorsichtige Parmenion zum Kampfe riet; denn ein Adler — das läßt ihn Arrian anführen — sei am Ufer beim Spiegel des Schiffes Alexanders sitzend gesehen worden; stets hätten die Griechen zur See über die Barbaren gesiegt, und das Zeichen des Adlers lasse keinen Zweifel, was der Götter Wille sei; ein gewonnenes Seegefecht werde der ganzen Unternehmung von außerordentlichem Nutzen sein, durch eine verlorene Schlacht könne nichts weiter verloren werden, als was man schon jetzt nicht mehr habe, denn mit ihren vierhundert Segeln seien die Perser doch Herren der See; er selbst erklärte sich bereit, an Bord zu gehen und an dem Kampfe teilzunehmen. Alexander wies es zurück: unter den jetzigen Verhältnissen eine Seeschlacht zu wagen, würde ebenso nutzlos, wie gefährlich, es würde tollkühn sein, mit hundertsechzig Schiffen gegen die Übermacht der feindlichen Flotte, mit seinen wenig geübten Seeleuten gegen die Kyprier und Phöniker kämpfen zu wollen; die Makedonen, unbezwinglich auf dem festen Lande, dürften den Barbaren nicht auf dem Meere, das ihnen fremd sei und wo überdies tausend Zufälligkeiten mit in Betracht kämen, preisgegeben werden; der Verlust eines Treffens würde den Erwartungen von seinem Unternehmen nicht bloß bedeutenden Eintrag tun, sondern für die Hellenen die Losung zum Abfall werden; der Erfolg eines Sieges könne nur gering sein, da der Gang seiner Unternehmungen auf dem festen Lande die Perserflotte von selbst vernichten werde; das sei auch der Sinn jenes Zeichens; so wie der Adler sich auf das Land gesetzt, so werde er die persische Seemacht vom Lande aus überwältigen; es sei nicht genug, nichts zu verlieren; nicht zu gewinnen, sei schon Verlust. Die Flotte blieb ruhig auf der Reede bei Lade.
Indes kam Glaukippos, ein angesehener Milesier, ins Lager des Königs, im Namen des Volkes und der Söldnerscharen, in deren Hand jetzt die Stadt sei, zu erklären: Milet sei bereit, seine Tore und Häfen den Makedonen und Persern in gleicher Weise zu öffnen, wenn Alexander die Belagerung aufheben wolle. Der König erwiderte: er sei nicht nach Asien gekommen, um sich mit dem zu begnügen, was man ihm werde zugestehen wollen, er werde seinen Willen durchzusetzen wissen; von seiner Gnade möge man Strafe oder Verzeihung für die Wortbrüchigkeit erwarten, die die Stadt zu einem ebenso strafbaren als vergeblichen Widerstand veranlaßt habe; Glaukippos möge schleunigst in die Stadt zurückkehren und den Milesiern melden, daß sie eines Sturmes gewärtig sein könnten. Mit dem nächsten Tage begannen die Sturmböcke und Mauerbrecher zu arbeiten, bald lag ein Teil der Mauer in Bresche; die Makedonen drangen in die Stadt, während ihre Flotte, sobald sie von ihrem Ankerplatze aus den Sturm gegen die Stadt gewahrte, dem Hafen zuruderte und den Eingang sperrte, so daß die Trieren, dicht aneinander gedrängt und die Schnäbel hinausgewendet, der Perserflotte Hilfe zu leisten und den Milesiern, sich zur Perserflotte zu retten, unmöglich machten. Die Milesier und Söldner, in der Stadt von allen Seiten gedrängt und ohne Aussicht auf Rettung, suchten ihr Heil in der Flucht; die einen schwammen auf ihren Schilden zu einem der Felseneilande der Häfen, andere suchten auf Booten den makedonisch-hellenischen Trieren zu entkommen; die meisten kamen in der Stadt um. Jetzt Meister der Stadt, setzten die Makedonen, von dem König selbst geführt, nach dem Eiland über, und schon waren die Leitern von den Trieren an die steilen Ufer geworfen, um die Landung zu erzwingen; da befahl der König, voll Mitleid mit jenen Tapferen, die sich auch jetzt noch zu verteidigen oder rühmlich zu sterben bereit seien, ihrer zu schonen und ihnen Gnade unter der Bedingung anzubieten, daß sie in seinem Heere Dienst nähmen; so wurden dreihundert griechische Söldner gerettet. Allen Milesiern, die nicht beim Sturme umgekommen waren, schenkte Alexander Leben und Freiheit.
Die Perserflotte hatte den Fall Milets von Mykale aus angesehen, ohne das Geringste zur Rettung der Stadt tun zu können. Jeden Tag lief sie gegen die hellenische Flotte aus, in der Hoffnung, sie zum Kampfe herauszulocken und kehrte abends unverrichteter Sache nach der Reede des Vorgebirges zurück, einem höchst unbequemen Ankerplatz, da sie ihr Trinkwasser nachts aus dem Mäandros, etwa drei Meilen weit, holen mußte. Der König gedachte sie aus ihrer Position zu treiben, ohne seine Flotte ihre sichere und sichernde Stellung aufgeben zu lassen; er sandte die Reiter und drei Taxen vom Fußvolk unter Philotas' Führung an der Küste entlang nach dem Vorgebirge Mykale, mit dem Befehle, jede Landung der Feinde zu hindern; nun auf dem Meere gleichsam blockiert, waren sie bei gänzlichem Mangel an Wasser und Lebensmitteln genötigt, nach Samos zu gehen, um das Nötige an Bord zu nehmen. Dann kehrten sie zurück, fuhren wieder, zum Kampf herausfordernd, in Schlachtordnung auf; da die hellenische Flotte ruhig bei Lade blieb, sandten sie fünf Schiffe dem Hafen zu, der, zwischen dem Lager und den kleinen Inseln gelegen, das Heer von der Flotte trennte, in der Hoffnung, die Schiffe unbemannt zu überraschen, da es bekannt war, daß sich das Schiffsvolk in der Regel von den Schiffen zerstreue, um Holz und Vorräte zu holen. Sobald Alexander jene fünf Schiffe heransteuern sah, ließ er mit dem gerade anwesenden Schiffsvolke zehn Trieren bemannen und in See gehen, um auf den Feind Jagd zu machen. Die persischen Schiffe kehrten, bevor jene heran waren, schleunigst um, sich zu ihrer Flotte zurückzuziehen; eines, das schlecht segelte, fiel den Makedonen in die Hände und wurde eingebracht; es war aus Jasos in Karien. Das persische Geschwader zog sich, ohne Weiteres gegen Milet zu versuchen, nach Samos zurück.
Der König hatte sich durch die letzten Vorfälle überzeugt, daß die Perserflotte auf die Bewegungen seiner Landmacht keinen nennenswerten Einfluß mehr üben, vielmehr durch die fortschreitende Okkupation der Küsten bald völlig vom Festland abgedrängt, gezwungen sein werde, auf weiteres Eingreifen in die entscheidenden Aktionen zu verzichten und einstweilen bei den Inseln vor Anker zu liegen. Auf dem Festlande, in der ganzen Kraft der Offensive, sah Alexander seine Seemacht jetzt, da sie unmöglich gegen den dreimal stärkeren Feind die See halten konnte, auf die Verteidigung beschränkt; so wichtige Dienste sie ihm beim Beginn des Feldzuges und zur Deckung der ersten Bewegungen des Landheeres geleistet hatte, sie war ihm, seit die persische Macht in Kleinasien unterlegen, ohne besonderen Nutzen, dagegen der Aufwand, den sie verursachte, außerordentlich; hundertsechzig Trieren forderten an dreißigtausend Mann Matrosen und Epibaten, fast ebensoviel Mannschaft als das Heer, das das Perserreich über den Haufen stürzen sollte; sie kosteten monatlich mehr als fünfzig Talente Gold, und vielleicht ebensoviel Unterhalt, ohne, wie das Landheer, das nicht viel teurer zu unterhalten war, mit jedem Tage neue Eroberung und neue Beute zu machen. Alexanders Kassen waren erschöpft und hatten vorerst keine bedeutenden Zuflüsse zu erwarten, da den befreiten griechischen Städten ihre Abgaben erlassen wurden, die inländischen weder gebrandschatzt noch geplündert, sondern nur nach dem alten, sehr niedrigen Ansatz besteuert werden sollten. Dies waren die Gründe, die den König veranlaßten, im Herbst 334 seine Flotte aufzulösen; er behielt nur wenige Schiffe zum Transport längs der Küste bei sich, unter diesen zwanzig, die Athen gestellt hatte, sei es, um dadurch die Athener zu ehren oder um ein Unterpfand ihrer Treue zu haben, falls die feindliche Flotte, wie zu vermuten, sich nach Hellas wenden sollte.
Jetzt nach Auflösung der Flotte, wurde es für Alexander doppelt wichtig, jede Küstenlandschaft, jede Seestadt, jeden Hafen zu besetzen, um dadurch jene Kontinentalsperre durchzusetzen, mit welcher er die persische Seemacht mattzusetzen hoffte. Noch war an der Küste des Ägäischen Meeres Karien, und in Karien Halikarnassos übrig, doppelt wichtig durch seine Lage am Eingange dieses Meeres und dadurch, daß sich in diese sehr feste Stadt der letzte Rest der persischen Macht in Kleinasien zum Widerstande gesammelt hatte.
Karien war vor etwa fünfzig Jahren zur Zeit des zweiten Artaxerxes unter die Herrschaft des Dynasten Hekatomnos von Halikarnassos gekommen, der, dem Namen nach persischer Satrap, so gut wie unabhängig und bereit war, diese Unabhängigkeit bei der ersten Veranlassung mit gewaffneter Hand geltend zu machen; er hatte seine Residenz nach dem Innern seines Landes, nach Mylasa, verlegt und von hier aus seine Herrschaft bedeutend auszudehnen verstanden. Sein Sohn und Nachfolger Mausollos verfolgte die Pläne des Vaters, er vergrößerte auf jede Weise seine Macht und seine Reichtümer; dann auch mit Lykien betraut, beherrschte er zwei wichtige Seeprovinzen Kleinasiens; um so näher lag es ihm, seine Seemacht — schon der Vater hatte, als persischer Nauarch, gegen Cypern gekämpft — weiter zu entwickeln; er verlegte die Residenz wieder nach Halikarnaß, das er durch Zusammenziehung von sechs kleinen Ortschaften vergrößerte; er erregte den Bundesgenossenkrieg gegen die Athener, um deren Seemacht zu schwächen; selbst nach Milet streckte er seine Hand aus. Nachdem dann seine Schwester und Gemahlin Artemisia, die ihm nach karischer Sitte in der Herrschaft folgte, gestorben war, übernahm der zweite Bruder Idrieus die Regierung; von den Zeitumständen begünstigt, behauptete er Chios, Kos und Rhodus. Seine Schwester und Gemahlin Ada folgte ihm, wurde aber schon nach vier Jahren durch ihren jüngeren Bruder Pixodaros der Herrschaft beraubt, so daß ihr nichts als die Bergfestung Alinda blieb. Pixodaros beabsichtigte, durch eine Verbindung mit dem makedonischen Königshause, dessen Pläne in Beziehung auf Asien kein Geheimnis mehr waren, sich zu einem Kampfe um seine Unabhängigkeit vorzubereiten. Daß er auch Gold auf seinen Namen prägte, was — so ist die Meinung — keinem Satrapen zustand, würde zeigen, wieweit er schon zu sein glaubte. Der Hader am Hofe Philipps störte seine Pläne, so daß er dem Wunsche des Perserkönigs, seine Tochter mit dem edlen Perser Othontopates zu vermählen, entgegenkam, und nach seinem im Jahre 335 erfolgten Tode wurde Othontopates Herr der karischen Dynastie.
Sobald jetzt Alexander in Karien einrückte, eilte Ada ihm entgegen; sie versprach, ihn auf jede Weise bei der Eroberung Kariens zu unterstützen, ihr Name selbst würde ihm Freunde gewinnen; die Wohlhabenden im Lande, unzufrieden über die erneute Verbindung mit Persien, würden sich sofort für sie entscheiden, da sie im Sinne ihres Bruders stets gegen Persien und für Griechenland Partei genommen habe; sie bat den König, als Treupfand ihrer Gesinnung ihre Adoption anzunehmen. Alexander wies es nicht zurück, er ließ ihr die Herrschaft von Alinda; die Karier wetteiferten, sich ihm zu ergeben, namentlich die griechischen Städte; er stellte ihre Demokratie her, gab ihnen Autonomie, entließ sie der Tributpflicht.
Nur Halikarnaß war noch übrig; dorthin hatte sich Othontopates zurückgezogen; ebendahin war Memnon, nachdem er in Ephesus und Milet weder die Gelegenheit günstig, noch die Zeit hinreichend gefunden hatte, um erfolgreichen Widerstand zu organisieren, mit den Resten der am Granikos geschlagenen Armee gekommen, um mit dem karischen Satrapen vereinigt die letzte wichtige Position auf der kleinasiatischen Küste zu halten. Die Stadt war auf drei Seiten von mächtigen Mauern umschlossen, auf der vierten, der südlichen, dem Meere zugewandt; sie hatte drei Burgen, die Akropolis auf den Höhen ihrer Nordseite, die Salmakis an der Südwestecke, hart am Meere an dem Hals einer Halbinsel, die die Bai von Halikarnaß westwärts schließt, endlich die Königsburg auf einer kleinen Insel am Eingang des Hafens, der den innersten Teil der Bai bildet. Memnon schickte Weib und Kind an den Großkönig, angeblich, um sie aller Gefahr zu entziehen, in der Tat, um ein Zeichen und Unterpfand seiner Treue zu geben, die sein griechischer Ursprung nur zu oft schon zu verdächtigen Gelegenheit gegeben hatte. Diese Hingebung zu ehren und seinem anerkannten und oft erprobten Feldherrntalent die gebührende Wirksamkeit zu eröffnen, hatte ihm der Perserkönig den Oberbefehl über die gesamte persische Seemacht und die Küsten übertragen; wenn noch etwas für Persien zu retten war, schien er der Mann zu sein, der retten konnte. Mit außerordentlicher Tätigkeit hatte er das feste Halikarnaß noch durch neue Werke, namentlich durch einen breiten und tiefen Graben verstärkt, die aus Persern und Söldnern bestehende Besatzung vermehrt, seine Kriegsschiffe in den Hafen der Stadt gezogen, um durch sie die Verteidigung zu unterstützen und die Stadt im Falle einer längeren Belagerung mit Lebensmitteln zu versehen; er hatte die Insel Arkonnesos, welche die Bai im Osten beherrschte, befestigen lassen, nach Myndos, Kaunos, Thera, Kallipolis Besatzungen gelegt, kurz alles so vorbereitet, daß Halikarnaß der Mittelpunkt höchst erfolgreicher Bewegungen und ein Bollwerk gegen das Vordringen der Makedonen werden konnte. Eben darum waren nicht wenige von der besiegten Partei in Hellas nach Halikarnassos gegangen, unter ihnen die Athener Ephialtes und Thrasybulos; auch von den beim Morde des Königs Philipp Geflüchteten der Lynkestier; und jener Amyntas, des Antiochos Sohn, scheint sich mit den Söldnern von Ephesos hierher gerettet zu haben. Gelang es, in dieser starken Position der makedonischen Macht standzuhalten, so war sie — denn die persische Flotte beherrschte das Meer — von der Heimat abgeschnitten, und Hellas mit dem Ruf der Freiheit unschwer zu neuer Schilderhebung zu bewegen.
Indes rückte Alexander heran und lagerte sich, auf eine langwierige Belagerung gefaßt, etwa tausend Schritte vor den Wällen der Stadt. Die Feindseligkeiten eröffneten die Perser durch einen Ausfall auf die soeben anrückenden Makedonen, der jedoch ohne viele Mühe zurückgeschlagen wurde. Wenige Tage nachher zog sich der König mit einem bedeutenden Teile des Heeres nordwestlich um die Stadt hin, teils um die Mauern zu besichtigen, besonders aber, um von hier aus die nahe Stadt Myndos, die für den Fortgang der Belagerung von großer Wichtigkeit werden konnte, zu besetzen, da ihm von der Besatzung dort die Übergabe versprochen war, wenn er nachts vor den Toren der Stadt sein wollte. Er kam, aber niemand öffnete; ohne Sturmleitern und Maschinen, da das Heer nicht wie zu einem Sturm ausgezogen war, ließ der König, erzürnt, so betrogen zu sein, sofort seine Schwerbewaffneten unter die Mauern der Stadt rücken und das Untergraben derselben beginnen. Ein Turm stürzte, ohne jedoch Bresche genug zu geben, daß man mit Erfolg hätte angreifen können. In Halikarnaß war mit Tagesanbruch der Abzug der Makedonen bemerkt und sofort zur See Unterstützung nach Myndos geschickt; Alexander mußte unverrichteter Sache in seine Stellung vor Halikarnaß zurückkehren.
Die Belagerung der Stadt begann; zunächst wurde der Wallgraben, der fünfundvierzig Fuß breit und halb so tief war, unter dem Schutz mehrerer sogenannter Schildkrötendächer ausgefüllt, damit die Türme, von denen aus die Mauern von Verteidigern gesäubert werden und die Maschinen, mit denen Bresche gelegt wird, gegen die Mauern vorgeschoben werden konnten. Schon standen die Türme den Mauern nahe, als die Belagerten über Nacht einen Ausfall machten, die Maschinen zu verbrennen; schnell verbreitete sich der Lärm durch das Lager; aus dem Schlafe geweckt, eilten die Makedonen ihren Vorposten zu Hilfe, und nach kurzem Kampfe bei dem Lichte der Lagerfeuer mußten die Belagerten in die Stadt zurück, ohne ihren Zweck erreicht zu haben. Unter den hundertfünfundsiebzig Leichen der Feinde fand man auch die des Lynkestiers Neoptolemos. Auf Seiten der Makedonen waren nur zehn Tote, aber dreihundert Verwundete, da man bei der Dunkelheit der Nacht sich nicht hinlänglich hatte decken können.