Am 31. März 1864 wurde von Seiner Majestät dem Kaiser Seine k. u. k. Hoheit Erzherzog Rainer zum Protektor und der Universitätsprofessor Dr. Rudolf von Eitelberger zum Direktor des Museums ernannt. Die Anstalt wurde am 12. Mai 1864 im ehemaligen Ballhause der k. k. Hofburg mit 2000 geliehenen Gegenständen der alten Kunstgewerbe eröffnet.
Das Institut hat die Aufgabe, durch Herbeischaffung und Bereitstellung der Hilfsmittel, welche Kunst und Wissenschaft bieten, die Leistungsfähigkeit der Kunstgewerbe zu heben, den Geschmack der Kunstgewerbetreibenden und des Publikums zu wecken und zu veredeln und so die kunstgewerbliche Tätigkeit zu fördern.
Außerdem können Künstler und Kunstgewerbetreibende ihre neuen Arbeiten, wenn diese den Anforderungen und Zwecken des Museums entsprechen, nach Maßgabe des Raumes zeitweilig unentgeltlich im Museum ausstellen.
Am 4. November 1871 wurde das nach den Plänen des Oberbaurates Heinrich Ritter von Ferstel in den Jahren 1868 bis 1871 am Stubenring erbaute Museumsgebäude seiner Bestimmung übergeben. Dasselbe bildet einen zweigeschossigen Bau und ist im Stile der italienischen Renaissance und in Ziegelrohbau ausgeführt.
In den Jahren 1906 bis 1909 wurde im Füllboden des alten Wienflußbettes nach den Plänen des Oberbaurates Ludwig Baumann ein freistehender Erweiterungsbau aufgeführt und dieser durch einen eingeschobenen Korridoranbau mit dem alten Museumsgebäude verbunden.
Als Staatsanstalt untersteht das Museum unmittelbar dem k. k. Ministerium für öffentliche Arbeiten.
Im Jahre 1898, nach dem Rücktritte des Erzherzogs Rainer vom Protektorat, erhielt das Museum ein mit Allerhöchster Entschließung vom 28. November 1898 genehmigtes neues Statut.
Nach diesem neuen Statut besteht die Museumsleitung aus dem Kuratorium und aus dem Direktor der Anstalt.
Das Kuratorium hat die Aufgabe, die gesamte Tätigkeit des Museums wahrzunehmen, es fungiert als Beirat des Ministers für öffentliche Arbeiten in allen Angelegenheiten der obersten Leitung des Museums und entscheidet selbständig in den ihm ausdrücklich vorbehaltenen Angelegenheiten.
An der Spitze des Kuratoriums steht ein von Seiner Majestät dem Kaiser ernannter Präsident.