In der Pathologie (namentlich der epidemischen Krankheiten) spielt das religiös-abergläubische Moment zwar keine geringe Rolle, doch treten rationelle Beobachtungen stark in den Vordergrund. Die Aegypter leiteten die Krankheiten meist von übermäßiger Nahrung oder Würmern (wirklichen und bloß supponierten) her.
Je nach den Texten, Zauberpapyri oder Rezeptbücher, herrscht die superstitiöse oder empirische Aetiologie vor. Der Mystizismus ließ die einzelnen Körperteile unter der Herrschaft bestimmter Gottheiten stehen und dem unheilvollen Einfluß bestimmter Dämonen ausgesetzt sein. — Daß der „Wurm“ geradezu zum Grundsymbol der Krankheit wurde, kann nicht wundernehmen in einem Lande, wo tatsächlich tierische Parasiten so häufig als Krankheitserreger wirken. Generalisierend schloß man auf das Vorhandensein von krankmachenden „Würmern“ auch dort, wo sie nicht nachweisbar waren und meinte, daß sie aus den verdorbenen Körpersäften entstehen.
Was man „Krankheit“ nannte, waren entweder nur einfache Symptome oder Gruppen von Symptomen (Symptomenkomplexe). Die letzteren erforderten begreiflicherweise schon ein entwickelteres diagnostisches Räsonement.
Im Papyrus Ebers wird die Rezepttherapie für eine Menge von differenzierten Affektionen (Symptome und Symptomenkomplexe) angeführt; die Deutung der Krankheitsbezeichnungen ist aber mit sehr großen philologischen und medizinischen Schwierigkeiten verbunden, welche noch nicht in Gänze überwunden werden konnten. Erwähnt sind unter anderen: Abdominelle Affektionen (darunter wahrscheinlich auch Dysenterie), Eingeweidewürmer, Entzündungen am After, Hämorrhoiden, (schmerzhafte) Affektionen des Epigastriums, Herzkrankheiten, Schmerzen im Kopfe, Störungen der Harnsekretion, Dyspepsie, Schwellungen am Halse, Angina, ein Leberleiden, etwa 30 Augenkrankheiten, Haarkrankheiten, Hautleiden, Frauenkrankheiten, Kinderkrankheiten, Nasen-, Ohren-, Zahnkrankheiten, Geschwülste und Geschwüre.
Bezüglich der Diagnostik läßt sich als erwiesen annehmen, daß der ägyptische Arzt nicht nur die Inspektion und Palpation übte, sondern auch den Harn besah. Von größtem Interesse aber ist es, daß man, wie aus Papyrus Ebers hervorzugehen scheint, auch die Schallphänomene nicht außer acht ließ; denn kaum anders als im Sinne der Auskultation ist der Satz zu deuten: „Das Ohr hört darunter.“
Die Therapie umfaßt den größten Teil der ägyptischen Medizin. Die halb priesterliche, halb empirische Zwittergestalt des Arzttums brachte es mit sich, daß theurgische[10] und rationelle Maßnahmen in der Behandlungsweise bald rivalisieren, bald gleichwertig nebeneinander bestehen oder sich gegenseitig durchdringen. In den jüngeren Texten und in den Laienpapyri herrschen Gebete, Segenssprüche, Zauber- und Beschwörungsformeln, symbolische Handlungen vor, in den älteren und ältesten Rezeptbüchern prävaliert die Pharmakotherapie, ohne daß aber das theurgische Moment vermißt wird; denn nicht selten gehen Gebete und Beschwörungen den Rezepten voran, zauberkräftige Sprüche begleiten die Bereitung der Arzneien oder sind vom Kranken beim Gebrauch derselben zu sprechen, und zum mindesten wird die suggestive Wirkung gewisser Mixturen dadurch gesteigert, daß man ihre Komposition als göttliche Erfindung (z. B. der Isis, der Nut, des Set) bezeichnet.
Entsprechend dem Grundprinzip der Krankheitsauffassung wurde die Materia peccans insbesondere durch Brechmittel, Abführmittel, Klistiere beseitigt, der gleichen Absicht dienten auch Aderlässe, Schwitzmittel, Diuretika, Niesemittel; das verdorbene Pneuma suchte man durch Erregung von Ructus und Flatus (Zwiebel, Lauch, Bohnen) zu entfernen. Der Arzneischatz — aus dem Pflanzen-, Tier- und Mineralreich entnommen — war ungemein reichhaltig. Besonders hervorzuheben sind: die Verwendung von Kupferverbindungen und Oxymel scillae als Brechmittel, des Rizinusöls (mit Bier) als Abführmittel, der Granatäpfel gegen Wurmleiden, des Opiums, der Mandragora; der Import der auswärtigen (arabischen, indischen) Drogen dürfte hauptsächlich durch Vermittlung der Phönizier erfolgt sein; ein Abschnitt des Papyrus Ebers (Augenmittel) ist phönizischen Ursprungs; die (älteste bekannte) kommerzielle Forschungsexpedition der ägyptischen Königin Hatschepsut (um 1500 v. Chr.) nach den Küstenländern am Roten Meere war eine Ausnahme; direkt lernten die Aegypter nach glücklichen Feldzügen gegen asiatische Völker (unter Thutmose III., Ramses II.) eine Menge fremder Drogen kennen (zugleich mit diesen auch eine Fülle von medizinischem Mystizismus der mesopotamischen Priesterschaft).
Von pflanzlichen Arzneistoffen kommen unter anderem in Betracht: Absinth, Acacia, Anagallis, Calamus, Chelidonium, Coriander, Cyperus, Datteln, Gerste (Bier), Granatwurzelrinde (gegen Bandwurm), Hyosciamus, Kümmel, Lactuca, Lauch, Leinsamen, Lotus, Mandragora, Mohn (Opium), Myrrhe, Oliven, Pfefferminze, Rettichsaft, Rizinusöl (mit Bier als Abführmittel), Rosen, Safran, Scilla, Sesamöl, Strychnos, Wacholder, Weihrauch, Zimt, Zwiebel. Von mineralischen wären zu erwähnen z. B. Antimonsulfid und verschiedene Bleipräparate (zu kosmetischen Zwecken), Kupferverbindungen (Brechmittel), Lapis lazuli, Natron, Seesalz u. a. Von tierischen sind sicher: Honig, Milch von verschiedenen Tieren und von einer Frau, die einen Knaben geboren hat, Fette (von Rindern, Böcken, Ziegen, Schweinen, Eseln, Gazellen, Antilopen, Mäusen, von mehreren Vögeln, Fischen, Schlangen, vom Nilpferd, Krokodil), Galle (vom Rind, Schwein, von Fischen). Außerdem finden sich in buchstäblicher Lesung viele Dinge verzeichnet, die an die chinesische Apotheke oder zum Teil an die moderne Organtherapie erinnern, wie Blutsorten, Eingeweide, Fleisch, Haut, Haare, Stacheln, Hörner, Klauen, Knochen, Gräten, Exkremente, sowie ganze Tiere, wie Kanthariden, Würmer, Schlangen, Eidechsen, Fledermäuse. Unterliegt die Deutung der ägyptischen Drogenbezeichnungen schon im allgemeinen großen Schwierigkeiten, so gilt dies namentlich für die „animalischen“ Stoffe, da man es hier — wenn auch die Aegypter gewiß einige tierische Mittel anwendeten — vielleicht weit öfter als bisher nachgewiesen worden ist, mit solchen Substanzen nicht-tierischer Herkunft zu tun hat, deren Name oder hermetische Geheimbezeichnung zu einer falschen Annahme führt. Es sei z. B. darauf verwiesen, daß unter der ägyptischen Bezeichnung „Mäuseschwanz“ die Malve zu verstehen ist und daran erinnert, daß auch viele der noch heute verbreiteten volkstümlichen Pflanzennamen einen Uneingeweihten täuschen könnten (z. B. Storchschnabel, Löwenmaul, Löwenzahn, Mäusedarm, Hühnerdarm, Bärenklaue). Insbesondere sind jene Stoffe verdächtig, welche den Namen von heiligen Tieren tragen, z. B. Krokodilshoden; wissen wir doch, daß manche Pflanzen nach Körperteilen oder Körperbestandteilen der Gottheiten benannt wurden, z. B. Anethum = Glied des Duhit, Potentilla = Finger des Duhit, und daß stellvertretend für den Namen des Gottes jener seines heiligen Tieres (Duhit — Ibis oder Hundsaffe) eingesetzt wurde, z. B. Träne des Hundsaffen = Dillsaft, Haare des Hundsaffen = Dillsame, Glied des Hundsaffen = Dill oder Krallen des Ibis = Potentilla. Diese „hermetischen“ Umnennungen, welche natürlich zu suggestiven Zwecken und zur Fernhaltung des Laienelements dienten — entsprechend der sumerischen Geheimsprache babylonischer Priesterärzte — sind unter anderem verbürgt durch ein Räucherrezept (Tempelinschrift in Edfu), wo zwischen je zwei Bezeichnungen (Geheimname — Vulgärname) regelmäßig die Worte „Name für“ eingefügt erscheinen, ferner durch einen Papyrus aus der römischen Kaiserzeit, welcher die Synonyma von 37 meist vegetabilischen Arzneidrogen enthält unter der Kapitelüberschrift: „Hermetische Auflösung aus den Gelehrtenbüchern, gemäß dem Gebrauche der Schriftgelehrten. Gegenüber dem Vorwitze der Laien nämlich, nennen sie die Pflanzen und die übrigen Drogen nach göttlichen Symbolen um, damit die Laien wegen der resultierenden Fehler in ihrer gewohnten Diensteifrigkeit nicht pfuschen können.“ Am öftesten kommen diese tierischen Substanzen als Ingredienzen von äußeren Medikamenten vor, nämlich in Augenmitteln (Blutsorten, Gehirnsubstanz, Exkremente), Haarwuchsmitteln (Blut von schwarzen Tieren, Körperteile), Salben und Pflastern; in der internen Medikation des Pap. Ebers werden sie weniger genannt.
Die Formen, in denen die Arzneistoffe zur Anwendung gelangten, waren Arzneitränke, Elektuarien, Kaumittel und Gurgelwässer, Schnupfpulver, Inhalationen, Salben, Pflaster, Umschläge, Einspritzungen, Suppositorien, Klistiere (galten als ägyptische Erfindung!), Räucherungen. Die letzteren — im Geiste der Pneumalehre — hatten den Zweck, die „schlechte Luft“ (d. h. den üblen Geruch derselben) durch noch schärfere Gerüche zu beseitigen oder durch Wohlgerüche zu verbessern. Harze, Benzoe, Styrax etc. waren hierzu geeignet, am beliebtesten aber war ein aus Wacholder, Myrrhe, Kalamus und ähnlichen Substanzen zusammengesetztes Räuchermittel, das den Namen Kyphi führte. (Noch unter den Ptolemäern wurde das Rezept zu demselben in die Wände des Tempels von Edfu eingegraben.)
Die Arzneitherapie unterlag festen Regeln, und gerade auf ihrem Gebiete wirkte der drückende Zwang, welcher die individuelle Tätigkeit des Arztes lähmte, am meisten. Vor allem durften akute Affektionen nur 5 Tage lang behandelt werden, und zwar bestand die Medikation darin, daß man am ersten Tage ein drastisches Mittel (als Einleitungskur zur eventuellen Ausleerung des Krankheitsstoffes), sodann an den folgenden 4 Tagen andere Arzneien (zur Nachkur) darreichte; deshalb findet sich bei den Rezepten die Bezeichnung „für 1 Tag“ oder „für 4 Tage“. Die Rezepte besaßen einen ähnlichen Aufbau wie die modernen, bestanden aus Grundstoffen, Hilfsstoffen, Auszugsmitteln und Geschmackskorrigentien; den einfachen Rezepten der älteren Zeit stehen sehr umfangreiche Rezeptkompositionen aus der späteren Epoche gegenüber. Die Dosierung war aufs genaueste bestimmt; auffallenderweise erscheint derselbe Stoff mit wenigen Ausnahmen immer in der gleichen Menge und die Drogengewichte verhalten sich wie 1:2:4:8:16:32:64 (duales Gewichtssystem).