In der älteren Zeit widmeten sich dem ärztlichen Berufe in Japan fast nur die Angehörigen der vornehmsten Kreise, aus dem niederen Stande höchstens alte Leute. Das im Anfang des 17. Jahrhunderts eingeführte Feudalsystem, das erst 1868 sein Ende fand, unterschied Fürstenärzte und Volksärzte. Die ersteren, streng hierarchisch gegliedert (Aerzte des Mikado, des Shogun, der Daimio), gingen aus der Adelskaste hervor und setzten sich aus den zum Kriegsdienst untauglichen Mitgliedern derselben zusammen; letztere gehörten dem gemeinen Volke an. Beide besaßen dieselbe (langärmlige) Amtstracht, die Fürstenärzte trugen aber das auszeichnende Schwert, später eine Scheinwaffe. Während die Fürstenärzte je nach dem Range feste Bezüge hatten und mit allerlei Titeln dekoriert wurden, lieferte man die Volksärzte der Großmut der Patienten aus, indem man die Bestimmung des Honorars diesen gesetzlich überließ. „Wenn die Jünger der Heilkunde auch,“ so hieß es, „die Krankheiten geschickt heilen und Erfolge haben, so dürft Ihr ihnen doch keine großen Einkünfte verleihen, denn sie würden dann ihren Bedarf vernachlässigen.“ Das durchschnittliche Honorar betrug das 2-4fache des Medikamentenpreises, der den Aerzten außerdem für die stets selbstbereiteten Arzneien erstattet wurde. Um zu seinem Rechte zu gelangen, konnte sich der bedrückte schutzlose Arzt nur einer Waffe bedienen — der Schmeichelei. Diese konnten schon die Jünger der Heilkunde erlernen, wenn sie ihren Meister bei seinen Krankenbesuchen — wie es üblich war — begleiteten.
Wenig begabt, eine selbständige Kultur zu schaffen, hingegen ungewöhnlich befähigt für die Assimilation fremder Bildungselemente, eigneten sich die Japaner sehr rasch das Wesentlichste der chinesischen Medizin aus den Hauptwerken an und produzierten eine umfangreiche wissenschaftliche Literatur, welche vollkommen den Vorbildern entspricht. In der Theorie konnte die japanische Geisteseigentümlichkeit, abgesehen von textkritischen Erörterungen oder erklärenden Zusätzen, wenig zur Geltung kommen — denn die Fesseln des chinesischen Systems machen eine weitere Entwicklung der Spekulation unmöglich —; die Praxis aber, welcher die japanischen Aerzte bei ihrer realistischen Veranlagung ohnedies gewiß das meiste Interesse entgegenbrachten, scheint wenigstens hie und da eine eigene, lokale Färbung angenommen zu haben, wobei die Traditionen der verblaßten autochthonen Heilkunde den Hintergrund bildeten. Dahin zählten z. B. die häufige Anwendung von schweißtreibenden Mitteln bei Katarrhen und der Gebrauch von heißen Bädern, wobei namentlich die heißen Mineralquellen des Landes in Betracht kommen.
Die Moxibustion (mit Artemisia vulgaris auch zu prophylaktischen Zwecken vorgenommen) und die Akupunktur (Drehnadeln oder mit Kanüle versehene Schlagnadeln) sind auch in China die beliebtesten therapeutischen Methoden, desgleichen die Massage (Streichen, Drücken, Kneifen, Zupfen), welche mit großer Geschicklichkeit und nach gewissen theoretischen Grundsätzen ausgeführt wird; für die Akupunktur gibt es eigene Spezialisten, die Moxen werden nicht von Aerzten gesetzt, sondern von niedrigen Leuten (besonders alten Weibern), die Massage besorgen am besten blinde Kneter. Der Arzneischatz ist nach dem Muster des chinesischen zusammengestellt; die Chirurgie blieb auf primitiver Stufe (plumpe Verbände, Salben- und Pflasterbehandlung, keine blutigen Operationen), bevor die europäische einwirkte; eigenartig ist die japanische Zahnextraktion (zuerst Lockerung mittels eines hölzernen Stöckchens und eines Hammers, dann Extraktion mit den Fingern).
Seit dem 16. Jahrhundert begannen allmählich Emanzipationsbestrebungen hervorzutreten, und zunächst zeigt sich wenigstens bei einzelnen guten Beobachtern oder in einzelnen Gebieten der Medizin eine gewisse Unabhängigkeit vom Dogmatismus der Chinesen. Repräsentanten der neuen Richtung waren Manase Shokei und sein Schüler Tamba (welche Hitze und Feuchtigkeit als wichtigste Krankheitsursachen betrachteten, die Kuren mit Schwitzmitteln eröffneten und auf die Untersuchung des Harns sowie der Fäces den größten Wert legten), ganz besonders aber der große Nagata Tokuhon. Dieser treffliche Beobachter — dem man geradezu das Ehrenprädikat eines japanischen Hippokrates beilegen sollte — betrachtete die Natur als den größten Arzt und vereinfachte die komplizierte Therapie, ausgehend vom Gedanken, daß es im Wesen nur darauf ankomme, die Naturheilkraft (riyō-no) zu unterstützen. Bei dieser freien Auffassung kam er natürlich mit dem chinesischen Formelzwang häufig in Konflikt und erkühnte sich beispielsweise, Fieberkranken den Genuß von kaltem Wasser zu gestatten. Tiefe Menschenkenntnis verrät es auch, daß Nagata Tokuhon Nervenkranke nicht mit Arzneien plagte, sondern durch die psychische Beeinflussung zu heilen suchte, nachdem er die Ursache des Leidens ergründet hatte: zum Landmann sprach er vom fruchtbaren Regen, zum Mädchen von zukünftiger Heirat, zur Frau von der baldigen Rückkehr des abwesenden Gatten.
Hier sei erwähnt, daß die von den Priestern des Shintoismus und des Buddhismus vertretene theurgische Behandlungsweise zwar in der älteren Epoche und späterhin bei den unteren Volksschichten eine Rolle spielt, ohne aber jene Bedeutung wie in China zu erreichen.
Eine von der chinesischen ganz unabhängige, selbständige Ausbildung erfuhr im 18. Jahrhundert die Geburtshilfe, hauptsächlich deshalb, weil sie der allgemeinen Praxis entzogen, in den Händen von eigenen Spezialisten lag, die zum Teil auf rationellen Gebräuchen der altjapanischen Medizin weiterbauten.
Schon in Altjapan wandte man der Behandlung Schwangerer größte Sorgfalt zu. Es gab ein besonderes Geburtszimmer, in dem die Frau 3 Wochen vor und 3 Wochen nach der Geburt verweilte. In der zweiten Hälfte der Schwangerschaft (und 5 Wochen nach der Entbindung) wurde eine zweckmäßige Leibbinde getragen, und durch Reibungen des Unterleibs auf die richtige Lage des Kindes einzuwirken versucht. Während der Geburt und in den ersten 8 Tagen nach derselben kam ein besonderer Geburtsstuhl zur Anwendung. Seit der Mitte des 18. Jahrhunderts nahm die Geburtshilfe bedeutenden Aufschwung durch den ehemaligen Kneter und Akupunkturisten Kagawa Shigen. Derselbe veröffentlichte 1765 ein grundlegendes Spezialwerk San-ron (Abhandlung über die Geburt), in welchem er viele falsche Anschauungen der Chinesen bekämpfte und manche gute Beobachtungen, untermischt mit Vorurteilen, zusammenfaßt. Durch die Nachkommen des Kagawa Shigen fanden die rationellen Bestrebungen eine würdige Fortsetzung. Zu erwähnen wären folgende Einzelheiten: Geburtsstellung: Knieellenbogenlage; Dammschutz; doppelte Ligatur der Nabelschnur, Durchschneidung mit der Schere; Styptikum: Galläpfelpulver; Entfernung der zögernden Nachgeburt durch Reiben des Unterleibs und Ziehen am Nabelstrang, eventuell instrumentelle Extraktion; Stillen erst vom 4. Tage an. Operationen: Extraktion bei Fußlage, Wendung auf den Kopf durch äußere und innere Handgriffe, Wendung auf den Fuß durch äußere und innere Handgriffe, Perforation und Dekapitation (mit einem scharfen Schlüsselhaken). Seit dem Anfang des 19. Jahrhunderts verwendeten die japanischen Geburtshelfer zur Extraktion die Fischbeinschlinge. Ob das geburtshilfliche Instrumentarium auf europäischen Einfluß zurückzuführen ist — wiewohl derselbe erst seit der Mitte des 19. Jahrhunderts von Hindernissen aller Art befreit wurde — oder unabhängig davon erfunden worden ist, bildet noch eine Streitfrage.
Derart vorbereitet, wurde Japan bald ein empfänglicher Boden für die europäische Medizin, und wenn diese auch infolge außerordentlicher Hindernisse nicht vor den drei letzten Dezennien des 19. Jahrhunderts zur Herrschaft gelangte, so lassen sich doch weit früher die Etappen ihres allmählichen Vordringens, das mit der Missionstätigkeit der Portugiesen begann und mit der Gründung der medizinisch-chirurgischen Akademie in Tokio (1871), nach deutschem Muster, die Höhe erreichte, deutlich erkennen. Heute hat die japanische Medizin ihre Sonderstellung aufgegeben, sie ist ein würdiges Mitglied im Bunde der Weltmedizin geworden.
Die Japaner nahmen einstens die chinesische Kultur zwar mit virtuoser Rezeptivität äußerlich an, in Ermangelung einer besseren und geblendet von ihrer Superiorität, aber im Innersten widerstrebte die bewegliche, leidenschaftliche Volksseele der „Franzosen des Ostens“ dem starren Formalismus, dem stetigen Festhalten an vererbten Traditionen, der kalten, nüchternen Selbstzufriedenheit. Der mit feiner Beobachtungsgabe gepaarte Realismus, der regsame Forschungssinn, das schaffenslüsterne Erfindungstalent ließ die chinesische Unempfänglichkeit für äußere Einflüsse niemals ganz zur integrierenden Eigenschaft der Nation werden, wiewohl politische Motive lange Zeit die Abschließung gegen das Abendland als Notwendigkeit vorspiegelten. Die chinesische Kultur war nur ein Gewand, das die Japaner in Ermangelung eines besseren angenommen hatten und das sie ablegten, als die reiche Mannigfaltigkeit der europäischen Zivilisation ihren Nachahmungstrieb reizte. Sobald sie die Superiorität derselben erfaßt hatten, warfen sie sich ihr in die Arme mit einer Anpassungsfähigkeit, die das Erstaunen der ganzen Welt erregt! Gerade die europäische Medizin war es, welche durch Taten des Geistes und der Menschenliebe vielleicht zuerst die Bewunderung im fernen Osten erregte und den Weg zur Annäherung bahnte.
Portugiesischen Aerzten, welche mit Missionären im Laufe des 16. Jahrhunderts ins Land kamen, danken die Japaner die Anfänge operativer Chirurgie: Eröffnung von Abszessen, Aufschneiden von Mastdarmfisteln u. a. Seit dem Anfang des 17. Jahrhunderts wurde der Einfluß der Holländer maßgebend. Die Aerzte der holländischen Faktorei bei Nagasaki wirkten unausgesetzt unter den größten Schwierigkeiten als Pioniere, indem sie teils wißbegierige Jünger heranbildeten, teils Kranke behandelten. Um die Mitte des 19. Jahrhunderts wurde in Nagasaki die erste offizielle Medizinschule in europäischem Stile gestiftet. Längst vorher aber hatte die Saat, welche die Holländer ausgestreut, reiche Früchte getragen. Im Jahre 1775 erschien zum ersten Male ein anatomisches Werk in japanischer Sprache (Uebersetzung der holländischen Ausgabe der Anatomie des Joh. Ad. Kulmus); der Uebersetzer Sugita Gempaku hatte sich bei der Sektion einer Verbrecherin von der Richtigkeit der europäischen Anatomie und von der Unrichtigkeit der chinesischen Angaben überzeugt, durch Verbreitung der gewonnenen Kenntnisse wurde er gleichsam der Vesal seiner Heimat. Zu Anfang des 18. Jahrhunderts machte Hanaoka Shin Amputationen, Geschwulstexstirpationen und andere größere Operationen, wobei er sich der Narkose (intern Dekokt von fünf narkotischen Kräutern) bediente; sein Schüler Honma Gencho führte zuerst die Ligatur der Arterien aus.