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Die anatomischen Kenntnisse der Hippokratiker sind zum größten Teile aus Tierzergliederungen, Erfahrungen bei der Schlachtung und Opferschau und aus der Beobachtung chirurgischer Fälle geschöpft. Von einer planmäßigen Sektion menschlicher Leichen konnte bei den strengen religiösen Vorschriften, welche die sofortige Beerdigung geboten, bei dem abergläubischen Abscheu vor dem Toten keine Rede sein. Wiewohl nicht einwandsfrei bewiesen, so doch nicht ganz abzuweisen ist dagegen die Annahme, daß einzelne hervorragende Forscher, wenn sich die seltene Gelegenheit darbot, auch vor der Untersuchung menschlicher Körper oder wenigstens Körperteile (namentlich Knochen) nicht zurückschreckten und dieselbe zur Korrektur der herrschenden Anschauungen verwendeten. Die Wahrscheinlichkeit dieser Annahme ergibt sich, abgesehen von manchen Erzählungen[63] der antiken Autoren, insbesondere aus der Ueberlegung, daß die Leichen von Barbaren, Vaterlandsverrätern, Verbrechern dem Bannkreis der religiösen Satzungen entzogen waren und daher ebenso wie die zufällig angeschwemmten Leichenteile die Neugier wissenschaftlicher Forscher reizen konnten. Von den oft diskutierten Stellen im Corpus Hippocraticum, die nach der Auffassung einzelner Historiker für die Sektion menschlicher Leichen sprechen[64], ist keine absolut beweisend, und keinesfalls sind in der Pathologie tiefere Spuren von anatomischen Untersuchungen (an Krankheiten)[65] Verstorbener merkbar, hingegen wird von den Hippokratikern nicht selten vergleichend auf die zootomischen Tatsachen oder pathologisch-anatomischen Befunde, wie sie beim Schlachten der Tiere aufstoßen mußten, hingewiesen[66].

Der Unterricht in der Anatomie — worauf die Asklepiaden nach Galen so großen Wert legten — stützte sich neben mündlicher Ueberlieferung auf häufige Tierzergliederung; vielleicht wurden hierbei auch Nachbildungen von Skeletten benützt, nach Art desjenigen, welches in Delphoi als angebliches Weihgeschenk des Hippokrates verwahrt wurde[67].

Aus der Uebertragung zootomischer Forschungsergebnisse auf den Menschen erklären sich viele Mängel der hippokratischen Anatomie, z. B. die Lehre vom zweihörnigen Uterus, woran sich eine ganze Reihe phantastischer Hypothesen knüpft.

Die Osteologie ist in den hippokratischen Schriften gründlich behandelt; gute Beschreibung von Knochen und einzelnen Gelenksverbindungen (z. B. der Rippen mit den Wirbeln und dem Brustbein, Hüftgelenk, mangelhaft dagegen die Kenntnis des Knie- und Ellbogengelenks); man kannte Diaphyse und Epiphyse, das Periost, das Knochenmark, Schädelnähte, die Diploë, die beiden Schädelplatten und wußte von der Existenz der Synovia. — Die Muskeln werden von den Weichteilen überhaupt nicht scharf getrennt. Der Begriff der Sehnen (νεῦρα, τένοντες) ist unklar, sie werden mit Nerven und Bändern zusammengeworfen. Bekannt scheinen Schläfen-, Kau-, Nackenmuskel, Deltoides, Pectoralis major, Biceps, Triceps, Brachialis int., Hand- und Fingerbeugen, Psoas, Glutäen, Biceps femoris, Achillessehne, Rückenmuskeln. — Die Eingeweidelehre ist mangelhaft. Erwähnung, aber keine genauere Beschreibung finden die Einzelheiten der Mundhöhle, der Rachen, die Speiseröhre, der Magen, die Därme, die Leber (zweilappig) mit Pforte und Gallenblase, die Milz (ähnlich der Sohle des Fußes), das Mesenterion, Mesokolon, das Bauchfell, Nieren (herzförmig), Harnblase, Harnröhre, Hoden, Samenblasen, Ductus ejaculatorii, Uterus (zweihörnig) und Bänder des Uterus (Ovarien nicht beschrieben), äußerer und innerer Muttermund (Vagina gilt als Teil des Uterus, Hymen ist unbekannt). Was den Respirationstrakt anlangt, so kannten die Hippokratiker die Luftröhre (ἀρτηρίη), die Epiglottis, die Bronchien und beschrieben an der Lunge fünf Lappen. Von Drüsen sind die Tonsillen, Lymphdrüsen des Halses, der Achselhöhle und Inguinalgegend, die Mesenterialdrüsen, die Brustdrüsen genannt. Das Gefäßsystem wird in den einzelnen Schriften sehr verworren geschildert. Als Ausgangspunkt gilt der Kopf, später die Aorta und Hohlvene, welche von der Milz und Leber entspringen; nach dem Buche de morbo sacro treten alle Adern des Körpers in das Herz. Unter φλέβες sind ursprünglich alle Hohlgänge des Körpers, später die blutführenden Adern zu verstehen: ἀρτηρίη bedeutet zunächst die Luftröhre und Bronchien, später auch die vorwiegend oder ausschließlich Luft führenden Arterien. Am besten bekannt sind die großen und die oberflächlich verlaufenden Gefäße, aber ihre Verästelung ist zumeist ganz phantastisch[68] dargestellt (Kreuzung, vielleicht aus der Beobachtung der Kreuzungserscheinungen bei zerebralen Lähmungen ersonnen). In der Beschreibung des Herzens (pyramidenförmig) wird des Herzbeutels (eine kleine Menge harnähnlicher Flüssigkeit enthaltend), der Herzohren, der Scheidewand, der Kammern, der Halbmondklappen, der Sehnenfäden gedacht. Beide Kammern kommunizieren, die linke nährt sich vom feinsten Bestandteil des Blutes der rechten Kammer. Ganz unzureichend ist die Neurologie, da Nerven mit Sehnen, Bändern und Gefäßen zusammengeworfen werden, das Gehirn aber als eine mit kalter Flüssigkeit gefüllte Drüse gilt; eine dickere und eine dünnere Haut umgeben das in zwei Hälften zerfallende Gehirn, aus dem das gleichfalls umhäutete Rückenmark entspringt. Von Nerven sind angedeutet der Olfactorius, Opticus, Trigeminus, Vagus, Sympathicus, Plex. brachialis, Ulnaris, Ischiadicus, Intercostales etc. Von den Sinnesorganen fehlt jede tiefere Kenntnis. Am Auge beschrieb man drei Häute, die weiße, dünnere, spinnwebeartige Haut. Bei der obersten (weißen) Haut unterschied man die vor der Pupille (κόρη) gelegene Hornhaut (τὸ διαφανὲς, das Durchsichtige), bei der mittleren (dünneren) die Regenbogenhaut (τὸ μέλαν). Vom Ohre kannten die Hippokratiker den knöchernen Teil und das Trommelfell („dünn wie Spinngewebe“).

Die Physiologie der Hippokratiker entbehrt strenger Einheitlichkeit infolge des verschiedenartigen Ursprungs der einzelnen Schriften und läßt sich nur aus zerstreuten Bemerkungen zusammenstellen, welche nicht selten miteinander im Widerspruch stehen. Deutlich verrät sich der naturphilosophische Einfluß in den Grundideen, in der Auffassung des Lebensprinzips und der konstituierenden Elemente des Körpers, und nicht zum mindesten zeigen gerade die hippokratischen Schriften, wie wechselvoll und langwierig der Meinungskampf war, der sich über diese Fragen im Lager der Spekulation abspielte. Wir finden solche Schriften, deren Theorie von einzelnen der vier Elemente, der Luft, oder dem Feuer, oder dem Feuer und Wasser ausgeht, andere, in welchen der Antagonismus der Qualitäten des Warmen, Kalten, Trockenen und Feuchten, des Herben, Süßen, Saueren etc. die Hauptrolle spielt, endlich solche, wo alle Erscheinungen von den Körpersäften abgeleitet werden, in denen man das Analogon oder die besondere Modifikation der kosmischen Elemente und ihrer Qualitäten erblickte. Bald repräsentieren zwei Säfte: der Schleim und die Galle, den Gegensatz des Kalten und Warmen, bald sind es vier Kardinalflüssigkeiten, welche den vier Elementen oder vier Qualitäten entsprechen: das Blut, der Schleim, das Wasser, die Galle oder das Blut, der Schleim, die gelbe, die schwarze Galle. In dieser letzten Fassung, wie sie z. B. in der Schrift de natura hominis hervortritt, gelangt die Vier-Säftetheorie endlich zum Abschluß. — Auch der uralte Streit, ob die Luft oder die Blutwärme das eigentliche Lebensprinzip darstellt, findet bei aller Schwankung eine Lösung, die einem Kompromiß gleichkommt: Die Wärme wird zum eigentlichen Lebensprinzip erhoben, aber (vom Blute abstrahiert) von der Zufuhr des Pneuma abhängig gemacht.

Die beiden Hauptideen, welche die hippokratische Physiologie durchwalten, sind die Idee der Zweckmäßigkeit. — „Die Natur ist für alles in jeder Beziehung genügend“ (De alimento XI) und der Gedanke, daß alle Organe in ihrer Funktion zusammenwirken, zu einem einheitlichen Ganzen verbunden sind. — „Ein Zusammenströmen, eine Vereinigung, eine Sympathie“ (De alimento XXIII). Jede Störung ergreift daher den ganzen Organismus.

Von methodologischem Interesse ist es, daß die Hippokratiker sehr häufig physiologische Vorgänge durch diejenigen Stoffe und Kräfte erläutern, auf welche die tägliche Beobachtung hinweist[69]. Der nächste Schritt wird durch Vergleiche zwischen Makrokosmus und Mikrokosmus, zwischen Tier- und Pflanzenleben oder, wie namentlich in den knidischen Schriften, durch physikalische Vergleiche bezeichnet.

Auch klinische Erfahrungen und Experimente wurden als Mittel zur Erkenntnis herangezogen. So weist der Verfasser von de musculis darauf hin, daß bei Selbstmördern nach Durchschneidung der Luftröhre Stimmlosigkeit entstehe, woraus hervorgehe, daß die Stimme vom Ertönen der Luft im Innern der Luftröhre abzuleiten sei. In der Schrift de corde wird die Behauptung vertreten, daß ein Teil der Flüssigkeit beim Trinken in die Luftröhre gelange und zum Beweise folgender Versuch angeführt: „Wenn man Wasser mit blauem Kupferocker oder mit Mennige verrührt, einem fast verdurstenden Tiere, vorzüglich einem Schweine, davon zu saufen gibt und ihm darauf, während es noch säuft, die Kehle durchschneidet, so wird man diese durch den Trunk gefärbt finden.“ In derselben Schrift wird gesagt, daß man sich durch den Versuch von der Schlußfähigkeit der halbmondförmigen Klappen überzeugen könne, denn „wenn einer das Herz herausnimmt und von den beiden Klappen die eine stützt und die andere sich außerdem noch (von den Wänden) zurücklehnen läßt, so wird weder Wasser, noch darauf auftreffende Luft hindurch in das Innere des Herzens dringen können“.

Grundprinzip des Lebens ist jedenfalls die dem Körper „eingepflanzte“ Wärme (ὲμφυτὸν θερμόν), welche ihren Sitz im linken Herzen hat. Unter dem Einfluß der „eingepflanzten“ Wärme werden aus den Nahrungsmitteln die flüssigen Grundstoffe und aus deren verschiedenartiger Mischung wieder die festen Körperteile gebildet; die Mannigfaltigkeit der Organe erklärt sich aus den verschiedenen Graden, in denen die Wärme auf das Grundmaterial wirkt. Das Hauptmaterial zum Organaufbau stellt das Blut dar, welches in der Leber bereitet wird und im rechten Ventrikel die gehörige Temperatur erhält. Von dort strömt es, vom pulsierenden Herzen getrieben, durch die „Adern“ zu allen Körperteilen. Ueber den Inhalt des linken Ventrikels und der Arterien ist nichts Genaues überliefert; sicher ist nur, daß man sich denselben entweder nur aus Pneuma oder doch vorwiegend aus Pneuma (neben den feinsten Blutbestandteilen) bestehend dachte[70]. Das bei Verletzung der Arterien hörbare Zischen, die Tatsache, daß in der Leiche der linke Ventrikel blutleer gefunden wurde, spiegelte wohl einen „exakten“ Beweis für diese irrige Annahme vor. Ueber den Zweck der Lungen und die Respiration finden sich nur unbestimmte und vielfach abweichende Angaben. Nach de anatome dienen die an sich kalten Lungen dazu, die kalte Luft aufzunehmen und das Herz abzukühlen. Diese „Abkühlung“ werde auch noch dadurch unterstützt, daß beim Trinken eine kleine Menge von Flüssigkeit auf dem Wege der Luftröhre in den Herzbeutel dringe. (Beobachtung der Herzbeutelflüssigkeit in der Leiche!) Anderseits werde die dem Herzen eingepflanzte Wärme durch die Luft, welche aus den Lungen und Lungengefäßen zuströme, bezw. durch das (in der Luft enthaltene, belebende) Pneuma stetig unterhalten.