Neben Joh. Müller stehen als Zootomen an erster Stelle H. Stannius (1808-1883) und C. Th. von Siebold (1804 bis 1885); jener als Verfasser des gebräuchlichsten und zuverlässigsten Lehrbuches der vergleichenden Anatomie der Wirbeltiere (1846), sowie zahlreicher zootomischer Abhandlungen von größter Exaktheit; dieser, der Sproß einer bedeutenden Gelehrtenfamilie, der von 1853 ab in München eine überaus fruchtbare Tätigkeit entfaltete, nachdem er 1848 zum ersten Male die vergleichende Anatomie der Wirbellosen dargestellt hatte. Die Hauptverdienste erwarb sich indes Siebold um die Kenntnis der Parthenogenese sowie um die Helminthologie, die sich nach mächtigen Impulsen von Rudolphi um die Mitte des Jahrhunderts zum bedeutendsten Zweig der medizinischen Zoologie auszuwachsen begann. In dieser Linie steht an Siebolds Seite vor allem Rud. Leuckart (1822-1898, von 1850 an Professor in Gießen, von 1869 an in Leipzig), der die Gebiete der Zeugungsphysiologie, der Helminthologie, der Systematik und Anatomie der Wirbellosen durch eine große Fülle exakter Arbeiten förderte. Klassisch sind seine Schriften über die Blasenwürmer (1856) und die Trichine (1860) geworden, sowie Leuckarts zusammenfassendes Werk über die Parasiten des Menschen (1. Aufl. 1863-76), womit er diesem praktisch wichtigen Gebiet die vollkommenste systematische Darstellung angedeihen ließ und auch seine theoretische Bedeutung hervorhob. Wie kaum ein anderer akademischer Lehrer schulte Leuckart in seinem Laboratorium auswärtige Zoologen nach deutscher Methode, und verschaffte damit der herrschenden deutschen Zoologie die größte Anerkennung über den ganzen Erdkreis zu einer Zeit, da die Zoologie erst begann, Gemeingut auch der erst in die Kultur eintretenden Nationen zu werden.
C. G. Ehrenberg (1795-1876), Professor der Medizin in Berlin, bereiste mit W. Hemprich die Nilländer (1820-26), später mit A. von Humboldt Asien bis zum Altai (1829). Daneben galten seine Studien besonders den Infusorien, für die er das auch mit Illustrationen reich ausgestattete bedeutendste Werk in der ersten Hälfte des Jahrhunderts (1838) verfaßte. Seine Auffassung, daß die Infusorien nach Art der höheren Tiere Organe hätten, hielt dem Fortschritt der Protozoenforschung nicht stand.
Ein gewisses Bindeglied zwischen der französischen und der deutschen Zoologie bildete Karl Vogt (1817-95). In Gießen aufgewachsen, schloß er sich später Agassiz an und schrieb für ihn die Naturgeschichte der Süßwasserfische, ferner eine wertvolle Entwicklungsgeschichte der Geburtshelferkröte (1892). Mit seinen physiologischen Briefen betrat er 1845 die Bahn populärer Darstellung, die er zeitlebens festhielt, und die in ihm einen geistreichen und humoristischen Vertreter fand, namentlich vor und in der Periode des Darwinismus, wo seine Zoologischen Briefe (1851), die Tierstaaten (1851), Köhlerglaube und Wissenschaft (1855) und die Vorlesungen über den Menschen (1863) die Stimmung auf deutschem Boden vorbereiteten und heben halfen. Ursprünglich Cuvierist, nahm er später im Lager des Darwinimus eine erste Stelle ein, um jedoch dann eigene Wege zu gehen und namentlich an der polyphyletischen Deszendenz festzuhalten. 1852 wurde er Professor der Zoologie in Genf und starb daselbst 1895, nachdem er 1885-94 ein originell angelegtes Lehrbuch der praktischen vergleichenden Anatomie in Gemeinschaft mit E. Yung, seinem Nachfolger im Amt, herausgegeben hatte. Ebenfalls vorwiegend Popularisator der Zoologie war H. Burmeister (1807-1892). Nachdem er 1837 Professor in Halle und 1852 in Breslau geworden, begann er Reisen in Südamerika zu unternehmen, gründete 1861 das Museum in Buenos Aires. Er entfaltete eine reiche schriftstellerische Tätigkeit. Neben zahlreichen Arbeiten über südamerikanische lebende und ausgestorbene Tierwelt, ferner über Insekten suchte er im Sinne von Humboldts Kosmos die Schöpfungsgeschichte der Erde darzustellen (1851). Den folgenden Autoren nähert er sich durch seine Zoonomischen Briefe (1856). In ähnlicher Weise, wie Burmeister nach Argentinien, verpflanzte R. A. Philippi (1808-1904) sie nach Chile, wohin er 1850 übergesiedelt war.
Mit den umfassendsten Kenntnissen verband ein großes Talent zur Systembildung G. Bronn (1800-1862). Nachdem er sich besonders der Paläontologie gewidmet hatte, wurde er 1833 Professor der Zoologie in Heidelberg. Der erste Paläontologe in Deutschland zu seiner Zeit, kannte er den ganzen damals bekannten Reichtum der erloschenen organischen Natur und pflegte daneben die Zoologie der lebenden Organismen. Seine von der Pariser Akademie preisgekrönte Schrift über die Entwicklungsgesetze der organischen Natur (1854) und seine morphologischen Studien über die Gestaltungsgesetze (1858) gehören zu den wichtigsten Vorarbeiten, auf denen Haeckel fußte. Er übersetzte zuerst Darwins Entstehung der Arten, wenn auch mangelhaft, und schuf in seinen Klassen und Ordnungen (begonnen 1859) die erste große Zusammenfassung der zoologischen Systematik nach Cuvier.
In der geistigen Signatur Bronn am ähnlichsten, aber mit Ausdehnung nach anderen Richtungen steht J. V. Carus da (1823-1903, von 1853 an Professor in Leipzig). In einer Bildungssphäre aufgewachsen, der ja auch C. G. Carus entstammte, entfaltete V. Carus früh außergewöhnliche Talente. Nach seinen Studien unter Siebold und Kölliker knüpfte er in Oxford die Beziehungen an, die ihn später zu einem der wichtigsten Bindeglieder zwischen deutscher und englischer Zoologie machten (Übersetzung von Darwins, Lewes’ und Spencers Werken, Vertretung von Professor Wyville Thompson während der Challenger-Expedition). Neben einigen Arbeiten über Anatomie und Entwicklungsgeschichte der Wirbellosen ist das erste größere Werk von V. Carus ein System der tierischen Morphologie (1853), das neben einer bemerkenswerten Betonung der Induktion und unter kritischer Auseinandersetzung mit Comte, Mill und Lotze zwar gewisser Grundlagen entbehrt, aber dennoch zu den besten biologisch-systematischen Versuchen des Jahrhunderts gehört. Zeitweise Bibliothekar, ist er der bedeutendste Bibliograph für unsere Wissenschaft geworden. 1846 begann er schon die Bibliotheca zoologica herauszugeben, begründete 1878 den Zoologischen Anzeiger, schuf den Prodromus faunae mediterraneae (1893) und machte sich besonders bei der Feststellung der internationalen Nomenklatur und um die Gründung der deutschen zoologischen Gesellschaft (1890) verdient. Seine Tätigkeit hat wohl ihren zeitlichen Schwerpunkt in der Periode des Darwinismus, ist aber so universeller Natur und setzt so früh ein, daß V. Carus nicht zu den von Darwin und Haeckel wesentlich beeinflußten Forschern zu zählen ist. Seiner Geschichte der Zoologie 1873 wird an anderer Stelle gedacht.
Es ist wohl begreiflich, wenn die Naturphilosophie auch noch in dem sonst ruhigeren Wasser der Klassifikation, das durch Linné und Cuvier hinreichend eingedämmt war, Wellen schlug. Der Carusschen Klassifikation wurde bereits oben als einer typischen gedacht. J. Hermann (1738-1800) trat für netzförmige Verwandtschaft der Lebewesen ein. Rudolphi versuchte ein System der Tierwelt auf das Nervensystem zu begründen, S. Voigt (1817) auf die Hartgebilde, Schweigger (1820) auf die Atmungsorgane, Wilbrand (1814) auf das Blut, Ehrenberg wiederum auf das Nervensystem, Goldfuß spaltete das Tierreich nach den Organsystemen des Menschen, Mac Leay (Engländer) begründete ein System auf die Fünfzahl, ebenso Joh. Jac. Kaup; P. J. van Beneden und C. Vogt auf das Verhältnis des Dotters zum Embryo. Unter diesen Umständen tat das Cuviersche System der vier Typen immer noch die besten Dienste. Außerdem machte der spezielle Ausbau der Klassifikation insofern die wichtigsten Fortschritte nach den niederen Wirbellosen hin, indem Siebold die Protozoen und Leuckart die Zölenteraten absonderten.
Sodann sei hier der Synopsis von Leunis (1802-73) gedacht, eines höchst zweckmäßigen Bestimmungs- und Nachschlagebuches für klassifikatorische Zwecke.
Dieser Periode gehört auch vor allem als der beste Popularisator der Zoologie an Alfred Brehm (1829-84). Als Sohn eines bereits um die Ornithologie hochverdienten Mannes (C. L. Brehm aus Schönau bei Gotha, 1787-1864) unternahm er wiederholt Reisen in Oberägypten und Abessinien, deren Resultate er auch in besonderen Schilderungen niederlegte. 1876-79 erschien sein Tierleben, womit er in den weitesten Kreisen Sinn für die ökologische Seite der Tierwelt verbreitete.
Eine durchaus selbständige Stellung nimmt Ludwig Rütimeyer ein. Geboren 1825 im Kanton Bern, widmete er sich theologischen und später medizinischen Studien, nach deren Abschluß er Studienreisen nach Frankreich, England und Italien antrat; von 1855 ab Professor der Zoologie in Basel, starb er daselbst 1895. Rütimeyer wandte die Schulung des Pariser Pflanzengartens und der englischen Museen auf Stoffe an, die ihm teils diese stets wieder von ihm besuchten Stätten, teils sein Heimatland darbot. Lange Zeit geologische, anthropologische, geographische Studien neben den zoologischen betreibend, besaß er die Vorbedingungen zu klassischer Bearbeitung der Grenzgebiete. 1861 erschien seine Fauna der Pfahlbauten, über 20 Jahre dehnt sich die Veröffentlichung seiner umfangreichen Studien über die Naturgeschichte der lebenden und fossilen Huftiere aus, die zu den sorgfältigsten und überzeugendsten phylogenetischen Spezialarbeiten über große Formenreihen von Wirbeltieren gehören. Die geschichtlich bedeutungsvollste Schrift Rütimeyers (Die Herkunft unserer Tierwelt 1867) verknüpft die Stammesgeschichte der höheren Landtiere und Verbreitungsgeschichte derselben zu einem einheitlichen Gesamtbild, das für die Verbindung und Wertung der verschiedenen Urkunden der Tiergeschichte vorbildlich ist. Gegenüber dem Darwinismus hat Rütimeyer einem vorsichtigen, die Unvollkommenheit der einschlägigen Materialen kritisch beurteilenden, evolutionistischen Standpunkt gehuldigt, der am meisten an denjenigen C. E. von Baers erinnert und wie er selbst ihn schon im Anschluß an Is. Geoffroy vor dem Erscheinen der „Entstehung der Arten“ eingenommen hatte.
Die vergleichende Anatomie vertrat in der darwinistischen Periode in Deutschland besonders Karl Gegenbaur (1826 bis 1903, ein Schüler der Würzburger medizinischen Schule in ihrer Glanzzeit, doktoriert 1851, nach mehrfachen Studienreisen an die Meeresküste 1854 Privatdozent, von 1855-73 Professor in Jena, dann in Heidelberg). Gegenbaur ist, auf streng empirischer Grundlage bleibend, im Anschluß an Joh. Müller und H. Rathke als Fortsetzer der vergleichenden Anatomie in einer Zeit zu bezeichnen, die dieser Wissenschaft nicht mehr günstig war. Seine Arbeiten erstrecken sich über die Wirbellosen, namentlich die niederen marinen Metazoen, sowie über die meisten Gebiete der Wirbeltieranatomie mit Einschluß des Menschen. 1859 erschienen seine Grundzüge der vergleichenden Anatomie, aus denen sich allmählich immer umfangreichere Gesamtdarstellungen entwickelten. In zahlreichen Aufsätzen, insbesondere in dem von ihm 1876 begründeten „Morphologischen Jahrbuch“ behandelte er einzelne Probleme der Morphologie. Auf dem Gebiet der Wirbeltiere beschäftigten ihn zunächst histogenetische Fragen, bald aber wandte er sich dem Problem des Wirbeltierkopfes und der Schädeltheorie zu, der er im Anschluß an R. Owen und Huxley und insbesondere auf Grund der Studien über das Kopfskelett der Selachier neue, der Entwicklungslehre entsprechende Formen zu geben anfing. Seine umfassendste Untersuchungsreihe betraf das Extremitätenskelett. Außer auf diesen Arbeitsgebieten nahm er jedoch an allen Punkten die vergleichende Anatomie in Angriff. Als Begründer der größten Schule auf dem Gebiete der Morphologie und in lebhaftem Gedankenaustausch mit seinen Schülern gewann er die ausgedehnteste Übersicht über das Gesamtgebiet dieser Wissenschaft, wie er sie in seiner 1898-1901 erschienenen „Vergleichenden Anatomie“ im Geiste der Entwicklungslehre mit mächtiger Hand zusammenfaßte.