No dejaba Doña Juana de escribir á su madre con el objeto indicado; pero inútiles habian sido hasta entonces sus súplicas para alcanzar el permiso de esta: habia llegado hasta el punto de mandar á los personajes mas influyentes de su córte para si por este medio lograba lo que hubiera deseado aun á costa de su vida. Mas viendo que todo era en vano, tomó la determinacion de marcharse sin el consentimiento de su madre, sin que llegase á oidos de su padre, y si era posible, sin que se enterasen mas que los conductores de su carruaje. A aquellas personas en quien tenia depositada su confianza dió las órdenes oportunas para que á la mayor brevedad preparasen los útiles mas necesarios de marcha. Todo se encontraba ya dispuesto; pero quiso la casualidad fuese avisada Doña Isabel de esta resolucion inesperada, por lo cual mandó inmediatamente á Don Juan de Fonseca, obispo de Córdoba, para que la suplicase en su nombre no marchara. A punto de subir al carruage estaba ya Doña Juana cuando llegó el enviado de la reina. Un momento despues no la hubiera encontrado. Mandó al instante D. Juan de Fonseca se retirase el carruage, y en seguida se fue á ver á la archiduquesa, á la cual encontró ya á la puerta del palacio de la Mota, preparada á marchar en trage de camino. Con el acatamiento que requeria su posicion, la hizo sabedora de la órden de la reina Católica, intimándola á que volviese á su aposento, mas la archiduquesa no se hallaba ya en el caso de guardar consideraciones de ningun género, asi es que no contestó una palabra; en el calor de su vehemente pasion no encontraba mas que misterios, agentes secretos de su rival y de su infiel esposo, que no tenian otro entretenimiento que retardar su partida. El obispo de Córdoba apuraba en vano sus instancias aun presentándole á cada palabra el nombre de su madre, pero ya cansada de escuchar desobedeció la órden y los ruegos de este, y preparándose á salir: «Dejadme, dijo, es un deber sagrado el que no me detenga á nada en este viage.» Entonces el obispo mandó á cerrar la puerta, dejando de la parte de dentro á la desgraciada Doña Juana.
Viéndose encerrada esta señora llegó al colmo de su desesperacion, y empezó á proferir tanto denuesto y tan insolentes frases, que D. Juan de Fonseca se fue sumamente irritado, á pesar de haberlo mandado llamar á la archiduquesa por medio de su gentil-hombre de cámara, D. Miguel de Ferrera. No quiso volver, sino que tomó el camino de Segovia, donde á la sazon se hallaba la reina Doña Isabel.
Llegado que hubo D. Juan de Fonseca á donde estaba la reina le dió parte de todo lo ocurrido con la princesa; Doña Isabel, á pesar de lo débil que se hallaba y de la multitud de negocios que le proporcionaba su alta posicion, se puso en camino para la Mota de Medina del Campo, presumiéndose que tal vez su presencia haria desistir á su hija de un proyecto para ella tan sensible. Despues de los cumplimeintos de costumbre y á los cuales no prestaba atencion esta, la prometió que muy pronto iria á reunirse con su marido. «Nunca quiera Dios, decia la reina, que mi voluntad ni la del rey vuestro padre sea la de apartaros del lado de vuestro esposo, y si otra cosa sobre este particular se han atrevido á deciros, despreciadla.»
Estas y otras razones le esponia Isabel, y ella en su frenesí, no respondió mas que: «Son inútiles los ruegos del mundo entero: no cejaré ni un ápice... El padre de mis hijos!... yo quiero verlo»...
Pronunciaba estas palabras, y anegada en lágrimas, se arrojaba al suelo, rechazando los cuidados que todos trataban de prodigarle.
Terminadas ya las Córtes de Aragon, no creyó prudente el rey Fernando, detener por mas tiempo su viage, porque ya era sabedor de lo que sucedia con su hija, cuya enagenacion mental se fomentaba cada dia, y era muy posible que el detenerla mas, hubiera sido causa de declarar su locura.
Premeditando esto mismo, mandó aprestar una armada en el puerto de Laredo concediendo al mismo tiempo á su hija, el permiso para que practicase su espedicion á Flandes.
Los trasportes de alegria que esperimentó Doña Juana con la última voluntad de su padre, son indescriptibles, y pocos dias despues se preparaba á hacer su deseada espedicion.