El corregidor se vengó por una perfidia, que hizo mas arriesgada su posicion. Imputó á Catari la muerte de un recaudador de rentas, y le envió preso á la Audiencia de Charcas. Desde este momento la sangre corrió á torrentes, y la pluma del historiador se retrae de trazar el cuadro espantoso de tantos excesos. En Oruro, en Sicasica, en Arques, en Hayopaya, fueron innumerables las víctimas. En la iglesia de Caracoto la sangre de los españoles llegó á cubrir los tobillos de los asesinos. En Tapacari, pequeño pueblo de la provincia de Cochabamba, se quiso obligar á un padre á desgarrar el corazon de sus hijos á la vista de la madre: y la repulsa á tan inicuo mandato, fué la señal de su comun exterminio. Nada fué respetado: ni la edad, ni el sexo, ni las súplicas, ni los lamentos libraban de la muerte, y una parte de la poblacion sucumbia al furor de la otra.
Entretanto los Vireyes de Buenos Aires y de Lima trabajaban de consuno para sofocar la insurreccion del Perú. Varias tentativas de los rebeldes se habian malogrado por la impericia de los gefes en quienes Tupac-Amaru habia depositado su confianza. Su muger le habia obligado á volver á Tungasuco, para calmar los terrores que le habia causado la noticia de la salida de la tropas de Lima. ¡Triste y singular presentimiento! Con el Mariscal Valle, que mandaba esta expedicion, venia el Visitador Areche—ese hombre feroz, que, conculcando los derechos de la humanidad, y ultrajando al siglo en que vivia, debia renovar las escenas de los tiempos bárbaros, en la época en que aun vivian Becaria y Filangeri! La ausencia de Tupac-Amaru, aunque momentanea, fué señalada por grandes reveses. Sus tropas, que no habian podido penetrar al Cuzco, fueron rechazadas de Puno y de Paucartambo. Estos contrastes, y la expedicion de Lima que se avanzaba á marchas redobladas, le hicieron advertir todo el peligro de la inaccion en que estaba, y de la que le importaba salir cuanto antes.
Su reaparicion excitó el mas vivo entusiasmo, y las poblaciones se agolpaban en el tránsito para aclamarle. Esta vez ciñió las infulas, (llantu) que, segun Garcilaso, eran las insignias de la dignidad real entre los Incas. Inexperto en el arte de mandar los ejércitos, se enredó nuevamente en el sitio del Cuzco, del que tuvo que desistir segunda vez, no por la resistencia que le oponia la ciudad, sino por el miedo de ser atacado por la fuerza de Valle. En este estado no le quedaba mas alternativa que salir al encuentro de la columna auxiliadora, ó retirarse: prefirió este último arbitrio, teniendo á su disposicion un ejército de 17,000 hombres!
Se replegó hácia la provincia de Tinta, donde no tardó en alcanzarlo Valle al frente de 16,000 hombres. Le aguardó Tupac-Amaru con 10,000, que fueron arrollados en las inmediaciones de Tungasuca. Hecho prisionero con toda su familia, fué llevado al Cuzco, donde expió de un modo atroz el deseo de restablecer la dominacion de los Incas, ó mas bien de sustraer á los indios de la baja é intolerable tirania de los corregidores.
No por esto cesaron los males del Perú. Diego, y Andres, el uno hermano, y el otro sobrino de Tupac-Amaru, segundados por Julian Apasa, sucesor de Tomas Catari, continuaron hostilizando á las tropas y á los pueblos. Los sitios que pusieron á Puno, á Sorata y á la Paz, forman los episodios mas interesantes de este drama. La última de estas ciudades sostuvo dos cercos, que duraron 109 dias, á pesar de hallarse la ciudad embestida por 12,000 indios, dueños de las avenidas, y de todas las alturas que la dominan. En este teatro de desolacion brilló el génio activo de D. Sebastian Segurola, sobre el cual gravitaba la responsabilidad de conservar un numeroso vecindario, reducido á perecer de hambre, ó á entregarse al cuchillo de una horda feroz. Solo la firmeza de este gefe pudo librarlo de tan grande infortunio.
Ni fué menos honrosa la conducta de Valle, Flores, y del mas esforzado de todos, Reseguin. Cuando pasó la frontera de Salta, se halló este oficial en el centro de una gran insurreccion que devoraba la provincia de Chichas. Suipacha, Cotagaita, Tupiza, estaban en manos de los insurgentes, que en esta última ciudad habian imitado el ejemplo de Tupac-Amaru, ahorcando á su corregidor. Reseguin, con un puñado de bravos, restablece el órden, escarmienta á los indios, y los pone en la imposibilidad de volverse á lanzar contra la autoridad pública. Su marcha hasta el Cuzco fué una série continuada de combates y triunfos. Llegó en circunstancias que el sitio de Sorata habia tenido un horrible desenlace. Irritado Andres Tupac-Amaru de la obstinada resistencia que le hacian sus habitantes, á quienes amagaba con un ejército de 14,000 hombres, recoge las aguas del cerro nevado de Tipuani, y cuando las vió crecer en el estanque que habia formado en un nivel superior á la ciudad, rompe los diques, é inunda la poblacion, destruyendo de un modo irresistible todos sus medios de defensa.
Quedaba la Paz, cercada por segunda vez por la famosa Bartolina, muger, ó concubina de Catari. Valiéndose del arbitrio empleado contra Sorata, los sitiadores hacen represas en el rio que pasa por la ciudad, y forman una inundacion que rompe sus puentes, y causa los mayores estragos. Tal vez hubiera tenido que ceder su intrépido defensor Segurola, sino hubiese aparecido Reseguin, que venia á socorrerle con 5,000 hombres, llenos de entusiasmo por un triunfo que acababan de reportar en Yaco.
Tantos trabajos habian postrado á este incansable oficial, que por primera vez desde su salida de Montevideo, se veia forzado á interrumpir sus tareas. Aun no habia convalecido de una grave enfermedad que le habia asaltado, cuando llega á la Paz la noticia de una fuerza que Tupac-Catari organizaba en las Peñas. Débil, y extenuado por sus padecimientos, Reseguin halla en su alma vigor bastante para reanimar sus fuerzas abatidas. Empuña su espada, alcanza á los rebeldes, los derrota, y cual otro Mariscal de Sajonia en la batalla de Fontenoi, entra al pueblo de las Peñas, cargado en hombros de sus soldados.
Tan leal como valiente, respetaba las personas de los que se habian amparado del perdon ofrecido por el Virey de Lima. Pero un oidor de Chile, que le acompañaba en calidad de consultor, complicando á los indultados en el proceso que seguia de oficio contra Tupac-Catari, mandó prender á todos, é hizo destrozar vivo en la Paz á este caudillo.
De todas las cabezas principales de esta revolucion no quedaba mas que Diego Cristóval Tupac-Amaru, á quien estos rasgos de perfidia hacian desconfiar de las promesas de los españoles. Pero, arrastrado de su destino, se dejó persuadir á entregarse voluntariamente al General Valle en su campamento de Sicuani; y no tardó en arrepentirse de esta confianza. Vivia retirado y tranquilo en el seno de su familia, cuando se le asechó y prendió para someterle á un juicio, en que, por crímenes imaginarios, se le condenó á perecer barbaramente en un cadalso.