El interior, como se ha dicho, mezcla el estilo puro ojival con adornos grecorromanos de poco gusto. En el altar mayor hay un retablo gigantesco, que se llama de los tres Juanes, porque lo construyeron por los años de 1632 Juan de Arizmendi, Juan de Iralzu y Juan Vascardo, y tiene algunas tallas apreciables. La torre o campanario es un castillete abacial muy elegante.
SAN JUAN BAUTISTA O CAPILLA DEL PILAR.
Se ignora cuándo fué construído el templo de San Juan Bautista, aun cuando «ciertos rasgos bizantinos de su interior» le asignan una antigüedad de doce o catorce siglos, según el sorprendente juicio del Sr. Carreras Candi, y probablemente de algunos siglos menos, a juzgar por los capiteles y esculturas de su atrio, que está hoy convertido en capilla del Pilar.
La portada, de acentuado carácter dórico-jónico, tiene una puerta flanqueada por dos columnas de basamento y capiteles característicos, y un frontón liso, sobre el cual hay un bajo relieve entre adornos de piedra inconfundibles.
Sobre este bajo relieve, que está ceñido por un arco, se mira una hornacina, entre dos columnitas con adornos, en donde hay una bella estatua de la Virgen. A uno y otro lado de la hornacina vense dos claraboyas elipsoideas y toda la decoración de la portada está, como es frecuente en las obras del siglo XVIII, guarnecida de un gigantesco arco superpuesto. ([Lám. 70.])
La portada da entrada al antiguo pórtico, que hoy es capilla de la Virgen. La transformación se hizo de 1731 a 1741. La capilla, de forma octogonal, muy semejante a la que Azpeitia dedicó a San Ignacio de Loyola, es verdaderamente hermosa y notable.
Ocho airosas columnas sostienen los arcos del primer cuerpo, y sobre ellos se alzan otros ocho iguales que dejan en su parte posterior un amplio coro rodeando toda la capilla.
Toda la obra es de un gusto y distinción admirables.