Después que fueron expulsados los Jesuitas, curas a cuyo cargo corrían estos pueblos tanto en lo espiritual como en lo temporal, se estableció en ellos el método de gobierno que aún subsiste, bajo las reglas y ordenanzas que formó el excelentísimo señor don Francisco Bucareli, Gobernador y Capitán General de Buenos Aires, las que, después de algunas mutaciones, vinieron a fijarse en los términos siguientes:
Se estableció un gobernador con jurisdicción sobre los treinta pueblos, equiparada a la que tienen por las leyes los corregidores y alcaldes mayores de pueblos de indios, pero subordinado al gobierno de Buenos Aires. Al mismo tiempo se establecieron tres tenientazgos subordinados al gobernador, pero con la misma jurisdicción los tenientes en sus respectivos departamentos, haciéndoles responsables, así al gobernador como a los tenientes, de las resultas de la parte que a cada uno se le encargaba, según se expresa en las citadas ordenanzas.
Para cada pueblo se nombró un Administrador español que manejase sus bienes, cuidase de sus aumentos, dirigiese a los naturales, así en sus faenas como en el giro y distribución que debe darse a los bienes de comunidad, teniendo obligación de dar cuenta de todo cuanto se le pidiere, con otros varios cargos que constan de las ordenanzas y órdenes expedidas posteriormente, a los que les señaló de sueldo 300 pesos al año y la manutención.
Asimismo se pusieron en cada pueblo dos religiosos con título de cura y compañero, para que cuidasen de la dirección de las almas y del culto divino, prohibiéndoles toda mezcla en los asuntos temporales, señalándole al cura 300 pesos de sínodo, y al compañero 250 pesos, y que a uno y otro les suministrase el pueblo el alimento. Esta asignación se les rebajó a ambos religiosos, señalando a cada uno 200 pesos por real cédula de 5 de octubre de 1778.
En las mismas ordenanzas se previene que en cada pueblo se continúe el nombramiento de un corregidor indio, dos alcaldes, cuatro regidores, un alguacil mayor, dos alcaldes de la hermandad y un mayordomo, con otros oficios correspondientes a la iglesia, como son un sacristán, tres cantores y dos fiscales, que cuiden de aquellos ministerios propios de su destino, y estas elecciones las confirma el gobernador de los pueblos.
El nombramiento de corregidores tocaba, según las ordenanzas, al gobernador de Buenos Aires, y cada corregidor no debía serlo por más tiempo que el de tres años; pero no se observan estos puntos, pues el gobernador de Misiones nombra los corregidores, y éstos toman posesión en clase de perpetuos, de modo que sólo por algún defecto se les priva del empleo, y así hay todavía en los pueblos corregidores que lo eran en tiempo de los jesuitas. Puede ser que esta práctica se haya seguido porque no es fácil encontrar en los pueblos muchos indios que puedan desempeñar el cargo de corregidores, pero, por cualquiera motivo que se haya seguido, debe tenerse por un abuso perjudicialísimo a los indios, pues priva a otros de la esperanza de conseguir este empleo, haciéndose acreedores a él con su aplicación y buenos procedimientos. Lo que tal vez no ponen en ejecución porque no esperan ningún premio, y se da lugar a los indios corregidores a que se hagan despóticos, y a que opriman a los otros, seguros de que su empleo no tiene término, lo que no sucedería si supieran que les había de durar sólo tres años; y si pasados éstos no se encontraba absolutamente otro en el pueblo capaz de ser corregidor, ningún inconveniente había en volverlo a proponer, después de haber dado los descargos que pudieran resultarle de los tres años de su empleo.
A todos los indios e indias se les dejó sujetos a la comunidad, como lo estaban en tiempo de sus precedentes curas, considerándolos incapaces de poder subsistir de otro modo; el gobierno y dirección de toda la comunidad se depositó en el corregidor y cabildo, ayudados y dirigidos del administrador español, y sujetos en un todo al gobernador o tenientes a quienes correspondiese el inmediato mando, dándose reglas en la misma ordenanza para el mejor manejo de los bienes y sus adelantamientos, como también para desterrar de los naturales la rudeza y abatimiento en que habían sido educados, infundiéndoles ideas políticas y racionales que les excitasen el deseo de una felicidad que no conocían, y a que les está convidando la fertilidad de sus terrenos, con otras muchas y sabias reglas que allí se establecen.
Para que el sobrante de los frutos y efectos que se recogen y benefician en estos pueblos se expendiesen con aquella estimación más ventajosa a los pueblos, se estableció un Administrador general en la ciudad de Buenos Aires, dándole reglas equitativas y muy útiles para que, puestos los frutos y efectos en una sola mano, no perdiesen la estimación, como sucedería distribuidos en las de muchos; y que por mano de éste se surtiesen los pueblos de lo necesario, pagasen los reales tributos según los padrones, a razón de un peso por cada tributario, y enterase a la iglesia los diezmos que están regulados a 100 pesos cada pueblo.
Aunque desde los principios se conoció que lo que más había influido para la incapacidad de estos indios era el haberlos tenido sujetos a la comunidad y no haberles inspirado otras ideas que las de la sumisión y obediencia, tratándolos como a hijos de familia menores de edad, no pudiendo ilustrar sus entendimientos para que desde luego aprendiesen a trabajar para ellos, tratar y comerciar unos con otros con sus frutos y efectos, conchabándose los de menos habilidad con los más expertos y laboriosos, y a verificar todos aquellos medios y arbitrios que se practican entre gente civilizada, tratando y comerciando, no tan solamente entre sí, sino también con los forasteros, que es en lo que consiste el aumento y felicidad de los pueblos y naciones; no pudiendo, como digo, darles a conocer desde luego estas ventajas, pareció lo más conveniente el dejarlos por entonces sujetos a la misma comunidad, como lo habían estado, hasta que con el tiempo se hiciesen más capaces. Pero, como el principal motivo que los tenía reducidos a la incapacidad era la sujeción a la comunidad, subsistiendo ésta, subsistía siempre el impedimento de sacarlos de tan miserable estado; y así se ha experimentado que, por más que se ha trabajado, es muy poco lo que se ha adelantado en el particular.
Establecido el gobierno en los términos que sumariamente va explicado, fueron colocados al principio, para administradores, unos hombres cuales los deparó la suerte. Eran los más de éstos de tan poca habilidad como los mismos indios; y como, aun los expertos, eran bisoños en aquel manejo, y no tenían a quien imitar ni consultar, se mantenían en la mayor inacción. Al mismo tiempo los indios, no acostumbrados a moverse a nada sin ser mandados y aun obligados, como los administradores nada o muy poco disponían, ellos tampoco hacían nada; de modo que sólo se daban prisa para mandar traer de las estancias crecidas mitas de ganado, a lo que los administradores no se oponían, porque ni sabían cómo debían manejar lo que tenían a su cargo, ni tenían valor para oponerse a los indios, ni aun sabían lo que ellos hacían. De este modo en pocos años disiparon y consumieron cuanto había en los pueblos y estancias, sin pensar en trabajar ni reponer lo que consumían. A esto se siguió la grande epidemia de viruelas que causó la desolación de los pueblos, que quedaron sin indios ni hacienda. Cuando el Gobierno conoció el daño, ya no tenía otro remedio que aplicarse a repararlo del mejor modo posible. Para esto se removieron todos aquellos administradores inútiles, sustituyéndolos con otros de más habilidad y mejor conducta; se trató de obligar a los indios al trabajo, poniendo el mayor empeño en el restablecimiento de las estancias, y, en fin, se adoptaron todos aquellos medios que parecieron conducentes; y efectivamente con ellos se consiguió, si no en todos los pueblos, en los más, el volverlos a poner en una medianía que promete algún alivio a sus naturales, y mayores adelantamientos en lo futuro.