Al año siguiente Mr. R. Powell, de Forest Hill, estaba «de guarnición en la ciudad de Oxford, cuando ocurrió su rendición.» En el archivo de los Papeles de Estado hay un documento firmado por el general Fairfax, de 27 de junio de 1646, en que concede a Powell libre salida con sus criados, caballos, armas, efectos y todo lo necesario para dirigirse a Londres o a otro cualquier punto, según lo creyese indispensable. Powell se encaminó con toda su familia a la capital, donde su cuñado, a quien tan bajamente habían insultado y desacreditado, los recibió en su casa y los hospedó en ella por espacio de algunos meses. Pocas semanas después de su llegada, nació el primer hijo de Milton.
El último poema latino de nuestro autor, fue escrito a principios de 1647. Era la Oda a Juan Rouse, el conservador de la Biblioteca Bodleiana. A principios de 1646, murió en su casa el padre de su esposa, y doce meses después falleció también su propio padre, que durante algunos años permaneció tranquilamente en su compañía. Viéndose sucesivamente libre de los individuos que formaban la familia de su mujer, y con la muerte de su padre en mayor independencia de acción, Milton se mudó a poco, en 1647, desde su espaciosa casa de Barbican a otra más pequeña en Holborn. Esta casa de Holborn, dícese que tenía accesorias a Lincoln’s Inn Fields, sitio que en aquel tiempo correspondía a su nombre más que al presente. En la casa de Holborn nació la segunda hija de Milton, María.
En 1648 añadió nueve Salmos a los que ya había traducido. Aquel año fue poco favorable a la tranquilidad de estudio de los ingleses que estaban identificados con los negocios públicos. El partido del Rey quedó derrotado en todas partes. Carlos fue hecho prisionero, primero por los escoceses, después por los presbiterianos ingleses y últimamente por los independientes. Los independientes, y Cromwell en especial, no solo estaban dispuestos a respetar la vida del Rey, sino que, a ser posible, deseaban entrar con él en algún acomodamiento; pero las dilaciones, intrigas y engaños de su Majestad, además de frustrar todo proyecto de aquella especie, indignaron a los hombres que hubieran podido servirle, y convencieron al ejército de que su vida no sería nunca más que un tejido de conspiraciones contra la vida de las personas que se atrevieran a oponerse a su voluntad. ¿Cuáles eran las ideas de Milton respecto a los acontecimientos que podían producir semejante resultado? ¿Dónde se hallaba cuando Carlos compareció ante el Supremo Tribunal de Justicia, y dónde cuando su cabeza, sin corona ya, rodó sobre el cadalso? No lo sabemos; lo que sabemos es que en su opinión, como en la de sus compatriotas en lo general, la guerra empeñada no se había suscitado contra la monarquía. El objeto de la lucha había sido establecer la monarquía sobre una base constitucional compatible con la libertad; fracasado este intento, la alternativa era una república; y cuando esta sobrevino se oía decir a todos: «nosotros no hemos traído esto; ello ha venido por sí; y convencidos como estamos de que hay una voluntad superior a todo nuestro poder, nos conformamos con ella, y en caso necesario demostraremos tener razón suficiente para hacerlo así.» Milton era uno de los que explicaban en estos términos su conducta.
Muerto el Rey, los Presbiterianos prorrumpieron en grandes gritos y fulminaron las más amargas invectivas contra los Independientes, como perpetradores responsables de aquella muerte. Milton que hubiera perdonado esta inculpación a los antiguos realistas o la gente ignorante del pueblo, no podía tolerarla procediendo de aquel partido, y por eso pocas semanas después de la muerte del Rey, publicó su folleto titulado: Procedimiento de los Reyes y los Magistrados, cuyo objeto, según parece, era en cuanto se relacionaba con el castigo impuesto al Rey, «más bien reconciliar los ánimos con aquel hecho, que discutir la legitimidad de la sentencia que se había pronunciado.» El argumento sin embargo, va más allá de lo que indican estas palabras, pues la proposición se encaminaba a probar «que es legal y en todos tiempos se había sostenido que, quien quiera que estuviese en el poder, podía residenciar a un tirano o a un rey perverso, y una vez adquirido el convencimiento de que lo era, deponerle y condenarle a muerte, si los magistrados ordinarios no se resolvían o se negaban a hacerlo.» Después quedó demostrado que los Presbiterianos, tan censurados a la sazón por haber depuesto al Rey, fueron los que no solo le depusieron en el Senado, sino que en el campo alzaron contra él la cuchilla del verdugo. La evidencia de los hechos y la irrebatible lógica de esta publicación, hirieron profundamente a los Presbiterianos, los cuales habían ya denunciado a Milton, y esta vez con mas energía que nunca; pero el objeto del escritor fue no tanto granjearse la voluntad de aquel partido, como reducirle a silencio exponiendo sus debilidades y su falta de sinceridad.
El trabajo de Milton que en el orden de tiempo sigue a este, fueron sus Observaciones sobre los artículos de la paz con los irlandeses rebeldes. Estos artículos redactados por Ormond, el Lord lugarteniente, a nombre del Rey, demostraban que Carlos, faltando a sus más solemnes compromisos, se preparaba a llevar adelante sus intentos con ayuda de los católicos irlandeses, y a favor de cualquiera otra circunstancia de que pudiera aprovecharse. Las firmas que acompañaban a este pacto se habían puesto trece días antes de que el desdichado Rey fuese públicamente ejecutado. «Tal es, dice Milton, los frutos de mis estudios privados, que ofrecí gratuitamente a la Iglesia y al Estado, y por los que recibí por única recompensa la impunidad, aunque estos actos me procuraron la tranquilidad de conciencia y la aprobación de los buenos, poniendo en práctica la libertad de discusión de que yo era tan partidario. Sin trabajo ni merecimiento alguno lograron otros honores y utilidades; pero nadie me vio solicitar cosa alguna para mí mismo ni por medio de mis amigos; ni se me halló jamás en actitud suplicante a las puertas del Senado, ni haciendo la corte a los magnates. Yo acostumbraba a estar retraído en mi casa, donde mis bienes propios, parte de los cuales habían sido secuestrados durante las revueltas civiles, y parte absorbidos por las opresoras contribuciones que había satisfecho, me proporcionaban escasa subsistencia. Cuando me veía libre de estas atenciones, y pensaba que pronto gozaría de un intervalo de paz no interrumpida, volvía mi pensamiento a una historia de mi país que abrazase desde los tiempos primitivos hasta el presente.»
Esta historia inglesa era un asunto muy favorito de Milton, pero no llevó su narración más allá de la conquista. Como historia no tiene mucha importancia; pero como obra en que Milton revela sus pensamientos y su gran inventiva aplicada a una serie dada de sucesos, a pesar de estar formada de fragmentos, no deja de ser interesante. Las comparaciones que hace entre lo pasado y lo presente, aunque entonces parecían inoportunas, son ahora instructivas para nosotros.
Mas había de llegar día en que el hombre que nunca había solicitado nada para sí, fuese elevado a una honrosa posición por la desinteresada munificencia del Estado. El gobierno invitó a Milton a aceptar la plaza de secretario de Lenguas extranjeras. Su último opúsculo había hecho un servicio al país, y su competencia y aptitud para el destino vacante, eran superiores a las de todos los demás a quienes hubiera podido concederse. Era presidente del consejo el gran jurisconsulto Bradshaw, y ya hemos visto que el mismo apellido tenía la madre del poeta; así que Milton aceptó el destino el 13 de marzo de 1649, y dos días después tomó formalmente posesión de él; pero en sus manos de seguro no sería una sine cura.
A juicio de muchos, fue un gran crimen la ejecución del Rey, y teniendo en cuenta sus efectos, fue en verdad un grandísimo error. Por lo demás, era un aviso a las testas coronadas para que no abusasen de su poder, y cualquiera otro recurso que se hubiera empleado, habría ofrecido extraordinarias dificultades. Pero con aquello se había herido profundamente el sentimiento de la nación, y en mucho tiempo no podía ponerse remedio al mal. En este estado la nueva república recibió un gran golpe con la publicación del Eikon Basilike, libro de devoción que se forjó para presentar al último rey como hombre singularmente devoto y santo en todos los actos de su vida privada. A pesar de la dificultad de comunicaciones que había entonces, el libro se propagó por todo el país, agotándose con sorprendente rapidez una edición tras otra. En contestación al Eikon Basilike (La Imagen real), Milton dio a luz uno de sus más doctos escritos, con el título de los Iconoclastas (Los destructores de Imágenes). El objeto de esta publicación era pintar la situación del Parlamento, en oposición al Rey, y demostrar la falsedad de las pretensiones que en favor del segundo se alegaban. Era otra gran Demostración, y no podía menos de ser favorable a la república.
Pero la conducta del Parlamento y el ejército para con el Rey no pareció tan ofensiva en el extranjero como interiormente. A fines del mismo año, Claudio Saumaise, más conocido por Salmasio, publicó su Defensio regia pro Carolo Primo ad Carolum Secundum. El autor de esta obra era un erudito de los más distinguidos, que había logrado gran celebridad, el cual, a vuelta de sus argumentos, defendía resuelta y enfáticamente el derecho divino de los reyes, y apuraba todo su saber para probar que los soberanos ninguna responsabilidad contraen con sus súbditos, sino únicamente con Dios. Semejantes ideas, poco daño podían hacer en Inglaterra, pero realzadas con los abusos que en la república se cometían, fácilmente podían extraviar a los extranjeros.
Tal impresión, sin embargo, produjo aquel escrito, que en enero de 1650 expidió el Consejo una orden para que «Mr. Milton preparase una refutación al libro de Salmasio.» Hecha en efecto esta, se mandó imprimirla, y se acordó dar gracias al autor; y como la obra de Salmasio estaba en latin, en latin también apareció la respuesta, llevando el título de Defensio pro Populo Anglicano.