Bahía de Panguil.—Se encuentra en el ángulo SO. de la bahía de Illigan, se interna en esta dirección 10 millas en forma de un ancho canal, y termina en una espaciosa dársena circular de 5 millas de diámetro, casi completamente obstruída por su poco fondo. Su abra, delante de la boca, se halla comprendida entre la punta Tabú al O. y Biani al E. Las tierras de la costa occidental las forman las faldas orientales del monte Malidang, de 2.610 metros de altura sobre el mar, y el menos elevado, que se halla 3 millas al SSE. de él. Sobre su costa oriental, al S. del puerto de Misamis, se elevan tres montes, culminando el de 705 metros de altura, que dominan toda la costa E. de esta bahía.
El fondeadero de Misamis se halla cerca de la entrada sobre la costa O., comprendido entre la punta del Fuerte al N. y la punta Pulut, terminación de la falda E. de la colina Bucayán, que se encuentra una milla al SO. del fuerte. Es un fondeadero muy cerrado y abrigado de todo viento y mar para toda clase de buques, los que pueden estar atracados y con plancha á tierra enfrente de la población vieja en 8 metros de fondo arena.
Seno de Dapitan.—Se halla comprendido entre la punta Tagolo al N. y la de Sicayac al S.; tiene 2½ millas de ancho en su entrada y profundiza 2 millas al SE.; se halla abrigado de todos vientos, excepto los del tercer cuadrante, y tiene muy buen braceaje, encontrándose de 30 á 32 metros arena y piedra en la medianía de la entrada, y 8 á 10 metros arena en el fondeadero, que se halla delante del pueblo de Dapitan. Entre este pueblo y la punta Tagolo hay otro puerto llamado Talaguilong.
El seno de Sindangan se halla limitado al E. por la punta Danigan y al O. por la punta Banigan; tiene 17 millas de extensión, es muy acantilado y de mucho braceaje, y profundiza unas 5 millas en la costa.
Puerto de Santa María.—Este abrigadísimo puerto, propio para toda clase de buques, se encuentra inmediatamente al S. de la punta Balangonan. Se halla abierto al NO. y profundiza cerca de una milla en la dirección opuesta, formando en el interior dos pequeñas dársenas, con 23 á 20 metros de fondo fangoso y 16 metros casi tocando á la costa, en las que puede resguardarse cualquier buque del mayor vaguio.
Las costas del puerto se hallan rodeadas de un pequeño arrecife acantilado, que en las puntas de la entrada de la dársena pequeña ó del O. salen próximamente un cable para el N.; el canal suele estar señalado por las valizas que ponen los naturales en las extremidades de estas restingas.
El ancho de la boca es de 2 cables con más de 66 metros de fondo, sondándose de 26 á 28 metros en medio del puerto, y poco menos atracados á los cantiles de la costa.
Las tierras que rodean el puerto son poco elevadas y cubiertas de bosque virgen; entre las maderas de construcción de que abundan sus montes se halla la teca.
La aguada puede hacerse en un riachuelo que hay á la parte E. del puerto.
El puerto Caldera es pequeño y sólo puede contener cuatro ó cinco buques que no calen más de 1′9 metros. El canal de la boca sólo tiene 67 metros de ancho y 3′6 metros de agua á bajamar, y hay que pasarlo á la espía. El fondeadero está á la parte SO. del puerto, pues todas las demás orillas son muy bajas, y es de temer que vaya cegándose este refugio á causa de los corrales de pesca que constantemente existen dentro y en la boca del puerto.