De los médicos diremos que los había en México y Perú; también había médicas. Lo mismo en México que en el Perú, médicos y médicas curaban o intentaban curar toda clase de enfermedades. Parece ser que ellas y ellos eran muy dados a la superchería y a la magia.
Entre los salvajes, la medicina iba unida al cacicazgo, al sacerdocio o al mago. Con frecuencia fué peligrosa la profesión de médico. No pocas veces el que la ejercía era castigado, si no curaba al paciente. Por esta razón comenzó a decirse que la muerte del enfermo era debida, ya a la cólera de Dios o del Diablo, ya a los conjuros y a las malas artes de tribus enemigas. Motivo fué lo último, esto es, la creencia en las citadas malas artes, para que peleasen con saña dos o más tribus. Refieren las crónicas que a veces se presentaba el médico o hechicero llevando la cara y cuerpo cubiertos con una piel de oso, adornada con objetos ridículos, en la mano izquierda un lanzón y en la derecha un tambor... Con trajes tan raros y con danzas y contorsiones, cantos, conjuros y rugidos, untos y brujerías, creían que se marchaban las enfermedades. Si la credulidad del indígena no tenía límites, tampoco tenía límites la habilidad del médico o hechicero. Afirman los autores que los medios extranaturales se hallaban más usados en la América del Norte y en la Central que en la del Sur. Los secretos medicinales pasaban de los padres a los hijos. Los médicos eran a la vez sacerdotes y hechiceros.
Los indios, ya cultos, ya incultos, llevaban amuletos, a los cuales atribuían virtudes sobrenaturales.
Por lo que a la religión respecta, el indio adoró a un Dios que tenía alguna semejanza con el panteísta de los pueblos orientales. Mediante ruegos y plegarias, el salvaje procuraba constantemente aplacar la supuesta cólera de sus dioses. ¿Era general la idea de Dios en América? En este punto no se hallan conformes los cronistas. Al paso que algunos sostienen que no se consideraba general ni mucho menos, otros dicen que todas las tribus, aun las más salvajes, adoraban a sus dioses. Se ha dicho con algún fundamento que las religiones americanas fueron principalmente astrolátricas. Lo fueron las de las tribus más adelantadas; así la de los aztecas y otras adoraban al Sol como origen de todo bien, y los incas prestaban culto al Sol, a la Luna y a las Estrellas. Otras muchas tribus adoraban a los elementos. Los mismos mejicanos e incas consideraban el fuego como sagrado, los chibchas creían que era sagrada el agua de los ríos y lagos, y los iroqueses adoraban a los vientos. El salvaje veía a su dios en todas partes, en la luz, en las tinieblas, en la tempestad y en el Océano. El murmullo del viento entre las hojas, el crugir de las ramas y el ruido de los troncos, fueron considerados por el indio como voces misteriosas del espíritu que moraba en los árboles. Los árboles grandes y solitarios inspiraban veneración profunda. También el culto de la piedra fué practicado por los americanos. Los dakotas pintaban de rojo las piedras que consideraban sagradas y les ofrecían sacrificios y, en general, el indio, de cualquier tribu que fuese, conservaba con veneración piedras de formas, colores o propiedades para él extrañas. Tales piedras fueron convertidas por el indio en fetiches o en prodigiosas medicinas para determinadas dolencias. Objeto de especial devoción eran ciertos animales, siendo la culebra el animal que, entre todos los sagrados, recibía universal homenaje. El fetiche era para el indio verdadero ídolo; de modo que, en la Historia de los americanos no cabía distinguir la idolatría del fetichismo. El Diablo fué adorado o temido en la mayor parte de los pueblos. Afirmaban algunos que se les había aparecido bajo horrible aspecto y hablándoles con ronca voz. Creían muchos—de igual modo que los hebreos—que el Diablo entraba en el cuerpo del hombre. Así explicaban ciertas enfermedades, y por esto, unos le invocaban y otros le conjuraban. No se presentaba el Diablo de igual manera ni bajo la misma forma en todas partes. Decían unos que se presentaba en figura de serpiente, otros de tigre, algunos de hombre, no pocos de zumaya o de halcón, murciélago, etc. Del mismo modo la creencia en el dualismo y en el antagonismo de Dios y el Diablo era frecuente en América.
Según la tradición iroquesa, la humanidad bajó del Cielo a la Tierra. Dos mellizos, hallándose todavía en el claustro materno, bajaron al mundo. Eran enemigos, lo mismo en el vientre de la madre que en la tierra. Llamábase el primero Enigorio y el segundo Eningonhahetgea; aquél representaba el espíritu del Bien y éste el del Mal. Representaba Enigorio la bondad y Eningonhahetgea la maldad. Enigorio creó el Sol y la Luna; llenó la tierra de arroyos y de ríos; pobló de mansos animales el suelo, el aire y las aguas; formó de barro al hombre y la mujer, infundiéndoles vida y alma, dándoles por sustento los frutos de la naturaleza. Eningonhahetgea, en tanto, erizó la tierra de rocas y de barrancos, despeñó las aguas, esparció por todas partes tigres, serpientes y lagartos; quiso sacar del barro dos seres a su semejanza y sólo sacó dos monos; para crear hombres, tuvo que pedir a Enigorio que les dotara de alma. Continuó la lucha entre los dos hermanos, acordando al fin acabar de una vez mediante un duelo. Dos días seguidos pelearon, cayendo al cabo de ellos vencido y casi muerto Eningonhahetgea. Desaparecieron de la tierra los dos rivales; pero continuaron siendo, el uno, el genio del bien y el otro el genio del mal. Semejante doctrina tiene más semejanza con la persa que con la hebrea. Enigorio y Eningonhahetgea de los iroqueses no son el Dios y el Diablo, ni los ángeles y los demonios de la Biblia, sino el Ormuz y el Ahrimán de Zoroastro. No es esto decir que fuese la misma la doctrina americana que la contenida en el Zendavesta. La lucha entre Ormuz y Ahrimán, entre la luz y las tinieblas, debía terminar con la victoria del primero: pero entre el Dios y el Diablo de muchas razas salvajes del Nuevo Mundo, no acabaría nunca, o la guerra entre los dos sería eterna. Dichas razas—y la doctrina no deja de tener cierto gusto positivista—rendían preferente culto al Espíritu del Mal, fundándose en que el del Bien siempre era propicio a los hombres. Los indios querían tener contento al que podía hacerles daño e importábales poco o nada el que por su naturaleza tenía que hacerles beneficios. Aztecas, peruanos, quichés y otros pueblos dirigían plegarias a los dioses, pidiéndoles protección y amparo, salud y ventura, ayuda contra los enemigos, agua para regar los campos, alimento para los inocentes niños que no andan y están en sus cunas, consuelo a los hombres, a los brutos y a las aves que habitan en la tierra. El dacota se contentaba con decir cuando iba de caza: Espíritu de los bosques, compadeceos de mí y enseñadme dónde encontraré el búfalo y el ciervo. Espíritu de los vientos—repetía al entrar en un lago—dejad que cruce sano y salvo estas profundas aguas.
Acerca de la actitud en que oraban los mejicanos, era, unas veces arrodillados, otras en cuclillas, algunas, vuelta la faz a Oriente, y también, en solemnes fiestas, postrados a los pies de sus ídolos. Los peruanos se ponían en cuclillas, las manos altas y dando besos al aire. Los quichés se contentaban con levantar el rostro al cielo.
Respecto a las ofrendas estaban en relación con las riquezas del que las daba. Aztecas e incas ofrecían a sus dioses ricas joyas de oro y de plata; los quichés deponían en los altares de sus divinidades provisiones de boca o mercancías. El pobre, en todos los pueblos citados, se contentaba con dar modesta torta o sencilla flor. Entre las razas salvajes, el dacota, por ejemplo, se limitaba a dirigir al cielo la primera bocanada de humo que salía de su pipa.
La ofrenda de los seres vivos debió ser general en América. Brutos y aves se ofrecían por las razas cultas y por las salvajes. La codorniz era en México la víctima predilecta; ovejas y carneros en el Perú; lobos, ciervos, perros y otros en las razas salvajes.
De igual modo los aztecas sacrificaban hembras y varones, adultos y niños; los peruanos apenas hicieron tales sacrificios; la misma costumbre observaron los indios de la América Central y de la Meridional. Los prisioneros de guerra y los esclavos fueron principalmente las víctimas propiciatorias.