La Reducción de San Juan Bautista se mudó al Zapoco, riachuelo de poca agua, pero cómodo, á que también se juntaron otros infieles.
En la Reducción de San Joseph, por no cuadrales á los indios el sitio que se escogió para mudarla, se tuvo por mejor trasladarla á Santa Cruz la Vieja, en cuya elección, cuan bien adivinasen los neófitos, se descubre por el estado próspero en que siempre se ha mantenido, y por ser escala á las naciones infieles del Chaco.
No ha dejado, empero, el demonio de hacer de las suyas, para arrancarla de aquí viendo cuánto daño se le ha seguido á su partido; pero descubiertas sus trazas y marañas, se redujeron todas á humo.
La otra de San Francisco Xavier se pasó trece leguas más adelante hacia el Septentrión y siempre ha ido en aumento, de suerte que ha sido necesario dividirla en otras Reducciones.
Escogido, pues, el lugar para la nueva fundación, ordenó el P. Superior no se emprendiese la fábrica, sin haber hecho primero la sementera y tener con qué vivir: mas el pueblo no quiso esperar tanto, por ver siempre á sus ojos la muerte en aquel clima inficcionado mucho tiempo antes de la peste; por lo cual se vieron los Padres precisados á seguir los indios, y el P. Superior, pasando á San Joseph, halló solos á los Misioneros, que con su ajuar estaban ya de partida para seguir á los neófitos.
De aquí se condujo á la villa de Tarija á tratar los negocios de aquella cristiandad con el nuevo Provincial P. Blas de Silva, que desde el día 16 de Septiembre de 1706 gobernaba esta provincia, llevando consigo los Guarayos prácticos del Paraguay.
Llegado, pues, á la dicha villa, refirió las noticias más seguras del puerto que había en el río Paraguay y destinó aquellos indios para que se despachasen á los Guaranís, á fin de que guiasen con seguridad otros Misioneros á los Chiquitos.
De todo esto hizo poco caso el P. Provincial, diciendo serían estos indicios como los pasados, de que no se debía tener cuenta ni arriesgar á otros Apostólicos operarios que trabajaban en otras partes con igual gloria de Dios y provecho de las almas. Que fuesen los Misioneros de los Chiquitos los primeros que rompiesen el camino, que por una contingencia no quería, á tanta costa, exponer otros sujetos en aquella trabajosa empresa. A que no pudiendo replicar el P. Fernández, esperó mejor tiempo para lograr sus deseos: y por estar ya á los fines de Diciembre y cerrados los caminos con las lluvias, se quedó en Tarija, confirmado en el gobierno de aquellas Misiones; y el año siguiente de 1707 volvió á ellas con otros dos operarios, el P. Pablo Restivo, siciliano, Misionero antiguo de los Guaranís, y el P. Juan Bautista de Zea con el oficio de Visitador, en nombre del Provincial, el cual pensaba abrir nuevo camino, porque había recibido orden el P. Felipe Suárez que desde el pueblo de San Joseph, allanase el camino, costeando el río San Miguel, porque se ahorraban muchas jornadas de viaje y se libraban de los vados peligrosos del río Guapay y por aquí habían ido antiguamente los Chiriguanás á caza de indios Penoquís, aunque les salió mal esta invasión, porque cogidos de los Penoquís en una emboscada, los pasaron á todos un palo por las entrañas, y así traspasados los levantaron en el aire y los pusieron á los lados del camino para muestra de lo que harían con otros si se moviesen á cosa semejante.
El P. Suárez, por el mes de Mayo puso por obra la voluntad del P. Zea, aunque no pudo llegar hasta las Rancherías de los Chiriguanás por no tener con qué sustentar á buen número de indios Chiquitos, que allanaban el camino. Con todo eso, teniendo á la vista aquella punta de montes que habitan los Chiriguanás, se avanzó con dos indios para ver si descubría alguna Ranchería.
A pocos pasos vió que venía hacia sí uno de los Chiriguanás, que despavorido á la vista del P. Felipe, como de enemigos, metió las espuelas al caballo, y llegando á toda carrera á su Ranchería dió aviso que venían Mamalucos, con que se previno para la defensa y puso en armas todo el contorno. Por lo cual, no teniendo el Padre quien le guiase y viéndose abandonado de sus cristianos, dió la vuelta á San Joseph, y aunque no pudo noticiar de lo sucedido al P. Fernández, lo supo éste en el valle de las Salinas por aquella voz que se divulgó, de la cual conjeturó había sido lo que había intentado el P. Felipe.