Demostrando grandes condiciones para la enseñanza, á Castillo acudieron no pocos discípulos, siendo su academia la que más frutos obtuvo para el arte, de aquellas otras que tenían en sus talleres el clérigo Roelas, Herrera el Viejo y Francisco Pacheco.
A la academia de Castillo acudió cuando contaba doce años, en 1630, Bartolomé Murillo, llevado al estudio por cercano pariente, no faltando algunos autores que apunten que el luego celebérrimo artista sevillano era sobrino de su maestro.
En abril de 1611, Castillo, vecino á la sazón del Salvador, se recibió de hermano de la Doctrina Cristiana, como hombre devoto que era, habiendo noticias de que en años después hizo un viaje á Granada, donde, según Arana de Varflora, «hizo algunas pinturas y en ellas se conoce su manera de pintar, que era fresca y pastosa.»
Para el convento de Monte Sión ejecutó Castillo, de vuelta en su ciudad natal, catorce lienzos, siendo este templo el que llegó á reunir más producciones del pintor objeto de estas líneas.
En el altar mayor dejó una Asunción, La Visitación de Santa Isabel á la Virgen, La Encarnación, El Nacimiento de Jesús, La Adoración de los Reyes, los cuatro doctores de la Iglesia, San Buenaventura y un crucificado, y en otros retablos las imágenes de Santo Domingo, Santo Tomás y San Vicente Ferrer.
De estos cuadros, que permanecieron en dicho convento hasta 1810, fueron algunos, tras bastante tiempo, llevados al Museo Provincial, donde en la actualidad se encuentran, á más de dos medios puntos en tabla que representan á San José y el Niño trabajando, y la muerte del mismo santo.
Estos citados son los más notables cuadros de Juan del Castillo, y en los que pueden apreciarse por completo sus méritos y su estilo de pintura, debiendo citar aquí también otras obras como las siguientes, que conservaron varios particulares y elogió Amador de los Ríos en 1844 cuando dió á luz su libro Sevilla pintoresca.
D. Manuel López Cepero poseía una Asunción y una Sagrada Familia; don Pedro García, un lienzo de los Desposorios de la Virgen, en figuras de tamaño natural, un San Miguel y un Ángel de la Guarda, y el señor Suárez de Urbina un San Pedro y un San José con Jesús, cuadro este último de pequeñas dimensiones.
De otras pinturas de Juan del Castillo se han perdido no pocas, que fueron celebradas en su tiempo y de las cuales sólo la memoria queda.
Con su academia muy concurrida de discípulos, continuó el maestro residiendo en Sevilla hasta 1639, año en que, por motivos que ignoro, se trasladó á Cádiz, donde fijó su residencia.