Allí estaba cuando en 1623 visitó Sevilla Felipe IV, y se cuenta por tradición que habiendo admirado mucho el rey el citado cuadro, que es de gran tamaño, y en el que aparece el santo con san Leandro y san Isidoro, preguntó quién lo había ejecutado. Presentáronle entonces á Herrera, diciéndole cuál era su situación y los motivos por que se le perseguía. El monarca le dejó libre, diciéndole que quien sabía ejecutar obras como aquella, no había menester el oro ni la plata.
Vuelto Herrera á su casa, continuó trabajando, pero siempre apartado del trato de las gentes, siempre solitario y siempre mal humorado.
Una nube negra pesaba sobre el alma del artista, de quien, no pudiendo resistirlo ni aun los miembros de su familia, una su hermana, que con él vivía, se apartó para entrar en un convento. Más tarde, su hijo Francisco le robó mil pesos que tenía ahorrados y se huyó á Italia, donde siguió aprendiendo la pintura, que ya había comenzado, y de donde no regresó hasta que murió su padre.
Ejecutó éste dos cuadros para el convento de Santa Inés, representando la Sacra Familia y el Espíritu Santo, otro para el altar mayor del Hospital establecido en la calle Colcheros, que se conservaba en 1836, y el magnífico retablo del Juicio final que existe en san Bernardo y del que dice un crítico «que es tal vez la más grandiosa obra que brotó de sus afamados pinceles.»
Herrera pintaba también con mucha destreza al fresco, ejecutando no pocas obras por este procedimiento, y entre las cuales cita Varflora las ejecutadas en los conventos de la Merced y de san Pablo y san Buenaventura.
En 1633, pagóle el cabildo de la ciudad ciertas cantidades por la iluminación de una estampa de san Fernando y terminó algunas pinturas para san José, siendo en gran número los cuadros de Bodegones que hizo, los cuales estaban en poder de particulares y ya en tiempo de Ceán habían casi todos desaparecido de Sevilla para ir á parar á los museos extranjeros.
En el Louvre se conserva hoy un cuadro que representa á san Bernardo dictando las reglas de la Orden, que es una de las más acabadas obras de Herrera.
Este, muy anciano ya, marchó á Madrid en 1650, donde se estableció y ejecutó algunas obras al fresco y no pocos grabados, impresos en diversas obras.
El año 1656 falleció Francisco Herrera en la córte, siendo enterrado su cadáver en el templo de san Ginés.
A más de los cuadros que pintó el maestro sevillano para los templos de esta ciudad que he citado, se encuentran hoy en el Museo provincial las siguientes obras: Visión de san Basilio, dos santos de la orden franciscana, Un santo obispo, san Gregorio, san Demetrio, san Antonio, san Pedro, Sebaste, santa Dorotea, santa Gertrudis, Un santo religioso bernardino y la Apoteosis de san Hermenegildo, ya citada. A más existen algunos originales en poder de particulares, tales como un san Nicolás de Bari, que posee el señor Gestoso y que está ejecutado con mucha valentía.