Convencido de la verdad, el marqués publicó un bando para que los moriscos no fueran molestados, pero apesar de su orden hubo revueltas y alborotos, y en el mismo mes de estos sucesos fueron quemados tres de ellos que estaban hacía algún tiempo presos en las cárceles del tribunal de la Inquisición.
Empeorando por días el estado de los moriscos sevillanos llegó á ser verdaderamente aflictiva su situación más adelante: la vigilancia se hizo más estrecha y más frecuentes los castigos, en tanto que se acrecentaba la campaña decisiva que contra ellos elevaron los elementos religiosos, entre los que se encontraba la del padre Juan de Ribera, arzobispo de Valencia, patriarca de Antioquía y enemigo acérrimo de aquella infeliz raza.
Cedió al fin Felipe III á la opinión de la junta nombrada al efecto y en la que se encontraba el inquisidor general, y dió aquella célebre orden de expulsión de los moriscos del reino, impolítica y cruel medida, con la cual se disminuyó grandemente la población de España, pues perdió un millón de habitantes, se quitaron brazos á la agricultura y se deshicieron multitud de familias.
A principios de 1610 súpose en Sevilla, después de algún tiempo de incertidumbres, que amenazaba la orden del monarca decretando la expulsión, y con objeto de prevenir cualquier incidente que pudiera sobrevenir, las autoridades tomaron medidas en extremo rigurosas.
El 17 de Enero del año citado se señaló para publicar el bando con todas las formalidades, presentando aquel día la ciudad extraordinario movimiento por haber la medida revuelto los ánimos un poco.
Salió el pregón del bando por la mañana á recorrer la ciudad, figurando en la comitiva un juez especial que había venido para entender en el asunto y, como era de costumbre, los alguaciles y el pregonero.
Seguíanla por las calles infinidad de moriscos, que al escuchar el pregón prorrumpieron en llantos y lamentos, siendo imposible relatar las escenas lastimosas que se desarrollaban en los lugares donde había más casas habitadas por familia de los infelices que eran expulsados, y así lo da á entender estas palabras de un autor coetáneo, el cual escribe que «fué día de gran tribulación y amargo desconsuelo para esta gente, que, aunque malos cristianos é indicados de traición, no podían salir sin pena de esta tierra, donde habían nacido.»
Como la orden del rey era terminante y exigía la más inmediata ejecución de los moriscos sevillanos, viéronse en la precisión, mal de su grado, de malbaratar los bienes que poseían, con gran provecho para los que en la ciudad quedaban, que adquirieron á ínfimos precios cosas de gran valor, y propiedades de importancia.
A los pocos días de la publicación del bando comenzaron á salir de Sevilla los moriscos en gran número, siendo aquella expulsión una de las primeras causas, que, uniéndose luego á otras de varios órdenes, contribuyó poderosamente á la decadencia en que cayó la capital de Andalucía al mediar el siglo XVII.