«Grande es el contento que aquestas gentes tienen de ver á vuestra excelencia en esta ciudad para el remedio de tantos males como hay en ella, que cierto es, representan su destruicion. Temen que algunos habran desatado las lenguas y dado falsas nuevas de su fidelidad, diciendo ser autores del mal, ó favorecedores de los malos; mas confian en Dios, y en la bondad y clemencia de Su Magestad, que los que hubieren sido leales, seran favorecidos y bien tratados, como es justo sean rigorosamente castigados los que pareciere haber sido culpados en el levantamiento. Quéjanse que son molestados por los ministros de las cosas de justicia y de guerra con cohechos; que los soldados les roban sus haciendas y les deshonran sus casas; y que hasta agora los superiores no han puesto remedio en ello. Y suplican á vuestra excelencia lo mande remediar de manera, que desagraviados de lo pasado, proviniendo á lo porvenir, cese el alojamiento de las gentes de guerra en las casas, y tengan libertad de poder ir seguros á sus labores. Bien sabe que en esta ciudad cada uno da fuerza á la ruin opinion, ó la acrecienta de manera, que muchos temen lo que ellos mesmos inventaren; mas asegúralos la prudencia de vuestra excelencia, en cuya proteccion y amparo ponen sus vidas, honras y haciendas.»
A lo que don Juan de Austria, con sumo agrado, contestó con las palabras siguientes:
«El Rey, mi Señor, me mandó venir á este reyno, por la quietud y pacificacion de él; sed ciertos que todos los que hubiéredes sido leales al servicio de Dios, Nuestro Señor, y de Su Magestad, como decís, sereis mirados, favorecidos y honrados, y se os guardarán vuestras libertades y franquezas; pero tambien quiero que sepais, que juntamente con usar de equidad y clemencia, con los que lo merecieren, los que no hubieran sido tales, serán castigados con grandísimo rigor. Y en cuanto á los agravios que vuestro procurador general dice que habeis recibido, darme habeis vuestros memoriales, que yo lo mandaré ver y remediar luego, y quiéroos advertir, que lo que dixeredes sea con verdad, porque de otra manera habriades hecho daño á vosotros mesmos.»
Pero al salir los moriscos consolados con las nobles palabras de don Juan de Austria, estaban lejos de sospechar la tormenta que amenazaba á sus cabezas.
Pocos dias despues de la llegada de don Juan de Austria, llegó el duque de Sesa, y con su presencia empezó á tratarse del asunto de la pacificacion en consejo.
Componíase este consejo, bajo la presidencia de don Juan de Austria, del arzobispo, del duque de Sesa, del marqués de Mondéjar, de Luis Quijada, y del presidente Deza, al cual se añadió algunos dias el licenciado Bribiesca de Muñatones, del consejo y cámara de Felipe II, al cual habia enviado este exprofeso á Granada.
El marqués de Mondéjar fue de opinion, á la que se adhirieron el arzobispo y Luis Quijada, de que se remediase el daño poniendo guarniciones bastantes en los lugares de las Alpujarras, concentrando á los moriscos que querian la paz en la parte llana de las taas de Verja y Dalias, y tomar las sierras con la gente de guerra: que sino bastase esto, se le diesen al mismo marqués mil infantes y doscientos caballos, con los cuales, y con la gente que habia dejado en Orgiva, destruiria los sembrados y quemaria á los moriscos todos los bastimentos que tenian, reduciéndolos por hambre.
Pero el presidente Deza, enemigo declarado del marqués de Mondéjar, creyó insuficiente lo que aquel habia opinado, y dijo que lo que se debia hacer antes que todo, era quitar de Granada y de la Vega á los moriscos y deportarlos tierra adentro de España, para que no pudiesen ayudar á los moriscos rebelados con avisos, armas y gentes. Aconsejó ademas, que para aplacar á Dios, ofendido por tanto sacrilegio y tanto delito, se ejecutase un rigurosísimo castigo en los alzados empezando por las Albunuelas y siguiendo á las otras taas de las Alpujarras.
Pidió, en fin, como buen clérigo de aquellos tiempos, la deportacion, el hierro y el fuego para los moriscos, y declaró que solo de este modo podria llegarse á la pacificacion absoluta y duradera del reino.
El marqués de Mondéjar, apoyado por el arzobispo y el duque de Sesa, se opuso con energía á tan violentas y sanguinarias medidas, como quien sabia bien por haber sido muchos años capitan general de Granada, que no era de los moriscos toda la culpa del alzamiento, sino del rigor y de la injusticía con que hacia tantos años se les venia tratando.