1374. El arcediano de Córdoba D. Alfon fué muerto violentamente, y el dean D. Anton Martin publicó que esta muerte se habia hecho por órden del rey. Sintió mucho D. Enrique que se le designase como autor de este atentado, y en venganza mandó quitar la vida al dean. Quejáronse al papa Gregorio XI el obispo y cabildo, y aunque el rey procuró disculparse, mandó el Pontífice que fundase en la catedral una capellanía para que todos los dias se dijese una misa de requien por las almas de aquellas víctimas. Erigióse y situóse la capellanía en el altar del Pilar el dia 23 de setiembre de 1375. Ocupa este altar uno de los postes del templo.
De 1378 á 1381. Todo este tiempo estuvo sin obispo la iglesia de Córdoba de resultas del gran cisma de Occidente. El arzobispo de Bari, Bartolomé de Prignano, elegido irregular y violentamente para suceder en la silla pontifical á Gregorio XI, con el nombre de Urbano VI, á 9 de abril de 1378, sabiendo que la iglesia cordubense se hallaba vacante, se reservó la eleccion de prelado, prohibiendo que el cabildo lo eligiese. Otro tanto hizo el legítimo papa Clemente VII. Urbano eligió por obispo á Menendo de Cordula, y le envió por legado suyo al rey D. Enrique para que este le reconociese por legítimo Pontífice, autorizándole para ofrecer en su nombre al monarca de Castilla, á fin de granjearse su voluntad, tres piezas de escarlata para que se vistiera con la reina y sus hijos del mismo color que se vestía el Papa. D. Enrique sin embargo suspendió dar la obediencia, y la corte de Castilla se mantuvo neutral en el cisma hasta que, reinando ya D. Juan I, se determinó en Salamanca reconocer por Papa á Clemente VII. en 19 de mayo de 1381. Clemente VII no habia elegido obispo para Córdoba; entre tanto lo habia hecho el cabildo, y aunque esta eleccion fué declarada nula por el legado D. Pedro de Luna, sin embargo, atendiendo á los grandes méritos del sugeto elegido por el cabildo, que era el canónigo y maestrescuela D. Juan Fernandez Pantoja, dicho cardenal legado le eligió de nuevo y le confirmó en uso de las facultades que tenia.
1379. En el Archivo (Caj. U, núm. 73) hay un Instrumento en pergamino por el que consta que en 15 de octubre de este año, ante ciertos escribanos del número de Córdoba y dos alcaldes, comparecieron en una de las cámaras de la santa iglesia de una parte el cabildo, y de otra unos judios en representacion de la Aljama de ellos, y el cabildo manifestó á los referidos alcaldes «como ya les constaba la carta que habia envíado el rey en que se mandaba que en las villas y lugares donde no se pagaban por dichos judios los 30 dineros, que no se pagasen, pero en las que se habian satisfecho en tiempo de los señores reyes, los pagasen los judios que tuviesen 19 años cumplidos y desde esta edad arriba; y en los lugares donde se habia pagado en tiempo pasado por los 30 dineros 1 maravedí, se pagase solo el maravedi. Y porque por dicha carta se mandaba á dichos alcaldes que defendiesen á los judios de Córdoba y de todo su obispado en dicha merced, el cabildo espresaba que en obedecimiento de dicha carta habia mandado cesar en el cobro de los referidos 30 dineros hasta suplicar á S. M. sobre algunas condiciones contenidas en ella, á que no habia lugar en este obispado. Y que por cuanto antecedentemente por los judios se habia declarado que en esta ciudad y obispado se habia cobrado por los 30 dineros 3 maravedis y 4 dineros por el alvalá, lo que nuevamente negaban dichos judios, pidió el cabildo que interin acudia al rey se le dejase cobrar á razon de dichos 3 maravedis; en cuya consecuencia se consintió por los alcaldes se cobrasen, y prometieron no se molestaria á las personas que los recojan:» lo cual está firmado por Pedro Gonzalez y Alfon Martinez, escribanos públicos.
1387. El día 14 de agosto de 1385 ganaron los portugueses la célebre batalla de Aljubarrota, tan funesta para Castilla, cuyo rey D. Juan I salvó la vida en la gran derrota por la proeza del señor de Hita que canta aquel conocido romance:
| «Si el caballo vos han muerto, |
| Subid, rey, en mi caballo.» |
Aprovechando los portugueses la victoria entraron talando y saqueando el pais por la frontera de Badajoz, que defendia como adelantado el maestre D. Pedro Muñiz de Godoy. Opúsose este al enemigo, y habiendo perdido el caballo, cayó en tierra y fué muerto. Fué su cadáver conducido á Córdoba, y su hijo D. Gonzalo Yañez de Godoy obtuvo del cabildo de la iglesia mayor sitio para enterrarle en ella, fundando la capilla de que se hizo mencion en la nota de la pág. 238.
1391. El mencionado obispo D. Juan Fernandez Pantoja hizo á su iglesia catedral una donacion de ornamentos bordados y vasos de oro y plata para el divino Sacrificio.
1393. El mismo prelado confirmó con el cabildo en junio de este año un Estatuto de su antecesor sobre los maravedises que el obispo y beneficiados debian pagar para las capas de seda. En él se determina que se paguen 1000 mrs. por el obispo; 600 por las dignidades y canónigos; 200 por los racioneros; 100 por las medias raciones; y que esto se satisfaga por el obispo en su primer año y por los beneficiados en los dos años primeros, cada año la mitad.
1397. El mismo obispo hizo donacion al cabildo de diferentes posesiones que habia comprado, y agradecido éste, le ofreció cumplir las fiestas de Sta. Ana y de las Nieves con la misma solemnidad que hasta entonces se habian celebrado, y un aniversario por su alma, que se cumple en abril. En este mes murió, y fué enterrado en el sepulcro de los cinco obispos, en tercer lugar.
1398. En noviembre de este año el obispo D. Fernando Gonzalez Deza se obligó á dar 100 mrs. de moneda vieja cada año porque faga el cabillo la fiesta de las once mil Vírgenes de todas capas, y órganos, hasta hallar posesiones para dotarla.