1649. Fué este año muy funesto para Córdoba porque en él la invadió la peste. Con este triste motivo se hicieron en la catedral muchas rogativas, fiestas y procesiones, implorando la proteccion de Nuestra Señora de Villaviciosa y de los Santos Mártires.
1650. Enfervorizados los feligreses de la catedral con el ejemplo de la insigne caridad de su obispo D. Fr. Pedro de Tapia, dieron una espléndida comida á todos los que habian sido atacados de la peste y sobrevivido á esta gran calamidad; llevaron en procesion las santas imágenes de J. C. crucificado y de S. Sebastian que se veneran en el altar del Punto, y á la vuelta las colocaron en la capilla del Sagrario, donde celebraron fiestas y rogativas por nueve dias. En esta ocasion se introdujo por la primera vez el uso de que el obispo predicase desde un sitial puesto sobre un tablado en la capilla mayor.
Tambien en este año se hizo por la primera vez con gran solemnidad el voto de defender la Inmaculada Concepcion de Nuestra Señora. Dió principio á este acto, el domingo 11 de setiembre despues del Evangelio, el obispo, prestando su juramento sobre un misal preparado en la capilla mayor. Sentado luego en una silla, fueron por su órden llegando los prebendados, capellanes, corregidor y veinticuatros, y juraron lo mismo en sus manos.
1652. En el mes de mayo hubo grande alboroto en la ciudad por la falta de pan, motivada en parte por la inhumanidad de algunos logreros que monopolizaban las harinas, de lo cual se siguieron graves desórdenes y atropellos. El pueblo se aquietó por la benéfica y paternal mediacion del obispo, á quien tomó por su gobernador gritando mueras á su corregidor el vizconde de Peñaparda, que tuvo que refugiarse al convento de la Trinidad. Estuvo espuesto el Santísimo, y el cabildo eclesiástico veló algunas noches por la pública tranquilidad. A consecuencia del motin referido se fundó en Córdoba un pósito de trigo, al que contribuyeron con gran número de fanegas el obispo y el cabildo.
En la catedral se tributaron á Dios solemnes gracias por la recuperacion de Barcelona ocurrida el 13 de octubre.
Este obispo Tapia hizo á la catedral el donativo de dos fuentes grandes y dos aguamaniles de plata, con motivo de despedirse de su cabildo para ir á tomar posesion del arzobispado de Sevilla.
1657. Con motivo del nacimiento del infante D. Felipe Próspero á 28 de noviembre tuvieron la ciudad y el cabildo catedral grandes fiestas, que duraron hasta el año siguiente; pero la temprana muerte de este príncipe trocó en desconsuelo la pública alegría.
El real erario, siempre exhausto, exigia nuevos impuestos. Los recaudadores de las provincias las agoviaban con sus exacciones, y para defender la inmunidad eclesiástica tuvo el cabildo que proceder con censuras.
1658. Descuidada la guerra de Portugal por no poder atender á un mismo tiempo á esta y á la de Cataluña, pusieron sitio á Badajoz los portugueses. El rey recurrió al obispo y cabildo pidiéndoles un donativo, y á 12 de agosto le asistieron con 2000 ducados del caudal de Cabeza de rentas. Socorrida la plaza, levantó el enemigo el sitio el 10 de octubre: recibióse la noticia en Córdoba el 17, y se celebró en la catedral solemnemente.
1659. Resucitó en este año el proyecto formado en 1637 de fabricar una nueva Capilla Real suntuosa adonde se trasladasen los cuerpos de D. Fernando IV y D. Alonso XI. Para este objeto cedió secretamente el obispo Alarcon á los capellanes reales la nave de Villaviciosa ó coro antiguo; súpolo el cabildo, y á fuer de perjudicado en el derecho que siempre habia ejercido de conceder sitio para labrar capillas, se opuso á la nueva obra en 1.º de octubre. Penetrado el rey de la dificultad, promovióse un acuerdo para que la Capilla Real se hiciese en otro sitio; mas tambien para esto surgieron luego inconvenientes. Convino entonces S. M. en que se edificase en el patio de los Naranjos, segun habia ya antes propuesto el Dr. Alderete; pero no llegó el caso de mudarse la capilla hasta muy entrado el siglo XVIII, en el cual se incorporó á la colegiata de S. Hipólito.