Muchas compañías estaban formadas por oficiales y dos generales italianos empuñaban la lanza como simples soldados.
El Empecinado no tenía estas ventajas; no estaba sostenido por el espíritu de una ciudad liberal: se encontraba en tierras hostiles, sin más consejo que el de Aviraneta, y no podía aceptar siempre sus inspiraciones.
Entre los dos había una obscura incompatibilidad. Aviraneta sentía una mezcla de cariño, de admiración y de desdén por el general. El verle tan tosco y muchas veces tan incomprensivo le ponía en contra suya. Al Empecinado, por su parte, le producía su secretario un sentimiento confuso de desconfianza y de repulsión. Sabía que Aviraneta era hombre de probidad, pero le veía capaz de una infamia por defender su causa.
Don Juan afirmaba que, puesto que la doctrina liberal era la mejor y la más justa, los procedimientos de los liberales debían ser también siempre claros y justos.
Aviraneta creía que el fin justifica los medios. Con este motivo, el general y su secretario solían discutir. Uno de los sitios de sus discusiones era el claustro de la catedral.
Aviraneta quería convencer á don Juan Martín de que debía aceptar todos los recursos.
—El hombre de guerra, por lo mismo que vive entre catástrofes—decía Aviraneta—tiene que ser inmoral. Esta es su superioridad. Aquí conviene ser benévolo, se respetan las personas y las cosas; allí conviene ser severo, se fusila á todo el mundo y se queman las casas y los campos. En una parte, religioso; en otra, impío; aquí, blando; allí, duro. El militar es lo arbitrario. No puede rechazar medio ninguno. Para nosotros, el fin lo purifica todo.
—No, no—decía el Empecinado.
Aviraneta, que seguía inspirándose en los Comentarios de César y en el Príncipe de Maquiavelo, creía que en la política todo está permitido, y que lo que en la vida de un individuo: el engaño, el fraude, la falsificación, es una infamia, puede en la vida pública considerarse como una maniobra del Estado.
Don Juan Martín, por el contrario, no quería aceptar que, para ejercer el mando con habilidad, se necesitara el empleo de medios reprobables é inmorales; no veía que los hombres de gobierno, cuanto más inteligentes y á la vez más fríos, astutos y crueles, son los mejores políticos.