No tiene la Santa María más que una cubierta; entre ésta y la bodega va una serie de baos al aire, sobre los que en caso necesario á la comodidad ó á la carga se sientan tablones formando falso sollado. Á proa está formado el pañol de pertrechos; á popa la despensa. En la cubierta dan acceso á la bodega dos grandes escotillas y dos escotillones á los pañoles. Por encima de la cubierta, desde el centro del barco á popa, corre otra llamada tolda con escotilla y escala de comunicación entre ambas. Sobre la tolda se levanta la chupeta ó chopa, alojamiento del comandante, y su cubierta se nombra toldilla.
Debajo de la tolda queda la cubierta bastante desahogada y en su espacio resguardado de la intemperie se acomodaban para dormir los oficiales y marineros, aunque éstos aprovechaban el abrigo del castillo de proa, que avanza mucho, pareciendo como suspendido sobre el mar.
Constituyen el aparejo propulsor tres árboles, mástiles ó palos verticales, mayor, trinquete y mesana, con velas redondas ó de cruz en los dos primeros, á saber: papahigo ó treo con dos bonetas y gavia en el mayor; trinquete solo en el de su nombre. El de popa tiene mesana latina, y además, en el bauprés, otro palo inclinado sobre la proa, se orienta la cebadera. Todas estas velas están guarnecidas á la manera con que antiguamente se manejaban, lo mismo que los mástiles y entenas ó vergas.
Entre los primeros se asegura el mayor con ocho obenques por banda, dos coronas y brandales y dos estais, mayor y de galope. El trinquete no necesita más de dos aparejos de estrellera por banda y el estai, lo mismo que el mesana, así que no tienen mesa de guarnición como el mayor, ni bigotas, ni acolladores[5], por ser éste el mástil de desempeño y de gobierno los otros.
En las vergas se ha copiado asimismo el guarnimento; drizas dobles; amantillos cuadruplicados, con motones; brazolotes y brazas, troza y racamento. Las velas no tienen rizos; se aumenta la superficie del papahigo con fajas nombradas bonetas que se cosen á la relinga inferior por medio de bazadas, pasándolas por los ollaos ú ojetes abiertos en una y otra lona y señalados de diez en diez con una letra para no dudar en la correspondencia, siendo estas letras tradiciones A. M. G. P. que quieren decir piadosamente Ave María Gratia Plena[6].
La mesana se maneja con ostas en la pena, borriquetes en el car y caza escota que sale fuera de la popa; la cebadera corre á lo largo del botalón y se orienta como las velas cuadras con brazas y escotas.
Sería ocioso explicar el laboreo de los cabos que fácilmente concebirán los marinos; conviene sí consignar que el aparejo de La Santa María está inventariado por el mismo Colón al escribir en su Diario[7]: «tornó a ventar muy amoroso e yo llevaba todas mis velas de la nao, mayor con dos bonetas, trinquete y vela de gavia y cebadera, y el batel por popa».
La nao nueva dispone, como aquélla, de dos embarcaciones: la primera el batel, lancha grande, que rara vez se metía á bordo por tener de eslora la longitud que medía la afrizada del castillo y la fuga de la tolda, es decir, unos quince codos, con siete bancos para remos pareles. Calculábase que podía cargar su nao en cincuenta barcadas. La segunda embarcación ó chalupa, lancha mejor que bote, de popa ancha y llana, con cinco bancos para remos pareles, se metía dentro de la nao al salir de puerto[8].
Además empachaban la cubierta, el fogón donde se guisaba con leña; barriles con agua potable, las lombardas, la madera de respeto y los pertrechos necesarios á mano.