Los primeros dos grupos fueron organizados para acompañar las primeras tropas americanas a Hiroshima y Nagasaki.
Los propósitos principales de la misión fueron los siguientes:
1. Estar seguro de que no hubiera peligros no comunes en las ciudades bombardeadas.
2. Asegurar toda información posible que concierne los efectos de las bombas, tanto usual como inusual, y particularmente con respecto a efectos radioactivos, si los hay, en los objetivos o en otra parte.
General Groves declaró además que todo personal especialistas que estuvieran disponibles serían enviados de los Estados Unidos, y que el jefe supremo aliado en el Pacífico sería informado sobre la organización de la excursión.
El mismo día, el 11 de agosto, el personal especial que formaron la parte del grupo investigador que sería enviado de los Estados Unidos fueron seleccionados y ordenados a California con instrucciones de cruzar el océano inmediatamente para realizar los propósitos declarados en el mensaje a General Farrell. El grupo principal partió de Campo Hamilton, California, la mañana del 13 de agosto y llegó en las Marianas el 15 de agosto.
El 12 de agosto el jefe del estado mayor envió el mensaje siguiente al Comandante:
PARA MACARTHUR, FIRMADO MARSHALL:
GROVES HA ORDENADO A FARRELL A TINIAN QUE ORGANIZE UN GRUPO CIENTÍFICO DE TRES SECCIONES PARA USO POTENCIAL EN JAPÓN SI TAL USO SERÍA DESEADO. EL PRIMER GRUPO ES PARA HIROSHIMA, SEGUNDO PARA NAGASAKI, Y EL TERCER PARA EL PROPÓSITO DE ASEGURAR INFORMACIÓN QUE CONCIERNE A ACTIVIDADES JAPONESAS GENERALES EN EL CAMPO DE ARMAS ATÓMICAS. LOS GRUPOS PARA HIROSHIMA Y PARA NAGASAKI DEBEN ENTRAR ESAS CIUDADES CON LAS PRIMERAS TROPAS AMERICANAS PARA QUE ESTAS TROPAS NO SEAN SUJETAS A CUALQUIER EFECTO POSIBLE QUE SEA TÓXICO AUNQUE NO TENEMOS CAUSA QUE CREER QUE TAL EFECTO EXISTE VERDADMENTE. FARRELL Y SU ORGANIZACIÓN TIENEN TODA LA INFORMACIÓN DISPONIBLE SOBRE ESTE SUJETO.
General Farrell llegó a Yokohama el 30 de agosto, con el comandante en general del octavo ejército; Coronel Warren, que fue el Jefe de la División Radiologica del Distrito, llegó el 7 de septiembre. El cuerpo principal del grupo investigador llegó más tarde. Inspecciones preliminares de Hiroshima y de Nagasaki fueron hechas los días 8 y 9 de septiembre y los días 13 y 14 de septiembre, respectivamente. Miembros de la prensa fueron autorizados a seguir al General Farrell a Hiroshima.