La falta de vigilancia en las guardias se castigaba con la pérdida del cargo, sin que se le pudiera contar en lo sucesivo en el número de los soldados, ó con zambullidas al que no fuese hijodalgo, arrojándolo á la mar si reincidía. Previene los casos de motín, separación de la conserva por extravío en la derrota ó por otras causas, y hurto del rumbo; precauciones sobre las bajadas á tierra, y recomendación á los Capitanes para que vean las instrucciones que llevan los pilotos, á cuyo fin se las remite.
La flota componíase de la nao Capitana Santiago, las San Jorge, San Juan de Letrán y San Antonio, la galeota San Cristóbal y el bergantín ó fusta San Martín. Por Maese de campo iba Francisco Merino, y por Capitanes Bernardo de la Torre, D. Alonso Manrique, Matías de Alvarado, Pero Ortiz de Rueda y Cristóbal Pareja. Como oficiales del Rey para intervenir y cobrar los derechos reales, embarcáronse con el cargo de Factor de S. M., García de Escalante Alvarado, autor de la Relación detallada de este viaje; con el de Contador, Jorge Nieto; con el de Veedor, Onofre de Arévalo, y con el de Tesorero, Juan de Estrada. Oficiales para los derechos del Virrey de Nueva España, á cuyas expensas se verificaba la expedición, eran: Factor, Martín de Islares; Contador, Guido de Lavezaris; Tesorero, Gonzalo Dávalos; y pilotos: de la Santiago, Gaspar Rico y adjunto Antonio Corzo; de la San Jorge, Álvaro Fernández Tarifeño; Ginés de Mafra de la San Juan, y Francisco Ruiz de la San Antonio.
Embarcáronse además religiosos, como en tales expediciones estaba prevenido. En ésta fueron cuatro del orden de San Agustín: Fray Xerónimo de Sanctiestevan, prior, que años después escribió la relación del viaje; Fray Nicolás de Perea, Fray Alonso de Alvarado, Fray Sebastián de Reina, é igual número de clérigos, el Comendador Laso y los Padres Martín, Cosme de Torres y Juan Delgado.
Componían la tripulación de soldados y marineros trescientos setenta hombres según una relación, y cuatrocientos según otra, siendo de nombrar los caballeros é hidalgos Íñigo Ortiz de Retes, Bernardino de Vargas, Antonio de Bustos y Francisco de Alvarado, que acompañaban al general Ruy López de Villalobos.
La Armada salió del puerto de Juan Gallego, ó de la Navidad, en 1.º de Noviembre de 1542. Ocho días después, andadas 180 leguas[4], pasaron próximos á una isla pequeña, situada en 18-1/2 grados, que nombraron de Santo Tomé (hoy San Alberto). A los tres días surgieron en otra que nombraron la Nublada (Isla del Socorro), distante 12 leguas de la anterior: ochenta más adelante vieron la Rocapartida (Santa Rosa), después el Placer de siete brazas y los Bajos que recibieron el nombre de Villalobos (en lat. N. 15°-2′ y long. 163°-7′ O. de Cádiz).
El día de Navidad surgieron en una isleta poblada y llena de arboleda, nombrándola San Estevan; y Archipiélago del Coral al grupo de donde se destacaba, por haberse encontrado al levar el ancla, enredada en su uña una rama de coral fino. De aquí, después de hacer aguada y leña, salieron el día 6 de Enero de 1543, y navegadas 35 leguas, encontraron otro grupo de diez islas que por su arboleda y frescura nombraron los Jardines (lat. 9°-16′ y longitud 159°-43′ de Cádiz).
Cien leguas más al O. sufrieron un tiempo duro que puso á la flota en grave peligro y separó de la conserva á la Galeota. El 23 de Enero, navegadas 50 leguas más, avistaron en altura de 10° otra isla pequeña, baja, llena de palmas; al aproximarse vieron casas, y aunque intentaron surgir, no se encontró fondo. Los naturales, que hacia ellos habían salido en paraos, hacían con los dedos la señal de la cruz y la besaban, y con extrañeza de los expedicionarios les oyeron decir en castellano: «Buenos días Matalotes», por lo cual recibió tal nombre la isla. Navegando 35 leguas por la misma altura, vieron á los tres días (26 de Enero) otra mayor, que llamaron de Arrecifes por los muchos que tenía, y hoy se conoce por Palaos. Siguiendo el mismo camino, aunque bajando un poco en la altura (hasta los 7°,40′), llegaron el día 2 de Febrero á la isla de Mindanao[5], que por su gran extensión la nombraron Cesarea Karoli, «por ver, dice Escalante de Alvarado, que la majestad del nombre le cuadraba.» Dieron fondo en una bahía hermosa que recibió el nombre de Malaga (Baganga), y se tomó posesión de la isla con objeto de poblar; pero lo insalubre del asiento les obligó á buscar otro, tratando para ello de remontarse en demanda de la isla Mazagua; si bien impelidos por vientos contrarios, costeáronla hacia al Sur hasta apartarse de ella y dar en la de Sarangán (hoy Sarangani).
En esta isla, que llamaron Antonia[6], procuraban bastimentos, y como los naturales se los negaran obstinadamente hostilizándoles de continuo, diéronles una batida en que murieron seis españoles. Tras de algunos combates en que García de Escalante Alvarado desempeñó parte muy principal, abandonaron los naturales la isla, pasándose á la de Mindanao, y los expedicionarios recogieron algún botín, cuyo reparto fué motivo de murmuraciones, y que no por acalladas en el momento dejaron de influir en la discordia que más adelante y por otra causa habría de dividir al General de casi todos los oficiales.
Las armas con que peleaban en aquellas islas, dice Escalante, «eran muy buenas: las ofensivas son alfanjes, dagas, lanzas, azagayas[7] é otras armas arrojadizas, arcos, flechas y cervatanas: todas generalmente tienen hierba, y en la guerra se sirven de ella y de otras ponzoñosas; sus armas defensivas son escopiles (escaupiles) de algodón hasta en pies, contramangas, coseteles de madera y de cuero de búfalo, corazas de cañas y palos duros, paveses de madera que los cubren todo; las armaduras de cabeza son de cuero de lixa y muy fuertes, y en algunas islas tienen artillería menuda é algunos arcabuces»[8].