Urdaneta acepta en carta escrita en Méjico á 28 de Mayo de 1560, exponiendo sus antecedentes y servicios durante once años que permaneció en el Maluco (Doc. 13). En otra de la misma fecha existe su opinión de que hallándose la Isla Filipina dentro del empeño[12] hecho al Rey de Portugal, sólo debía tocarse en ella con el propósito exclusivo de rescatar los españoles que allí y en otras islas próximas hubiesen sido cautivados en expediciones anteriores, y fuese luego la flota á descubrir por donde pareciere á D. Luis de Velasco[13]. El Virrey incluye el expresado informe y carta en la suya de la misma fecha, apoyando el dictamen del navegante religioso, á quien elogia. Entre otros pormenores sobre el apresto de la Armada, dice haber recibido la artillería, municiones, armas y rescates; cosas que en aquella tierra no se podían haber, pues sólo el artillería y clavazón, si allí se hubieran de fundir, costaría más que todo lo enviado. Tales pertrechos se ajustaron á la Memoria dada en el Consejo Real por Juan Pablo de Carrión, designado para Almirante, y que por su desavenencia con Urdaneta en la derrota que debía seguirse dejó de ir (Doc. 23), influyendo después tanto para el cambio que en instrucciones definitivas de la Audiencia había de prescribirse para este viaje.
El Virrey, en 9 de Febrero de 1561, da cuenta al Rey de proseguir el apresto, y recomienda para mandar la Armada á Miguel López de Legazpi, natural de Guipúzcoa, de cincuenta años de edad, hijodalgo notorio de la casa de Lezcano, por reunir todas las condiciones necesarias, acreditadas en los cargos servidos durante veintinueve años en Nueva España, y ser la que por completo satisfacía á Urdaneta, que es «el que ha de gobernar y guiar la jornada» (Doc. 14).
Facultado D. Luis de Velasco para ordenar la expedición como mejor le pareciese (Doc. 15), y contestado por el Rey á Urdaneta que su dictamen se había remitido al Virrey para que proveyese lo más conveniente (Doc. 16), escribió el Agustino una detallada Memoria (Doc. 17) sobre aprestos y armamentos en Nueva España, sumamente útil para conocer el estado de algunos oficios é industrias de aquella región, y un derrotero razonado del viaje que debía emprender la flota. En el último párrafo se hace eco de la noticia que por allí había corrido, de haber encontrado los navegantes franceses un paso hacia el mar de Poniente por la tierra de los Bacallaos, y formula proyectos sobre esta noticia, que el tiempo había de desmentir (1561).
Retardábase el apresto de las naves hasta el extremo de mediar una carta apremiante del Rey, fecha á 13 de Febrero de 1563, á la cual contesta el Virrey en 25 de igual mes del siguiente año (Doc. 19) presentando sus excusas y anunciando la salida para el próximo Mayo; pero la imposibilidad de cumplir la oferta le obliga á disculparse de nuevo en carta de 15 de Junio (Doc. 20).
Muerto D. Luis de Velasco en fin de Julio, la Audiencia, que en tales casos asumía la autoridad y el gobierno, ultimó los preparativos de la flota, y en pliego cerrado entregó á Legazpi una extensa, bien redactada, previsora y detalladísima instrucción (Doc. 21). En su parte preceptiva sobre los cargos, oficios, libros de asiento, embarque, armas, haberes y demás disposiciones referentes á la organización de la flota y movimiento de las naos, conservaba la Audiencia íntegro el texto de la preparada por el Virrey y remitida en copia á S.M. con la expresada carta de 25 de Febrero (pág. 142); pero variaba por completo la derrota por las razones que expresa en su carta al Rey, fecha á 12 de Septiembre (Doc. 22).
La marcada en la del Virrey, que, como dicho está, fundábase en la opinión de Urdaneta, era hacia la Nueva Guinea; la de la Audiencia terminantemente prescribía el viaje á Filipinas; así que al romperse los sellos el sábado 25 de Noviembre, al quinto día de navegación, y á unas cien leguas del puerto de la Navidad (Doc. 27), y conocerse su contenido, fué tal la sorpresa y disgusto del Prior y demás religiosos, que según frase de la Relación, que por su procedencia debe suponerse atenuada (pág. 220), «daban á entender se hallaban engañados, y que á haber sabido ó entendido en tierra que había de seguirse esta derrota, no vinieran á la jornada por las causas y razones que el Padre Fray Andrés de Urdaneta había dicho en México.»
La conformidad de lo innovado con el dictamen de Carrión, su disentimiento con Urdaneta, y el importante papel que desempeñó en el apresto de la flota en la Metrópoli ante el Consejo de Indias, y en Nueva España en el acopio de pertrechos, inducen á creer que su influjo ó sus razones, ó ambas cosas, pesaron en la resolución de la Audiencia. Y aunque el temor abrigado por el Capitán de la Almiranta, de que lo dejarían en tierra (pág. 209) á causa del disentimiento, parezca indicio contrario á la conjetura, lo torna la crítica favorable al discurrir que la Audiencia, que hábilmente cohonestaba la mudanza con el respeto á disposiciones Reales anteriores, escudando así su responsabilidad, no podía eludir la que hubiera contraído impidiendo ó dando ocasión á estorbar la ida de Urdaneta, determinada como estaba, no ya por provisión ó cédula, sino por Real carta de ruego y encargo, y no debía ocultársele que el Agustino tenía el firme propósito de no ir en la jornada (pág. 209) de seguirse la derrota propuesta por Carrión.
La responsabilidad era tanto más estrecha, cuanto que la misión del religioso no se concretaba á dirigir la navegación de la ida, sino principalmente á descubrir la del regreso, que constituía el objeto primordial del viaje, así expresamente determinado por el Rey en las cartas con que la Audiencia se escudaba y se le había encargado «por que despues de Dios se tiene confianza que por las experiencias y platica que tiene de los tiempos de aquellas partes, y otras cualidades que hay en él, será causa principal para que se acierte con la navegacion de la buelta para Nueva España» (pág. 19), palabras de la Instrucción del Virrey, que la Audiencia deja en la suya, ó por estimarlas merecidas, ó para compensar con este halago el sinsabor que en secreto le preparaba.
Unicamente así se puede entender lo anormal de quedar en tierra el autor del proyecto que prevalecía, y de ir á bordo el del proyecto fracasado, con la dirección de una derrota contraria á la suya. Pero ¿cómo se explica el modo de guardar la reserva necesaria en asunto intervenido por el número de personas que supone su índole, y menos que pudiera conservarse en el período de tres meses que separan la fecha de la Instrucción del día en que zarpó la Armada, sin que Urdaneta, cuyos amigos eran muchos, y su prestigio grande, sospechara la menor cosa?