En cumplimiento de varios preceptos de dichas ordenanzas, se expidió, también desde Monzón y con la misma fecha de ellas, una Real cédula firmada por el Rey Católico, mandando que nadie pudiera traer oro de las Indias por marcar, ni comprarlo, bajo las penas en dichas ordenanzas establecidas; otra del mismo lugar y fecha, pero en nombre de D.ª Juana, prohibiendo que nadie pudiera traer oro ni otras mercancías de las Indias en nombre de otro, y también en el mismo día y lugar se dió otra cédula prohibiendo que se introdujese brasil en el Reino como no fuese de las Indias.
También en esta fecha se dirigió una Real cédula á los oficiales de la Casa de la Contratación de Sevilla, que puede considerarse como una ampliación de las ordenanzas, mandándoles que no dejasen pasar á Indias ningún clérigo sin que fuese antes examinado por el Dr. Matienzo. Esta disposición no fué eficaz para evitar que pasasen á las Indias algunos clérigos aventureros que dieron lugar á grandes desórdenes, de que especialmente da noticia en su Historia el P. Las Casas.
Todavía con la misma fecha y en el mismo lugar escribió el Rey una extensa carta ó cédula contestando á las que el Almirante Gobernador le había dirigido hasta que volvió á España Gil González Dávila; en ella empieza por anunciarle que ha mandado que no pasen en adelante clérigos á las Indias sin ser examinados antes en Sevilla, y los que resulten hábiles lleven cartas del Dr. Matienzo que lo acrediten; en seguida recomienda que se considere mucho antes de obligar á los indios á que vivan en pueblos, porque ellos lo repugnan; con nuevas instancias se le encarga que se exploten con gran diligencia las minas del Rey; se manda al Gobernador que envíe el libro original del repartimiento de indios; se insiste de nuevo en que no residan extranjeros en las Indias, excepto Bernardo Grimaldo ó su factor; una vez más se prohibe que pasen á Indias los conversos y reconciliados, así como se insiste en que se lleve á cabo el arrendamiento de las rentas; se manda que no se deshaga ningún pueblo sin consultarlo al Rey, que se labre la fortaleza de la Vega y que se suspenda la de Santiago; se encarga que se envíe información acerca de las reclamaciones de los procuradores de algunas villas sobre el repartimiento de sus términos municipales; se encarga que no se quiten los indios á los primeros pobladores, y que sean en todo favorecidos y honrados; se manda que se hagan algunas iglesias en lugares convenientes, á fin de evitar que los que viven lejos tengan que ir á las villas para asistir á misa y á las fiestas religiosas, como el comendador Obando había mandado, porque de esto se seguían muchos perjuicios y gastos; avisa el Rey al Almirante que ya se habían enviado los maestros y materiales para la construcción de las iglesias, y le manda que se edifiquen sin dilación, haciendo los cimientos de piedra y lo demás de muy buena tapiería; se dispone que sean comunes los montes donde se había encontrado la fruta llamada piña; respecto al repartimiento de indios, dispone que se suspenda hasta que reciba nuevas instrucciones; pero se le encarga que desde luego se den doscientos á los Oficiales Reales y á los alcaides, en vez de los ciento que se les señalaban en las anteriores instrucciones; se manda de nuevo abonar 200.000 maravedís en cada año al Ldo. Hernán Tello; se dispone que las naves que iban á la Española no estuviesen en sus puertos sino el tiempo que llevasen de demora para ser pagadas de sus fletes, con el objeto de evitar que se llenen de bruma, que las destruye y pierde; se prohibe que los que residen en la Española tengan indios en la isla de San Juan, excepto los Oficiales Reales y las personas que tengan cédulas especiales para ello; se prohibe que se saquen indios de la isla de la Trinidad y de las cercanas á San Juan, Cuba y Jamaica, pero que se puedan traer de la costa de las Perlas, y encarga que se vea si se puede hacer una población en la costa de Cuba para que pudieran allí hacer escala los que fuesen á traer indios para llevarlos á las minas de la Española; se manda que puedan contratar entre sí los vecinos de los diferentes pueblos de la Española, y que si esto tuviese algún inconveniente, se avise al Rey para proveer sobre ello; se encarga con ahinco que se cobren las deudas que algunos vecinos de la Española tenían con el Rey; se renueva el permiso para que se pudieran llevar á la Española indios de las islas para ello señaladas, sin dar al Rey más que la quinta parte por el tiempo que su voluntad fuese; se dice que las naves que van á las Indias puedan tocar en la isla de San Juan antes de ir á la Española; se manda señalar cotos de montes para cortar en ellos la madera para los edificios públicos; se encarga que se ponga diligencia en el despacho de las causas fiscales, y, por último, se manda que haya en la villa de Santo Domingo la menos gente que ser pueda, para que se distribuya por los otros lugares y se dedique al laboreo de las minas, insistiendo en que el Almirante escriba largamente sobre cuanto ocurra en las Indias.
Hasta el 13 de Septiembre del mismo año de 1510 no se encuentra ninguna disposición de carácter legislativo referente á las Indias; en dicha fecha se envió á D. Diego Colón una cédula motivada por las pretensiones de éste á extender su autoridad á la isla de San Juan, mandándole que no se entrometiera en proveer cosa alguna contra Juan Ponce, ni en nada tocante á dicha isla, fundándose en que fué nombrado Gobernador con esa condición, la cual, sin embargo, era evidentemente contraria á las primitivas capitulaciones celebradas con el primer Almirante.
En 20 de Noviembre, y desde Tordesillas, se expidió Real cédula al Almirante Gobernador de la Española mandándole que señalara sitio en que fundasen monasterio los frailes dominicos que iban á la Española, y con la misma fecha se dirigió otra á la Casa de la Contratación de Sevilla mandando que, además del pasaje, se dé á los frailes de dicha Orden que iban á las Indias, mantas y jergones.
En 24 de Diciembre, y en el mismo año de 1510, desde Madrid expidió el Rey una cédula al Tesorero general de las Indias, Miguel de Pasamonte, mandándole que envíe el producto de las penas de Cámara á la Casa de la Contratación de Sevilla de la misma manera que enviaba el demás oro, sobre lo cual escribía al teniente del Receptor general de las dichas penas.
En el siguiente año de 1511 fueron muchas las disposiciones que se adoptaron acerca del régimen y gobierno de las Indias. Fué nombrado veedor de la isla de San Juan Diego Darce, á quien se dió en Sevilla, á 26 de Febrero de dicho año, una instrucción para el cumplimiento de su cargo, que contiene varios capítulos, todos ellos relativos á la observancia de lo ordenado por anteriores disposiciones en materia de Hacienda[48]. Con la misma fecha se expidió una Real cédula al Tesorero general Miguel de Pasamonte, dada á suplicación de los vecinos de la isla de San Juan, para que se les cobraran los diezmos en las mismas especies sobre que gravaban, como se hacía en Castilla, y no en oro ni de otra cualquier forma. También en la misma fecha se expidió otra Real cédula dirigida á Juan Ponce, mandando que se cumpliera en la isla de San Juan la prohibición de que residiesen en ella los hijos de condenados ó nietos de quemados, y mandando expulsarlos en el término que le pareciere, ejecutando en sus personas y bienes las penas en que hallare que habían incurrido[49]. En la misma fecha se dirigió otra cédula al Tesorero general Miguel de Pasamonte, mandando que del producto de los diezmos de la isla de San Juan se pagasen los salarios á los curas y capellanes y otros ministros que celebraren los divinos oficios, á razon de cien castellanos por cada clérigo. También en el mismo día se expidió una Real cédula al Consejo, Justicia, Regidores, oficiales y hombres buenos de la isla de San Juan, concediéndoles por el término de cuatro años el producto de las penas de Cámara para aplicarlo á la construcción de caminos, calzadas y puentes: asimismo, y con idéntica fecha, aunque en nombre de D.ª Juana, á diferencia de las anteriores, que están dadas á nombre del Rey, se expidió Real cédula á los vecinos y moradores de la isla de San Juan, concediéndoles por el plazo de diez años que sólo paguen la quinta parte del oro y demás metales que cogieren. También á nombre de D.ª Juana se expidió otra Real cédula dando licencia y facultad á todas y cualesquier personas, así de Castilla como de la Española y cualquiera otra parte, como no sean las prohibidas, para que puedan llevar y tratar todas las mercaderías y otras cosas, salvo las exceptuadas, pagando los derechos correspondientes; por último, también á nombre de D.ª Juana se expidió en idéntica fecha otra Real cédula concediendo á los vecinos y moradores las mismas libertades, exenciones, preeminencias, prerrogativas é inmunidades que gozaban los de la Española.
Según en todas estas cédulas se manifiesta, y claramente se desprende de su contexto, el propósito de los Reyes fué favorecer el desarrollo de la población y de la riqueza de la isla de Puerto Rico, donde la minas de oro empezaban á dar algún producto, por lo cual en este mismo año, y como se verá más adelante, se establecieron en ella los Oficiales Reales encargados de la administración de la hacienda, con los mismos nombres y con funciones análogas á los que existían en la Española.
Atento siempre el Rey á las cosas de la religión, expidió una cédula á los Oficiales Reales de la isla Española, en la que les participa que había mandado socorrer con cierta limosna cada año, por espacio de diez, á los frailes dominicos que allí residían y que querían fundar una casa de su Orden, mandándoles dar todo favor y ayuda para que dicha obra se acabase y en todo lo demás.