Bataviassa korjattiin taas rapistunutta laivaa ja Englantilaisten täytyi sitä varten oleskella siellä jonkun aikaa. Mutta epäterveellinen ilma vaikutti pian että moni heistä sairastui ja heitti henkensä; kuolleiden joukossa olivat muiden muassa Monkhouse, Tupia ja pikku Tajets (matkalla kuoli sitten myöskin tähtientutkija Green).
Bataviasta lähti Cook syyskuun lopulla ja purjehti Hyvän Toivon niemelle, jossa hän sai tarpeellista apua sekä sairailleen että huonoon kuntoon joutuneelle laivalleen. Kesäkuun 12 p:nä v. 1771 saapui hän viimeinkin kotimaansa rannalle Dowerin kaupungin edustatte, oltuaan poissa isänmaastaan lähes kolme vuotta. Monta vaaraa oli hän saanut kokea matkallaan, mutta suurella nerollaan ja mielen lujuudellaan oli hän osannut ne voittaa.
COOK'IN TOINEN MATKA.
1772-1775.
Kotiin palattuaan lähetti Cook kertomuksen Venustähden kulusta auringon ohi Lontoon tiedeseuralle, joka mielihyvällä tunnusti hänen suuret ansionsa. Sen jälkeen ryhtyi hän järjestämään kokoomiansa tietoja Tyynen meren vesistä ja saarista antaakseen koko matkastaan täydellisen kertomuksen; mutta siitä toimestaan täytyi hänen kuitenkin kohta luopua, sillä hänen apuaan ja taitoaan tarvittiin muihin, tärkeämpiin hankkeisin.
Eteläinen mannermaa ei ollut, näet, vielä kokonaan kadonnut ihmisten mielestä ja kun Cook äsköisellä matkallaan oli näyttänyt ett'ei Uusi Seelanti yhtä vähän kuin Uusi Hollantikaan kuulunut tuohon mantereesen, ruvettiin nyt väittämään että se olisi muka löydettävänä jossain etelämpänä. Kun sen lisäksi suurin sanoin puheltiin siitä hyödystä, joka semmoisen mantereen löydöstä olisi vuotava koko maalle, päätti Englannin hallitus varustaa uuden tutkimusmatkan Tyynen meren vesille. Siinä tarkoituksessa kääntyi se nyt Cook'in puoleen tarjoten hänelle päällikkyyttä aiotulle retkelle, johon tarjoukseen Cook mielellään suostuikin.
Retkeä varten varustettiin kaksi laivaa, joista suurempi "Resolution" niminen sai komentajakseen Cook'in ja pienempi "Adventur" uskottiin taas kapteeni Furneaux'in johtoon. Matkavarustukset tehtiin hyvin huolellisesti. Ruokavaroja otettiin mukaan kahdeksi ja puoleksi vuodeksi ja meritautia (keripukkia) vastaan oli matkueella tehollisia varukeinoja, niinkuin maltaita, hapankaalia, sitruunin mehua, senappia y.m. Paitsi päällikkökuntaa seurasi Cook'ia tälläkin retkellä tiedemiehiä ja maalareja; edellisistä mainittakoon kaksi saksalaista luonnontutkijaa (isä ja poika) nimeltä Forster.
Ennen lähtöänsä sai Cook hallitukselta tarkan matkasuunnitelman. Sen mukaan oli hänen ensin purjehtiminen Hyvän Toivon niemelle ja sieltä sitten eteläistä ilman suuntaa kohden 54:nen leveysasteen kohdalla olevalle Circoncision niemelle, jonka luultiin kuuluvan eteläiseen mantereesen. Löydettyään sen pitäisi hänen seurata uuden mantereen rannikkoa, tutkia sen luontoa sekä asukkaita ja ottaa tarkat tiedot kauppaa ja meriliikettä koskevista seikoista. Sitten sopisi hänen tehdä retkiä sekä itään että länteen, aina asianhaarain mukaan, lähetä etelänapaa ja viipyä kaikkialla niin kauan kuin merimiesten terveydentila ja elatusvarat vaan sallisivat. Jos taas mitään Circoncision-nimistä nientä tai saarta ei olisikaan olemassa, pitäisi Cook'in purjehtia niin paljon kuin mahdollista etelään, kääntyä sitten itään tutkiakseen uusia maita sekä saaria ja saapua sitten maapallomme ympäri purjehdittuaan takasin Hyvän Toivon niemelle. — Niinkuin näkyy oli matkasuunnitelma monipuolinen ja vaikea; sen tyydyttävää ratkaisua varten tarvittiin todellakin Cook'in neroa ja taitoa.
* * * * *
Heinäkuun 13 p:nä v. 1772 lähti Cook molemmilla laivoillaan Englannista ja saapui puolenkolmatta kuukauden perästä Hyvän Toivon niemelle. Noudattamalla kaikkia varovaisuuden keinoja oli hän osannut pysyttää miehistönsä niin hyvässä terveydentilassa ett'ei yksikään heistä sairastanut matkalla. Kap-kaupungissa saatiin ruotsalainen luonnontutkija Sparrman yhtymään matkueesen, jonka jälkeen laivat lähtivät edelleen purjehtimaan eteläistä ilmansuuntaa kohden.