Osa niistä lukuisista kansoista, joihin Indiaanit ovat jakautuneet, ovat jo enemmän tai vähemmän sekaantuneita vereltään ja ovat joutuneet puolisivistyneesen tilaan. Toiset ovat hävinneet niin että niistä on ainoastaan vähäpätöisiä jätteitä, ja historiallisella ajalla tunnetaan monen ennen mahtavan kansan kadonneen kokonaan sukupuuttoon.
Keinot, joita Brasiliassa on käytetty Indiaanein sivistyttämiseen, eivät olekaan olleet yksistään ihmisystävällinen opetus- ja käännytys-toimi, vaan myös raain väkivalta ja hävitys-sota.
Aikaisemmin myönsi laki jokaiselle oikeuden ottaa orjiksi Indiaaneja, missä heitä vain sai käsiinsä, ja sittemmin muutettiin se määräys siten, että ainoastaan Indiaaneja, joita tavattiin ase kädessä, saatettiin viedä orjuuteen.
Tämän vuosisadan alussa lakkautettiin tämä väkivaltainen menettely Indiaaneja vastaan, vaan säädettiin sensijaan, että se, joka Indiaani-vanhempain suostumuksella otti kasvattaaksensa heidän lapsiaan, sai pitää ne kymmenen vuotta palkattomasti palveluksessaan. Käytännössä vaikutti tämä säädös, että Indiaaneilta ruvettiin ostamaan heidän lapsiaan ja myömään kylästä kylään orjina. Indiaani-joukot alkoivat ryöstää lapsia toinen toisiltaan, myödäkseen niitä valkoisille, ja jokseenkin helppo oli saada Indiaaneja myömään omiakin lapsiaan vähäpätöisestä hinnasta. Indiaanein puolelta kohtasi siinä sitä vähemmin vaikeuksia, kun heillä muutoinkin oli tapana myödä lapsiaan lapsettomille perheille, vaikka Indiaani-äidit muutoin tosin kyllä hellästi ovat kiintyneet lapsiinsa.
Vaan Botocudoja vastaan käytiin vielä tälläkin vuosisadalla leppymätöntä hävitys-sotaa heidän raakuutensa ja taipumattomuutensa tähden rauhalliseen kanssakäymiseen Brasilialaisten kanssa. Kun, portugalilaisen valtaistuimen siirrettyä Rio de Janeiroon, hallituksen puolelta hyväksyttiin lempeä kohtelu-tapa Indiaaneja kohtaan, pidettiin kuitenkin Botocudoja vastaan voimassa entinen menettely. Heitä vastaan jatkettiin sotaa sekä julkisesti että halvimmilla keinoillakin, niinkuin esim. rokko-taudin tahallisella levittämisellä heidän joukkoihin.
Vaan ei edes yksistään heihin voitu sellaista kohtelua rajoittaa, sillä muitakin vihamielisiä Indiaani-heimoja vastaan sisemmissä maakunnissakin tehtiin yhä vielä sotaretkiä, sillä tekosyyllä että he muka olivat Botocudoja.
Myöhempinä aikoina on vihdoin onnistuttu saada useita Botocudojenkin joukkoja laittamaan vakinaisia asuntoja ja rupeamaan kanssakäymiseen valkoisten kanssa.
Kuitenkin ovat jesuiitat ainoat, jotka menestyksellä ovat suuremmassa määrin voineet johdattaa Indiaani-rotua sivistykseen, ja kaikkiallakin Etelä-Amerikassa ovat he olleet Indiaanein hyväntekijöitä. Vielä suurempi kuin Brasiliassa, on heidän menestyksensä ollut Etelä-Amerikan hispanialaisissa tasavalloissa, ja Paraguayn sivistynyt Indiaani-valtio on heidän vaikutuksensa hedelmiä. Salaisuus heidän lähetystoimen menestyksessä on ollut siinä, että nämät käytännölliset "padres" panivat enemmän arvoa sivistyttämiseen, kuin kristityttämiseen. Kova isku Brasilian Indiaaneille oli senvuoksi markiisi de Pombalin vuonna 1759 toimeenpanema jesuiittain karkoittaminen.
Jesuiittain ja, heidän jälkeensä, franciscaanein lähetyssaarnaajat perustivat Indiaanein asumiin paikkakuntiin Indiaanein lapsia varten kasvatuslaitoksia, joiden ympäri sitten heidän kehoituksestaan ja vaikutuksestaan asettui Indiaaniperheitä asumaan vakinaisiin asuntoihin, maanviljelystä, karjanhoitoa ja kalastusta harjoittamaan. Näitä aldeoiksi kutsuttuja kesyjen Indiaanein (Indios mansos) kyliä syntyi ympäri maata, ja meren rannikolla sekä Amazonin varsilla muuttuivat Tupi-kansat suurimmaksi osaksi sekä useat muutkin Indiaani-heimot sivistyneiden kansain elinkeinoja harjoittavaksi rahvaaksi.
Jesuiittain karkoittamisen jälkeen joutuivat aldeat kuitenkin häviölle ja sivistyksen levittäminen Indiaaneihin alkoi hidastua, vaan vielä tänäkin hetkenä jatkavat franciscaanimunkit jesuiittain onnistuneella järjestelmällä sivistystyötä Amazonin ja sen lisäjokien varsilla.