Ste Croix'n siirtokunta oli perustettu huonolle paikalle. Talven kuluessa puolet siirtolaisista kuoli keripukkiin, vilu ja ruoan puute tuotti paljon kärsimyksiä, ja kevään tullen sen vuoksi kaikki halusivat lähteä pois. Champlain lähti De Montsin kanssa rantaa pitkin etelään päin etsimään parempaa paikkaa, ja tällä kertaa he tutkivat rannan aina Kap Codiin saakka. Muun muassa he kävivät siinä satamassa, jossa viisitoista vuotta myöhemmin puritanilaiset »pyhiinvaeltaja-isät» astuivat maihin. Se ja muutkin rannikon paikat saivat ranskalaiset nimet, joista kuitenkin suurin osa on myöhemmin vaihtunut toisiin. Tällä matkalla muun muassa tavattiin se heimo, jonka polvien piti ulottua pään yli, kun he kantapäillään istuivat, mutta Champlain ei heistä sen kummempaa huomannut, kuin että he olivat nopeat kulkemaan, samoin kuin intiaanit yleensäkin.
Tämän matkan johdosta De Monts muutti siirtokuntansa väliaikaisesti toiseen paikkaan ja antoi sitten Champlainin toimeksi tutkia vielä tarkemmin samaa rannikkoa, koska hän halusi perustaa siirtokuntansa lämpöisempään seutuun. Itse hän lähti Ranskaan. Poutrincourtin kanssa Champlain nyt tutki Fundy-lahden aina viimeiseen perukkaan saakka. Matkassa oli Markus Lescarbot, nuori sukkela lakimies, joka uteliaisuudesta oli tullut Poutrincourtin seurassa ja sitten kirjoitti Uuden Ranskan alkuvaiheista sekä lähdeteoksena tärkeän että tyylin puolesta vilkkaan ja ansiokkaan historiateoksen. Seuraavan talven he viettivät Port Royalissa, ja kun he ruokajärjestyksestä pitivät hyvän huolen, kului aika hyvin. Champlain, jolla oli enimmän kokemusta Uuden maailman oloista ja ilmanalasta, perusti »Hyvän ajanvieton veljeskunnan» melkein samaan tapaan kuin nykyisten napamatkustajain on tapana. Tämän veljeskunnan jäsenten tuli vuoron mukaan pitää siirtokuntaa hyvällä tuulella kunkin päivänsä ja pitää huolta ruokatavarain hankkimisesta. Päivällisajan tultua veljeskunnan jäsenet saatossa marssivat ruokasaliin, edellä sen päivän hankkija, pyyhinliina olallaan ja kaulassaan veljeskunnan nauha. Muut jäsenet hänen perässään tullen kantoivat hänen hankkimiaan ruokia, jotka suureksi osaksi olivat ympäristön metsistä ja vesistä, sillä niihin aikoihin oli Uudessa Skotlannissa vielä runsaasti riistaa sekä maalla että vedessä. Talvi kuluikin hupaisesti, mutta kevään tultua retkikunta sai huonoja uutisia. De Montsin oikeudet oli lakkautettu, eikä hänellä enää ollut varoja yrityksen jatkamiseen. Kaikki saivat käskyn palata Ranskaan. Viimeisinä lähtivät Champlain, jonka kartta vielä oli keskeneräinen, ja Poutrincourt, joka tahtoi korjata kylvämänsä viljat, voidakseen Ranskan kuninkaalle näyttää, kuinka hedelmällistä maa oli.
Poutrincourt ei sitten hylännytkään siirtokuntaansa, ennenkuin se monien vihain vuoksi oli täytymys. Ensin jesuiitat juonillaan häiritsivät sen toimeentuloa, sitten Virginian englantilaiset siirtolaiset sen hävittivät, väittäen kaikkien näitten seutujen kuuluvan Englannille John Cabotin löytöjen oikeudella.
Acadia oli seuraavina aikoina ainaisten riitain aiheena Ranskan ja Englannin välillä. Sen ranskalaiset siirtokunnat olivat toisin ajoin jotenkin lukuisat, mutta niitten sisällistä rauhaa häiritsivät ankarat riidat. Lopulta Uuden Skotlannin ranskalaisten täytyi tyytyä pohjoisosaan, Breton-saareen, jonka asukkaista melkoinen osa vielä tänä päivänä polveutuu vanhoista ranskalaisista siirtolais-suvuista.
Quebecin perustaminen.
Kun Champlain kolme vuotta poissa oltuaan palasi Ranskaan, vei hän karttansa ja muut tietonsa De Montsille ja sai tämän taivutetuksi vielä jatkamaan näitä merentakaisia yrityksiä. De Monts sai kuninkaan suomaan itselleen vielä yhdeksi vuodeksi turkiskaupan yksinoikeuden ja Champlain lähetettiin nyt hyvin varustettuna Laurentin joelle. Hän purjehti ensin Saguenayn suuhun Tadoussaciin, joka vanhastaan oli turkisten markkinapaikka, otti siellä takavarikkoon turkiksia ostelevain baskien laivan ja rakensi sitten aluksen, jolla hän lähti nousemaan Laurentin jokea. Erääseen paikkaan, jonka kohdalla kallioniemi ahdistaa joen tavallista kapeammaksi ja jota intiaanit Champlainin oman ilmoituksen mukaan sanoivat Quebeciksi, hän rakensi kahdenkertaisia hirsihuoneita ja niiden ympäri vallin ja ojan, ja niin oli Quebecin perustus laskettu. Laivat palasivat ostettuja turkiksia Ranskaan viemään, Champlain taas jäi uusiin asumuksiinsa väkensä keralla talvea viettämään. Kahdeksantoista hänen miehistään sairastui keripukkiin ja niistä kymmenen kuoli. Champlain etsi joka taholta ameda-puuta, joka oli niin ihmeellisellä tavalla pelastanut Cartierin retkikunnan (II, 408), mutta intiaanit eivät siitä voineet antaa mitään tietoa. Siitä hän päätti, että ne intiaanit, jotka Cartierin aikana paikkakunnalla asuivat, olivat olleet toista rotua kuin hänen aikaisensa. Niin asia olikin. Muutoin talvi kului suotuisasti, eivätkä Quebeciin rakennetut uudisasunnot sen jälkeen ole kylmille jääneet.
Sotaretki irokuoita vastaan.
Keväällä tehtiin retki, joka sai ratkaisevan merkityksen Canadan koko tulevaisuudelle. Algonkin-intiaanit ja ylämaahan paenneet huronit valmistelivat kostoretkeä irokuoita vastaan, jotka olivat karkottaneet huronit Laurentin jokilaaksosta, ja Champlain tarjoutui lähtemään mukaan heidän liittolaisenaan. Tämän retken kautta ranskalaiset ja irokuoit kaikiksi ajoiksi riitaantuivat, ja arvaamattoman paljon vahinkoa tuotti se heidän yrityksilleen. Mutta toiselta puolen irokuoit olivat niin pelätyt, että kaikki ne Laurentin jokilaaksossa ja isojen järvien pohjoispuolella olevat intiaaniheimot, jotka elivät heidän kanssaan vihoissa, sen sijaan lujasti liittyivät ranskalaisiin, ja nämä saattoivat aina Superior-järvelle saakka kulkea kuin ystäväin maassa — milloin irokuoit eivät sinne saakka retkiään ulottaneet.
Irokuoitten suuri liitto levitti valtaansa samain periaatteitten mukaan kuin vanhat roomalaiset. He hävittivät vastustajansa yhden erältään. Muitten kanssa sillä välin hyvissä väleissä ollen he tuhosivat tuhottavansa niin perusteellisesti, että heimo, jonka kimppuun he olivat hyökänneet, samalla lakkasi olemassa olemasta. Mitä tähteitä jäi, ne he ottivat omain heimojensa aukkojen täytteiksi. Heikontumattomina he siten saattoivat kääntyä uutta vihollista vastaan. Ottava-joen algonkinit ja Georgian lahdelta saakka tulleet huronit — huronien, s.o. harjaspäitten nimen tämä kansa vasta myöhemmin sai ranskalaisilta, Champlain käyttää heistä nimeä, joka vastaa nykyistä Wyandottea — suostuivat ilomielin Champlainin avuntarjoukseen. Ranskalaisten luku ei tosin ollut suuri, mutta intiaanit, siitä mitä olivat heistä nähneet, arvasivat, että heidän esiintymisensä siitä huolimatta olisi tehoisa.
Ainoastaan kaksitoista ranskalaista oli retkikunnan mukana. Noustiin Quebecistä Laurentin jokea Richelieu-nimisen oikealta puolelta tulevan syrjäjoen suuhun saakka; siinä pari päivää kalastettiin eväitä. Richelieu oli irokuoitten liittokunnan maahan valtatie. Vedenjakajalla asuivat mohawkit, ensimmäinen irokuoi-kansa, ja retki siis piti aivan vihollisen alueen sydämeen. Intiaanit olivat Champlainille kertoneet, että jokea saattoi nousta meriveneillä, aina siihen suureen järveen saakka, joka on löytäjästään nimensä saanut, mutta eteen tulikin koski, jonka alle vene oli jätettävä. Vaikka intiaanit siis olivat antaneet vääriä tietoja, ei Champlain kuitenkaan malttanut palata takaisin, vaan lähetti miehensä veneen keralla Quebeciin ja otti ainoastaan kaksi vapaaehtoista mukaansa. Intiaanit helposti taivalsivat kevyet kanoottinsa koskien ohi, ja niitten niskasta lähdettiin uudelleen veneillä matkaa jatkamaan. Sankat aarniometsät saartoivat kahden puolen jokea, joka kesäisen auringonpaisteen loisteessa oli kuin valokatu tuntemattomiin synkkiin saloseutuihin.