Itä-Afrikan pintamuodot näyttävät pääasiallisesti johtuvan poimumuodostuksista, joiden jäännöksiä Abessinia, Viktoria Njansan idänpuoliset ylämaat ja Njassa järven pohjois- ja länsipuolella kohoavat korkeat maat ovat. Samoja poimumuodostuksia on Runsoro, joka on Afrikan ehkä suurenmoisin vuoristomaisema, vaikka Kilimandsharo ja Kenia ovatkin korkeammat. Afrikan saatua varsinaisen selkärankansa, itäpuoltaan kulkevan korkean maanselän, alkoivat tuliperäiset mullistukset, maankohoamiset ja vajoamiset ja halkeilemiset uurtaa itäpuoliskoa, muodostaen pohjoiskoilliseen suuntaan kulkevia pitkiä laaksoja, joista merkillisin on Njassasta alkava. Tämä järvi itse on tässä syvässä ja kapeassa laaksossa, joka on maanvajoamisesta syntynyt, ja Viktoria Njansan itäpuolella siinä on lukemattomia pienempiä järviä, sekä suolaisia että suolattomia. Tämä laakso ulottuu Punaiseen mereen saakka. Melkein yhdensuuntainen sen kanssa on Tanganjikan laakso, joka on samoin syntynyt. Se ulottuu kauas etelään Kongon latvajoille ja pohjoisessa se jatkuu Albert Njansaan ja Niilin laaksoon, vaikk'ei se olekaan yhtä yhtenäinen kuin edellinen. Kivu-järven pohjoispuoliselta vedenjakajalta saakka tämän laakson vedet laskevat Niiliin.
Kagera jokea, joka Urundin vuorimaasta alkaen laskee Viktoria Njansaan sen itärannalle, on pidettävä Niilin ylimpänä latvana. Sen lähteet ovat neljännellä eteläisellä asteella, vain muutaman kymmenen kilometrin päässä Tanganjikan vuorisesta pohjoispäästä. Eräästä näistä lähdejoista, joita Urundin vuorilta alkaa useita, ei ole kahtakaankymmentä kilometriä Tanganjikan rantaan.
Kageran juoksu on hyvin mutkitteleva ja monta pienempää järveä on sen varressa, kunnes se ensimmäisellä eteläisellä leveysasteella kääntyy jyrkkään itää kohti ja juoksee Njansaan. Paitsi Kageraa ei Viktoria Njansaan laskekaan muita suuria jokia. Itärannalle ja Kavirondo-lahteen tosin laskee muutamia jokia, mutta ne ovat verraten lyhyitä. Niili järvestä lähtiessään muodostaa heti suuren Riponin putouksen, jonka kynnystään niskaansa kohti syödessä Njansa alenemistaan alenee — ellei teollisuus sitä ennen ota palvelukseensa tätä oivallista putousta. Putouksen alla Niili loi toisenkin ison järven, joka kuitenkin oli niin matala, että se nykyisin on enimmäkseen rämeenä. Monihaarainen Kioga-Kwania järvi on sen jäännös. Viktoria Njansan ja Albert Njansan välillä on useita putouksia, joista varsinkin Murchisonin putous on mainittava. Koko vesimäärä siinä pusertuu viiden ja puolen metrin levyiseen halkeamaan ja putoo yhdellä hyppäyksellä 40 metriä, syöksyen hirmuiseen kuohuvaan kattilaan. Tämän jälkeen Niili jalona, kauniina kymenä hiljalleen vierii edelleen jyrkkien metsäisten kukkulain välitse, kunnes se muutaman kymmentä kilometriä kuljettuaan laskee Albert Njansan koilliskulmaan. Matkallaan Viktoria Njansasta Albert Njansaan Niili kaikkiaan putoaa 500 metriä (järvien korkeus merenpinnasta on 1180 ja 680 m.).
Valkoisen Niilin läntinen latvahaara alkaa Rutshuru nimisenä Mfumbiron valtavan tulivuoriston pohjoisrinteiltä. Tämä vuoristo on verraten myöhäisenä geologisena aikana syntynyt, tukkien ennen mainitun suuren vajontalaakson. Rutshuru laskee Albert Edward Njansaan, jonka kanssa pienempi Dweni järvi on yhteydessä. Näistä järvistä alkaa Semliki — nimi on Stanleyn antama, perustuen kansankielen väärinkäsitykseen — kaartaen Runsoron itäpuolitse ja laskien Albert Njansan lounaispäähän. Valkoisen Niilin vesimäärää ei tämä läntinen lähdehaara suuresti lisää.
Lähtien Albert Njansasta kohdasta, joka on noin 8 kilom. luoteeseen laskupaikasta, joki Vuori-Niili nimisenä virtaa edelleen leveänä ja järvimäisenä, kunnes Dufilen pohjoispuolella Kuku ja Arju vuoret sulkevat sen väliinsä ahtaaseen, mutkittelevaan solaan, jonka maisemat ovat Afrikan kauneimpia. Sadanviidenkymmenen kilometrin matkalla on yhtenään koskia ja joki tällä matkalla laskee 150 metriä. Folan koskissa joki syöksyy kuin valtavaan myllynruuheen, joka ei miltään kohdalta ole viittätoista metriä leveämpi, ja satakunnan metriä siinä karattuaan hyppää syvään onteloon, jonka leveys on vain 12 metriä. Tätä hornankirnua seuraa jälleen pitkä matka pauhaavia koskia. Folan koskien jälkeen Niili 120 kilometrin matkalla on vuoriston tulvapuroa muistuttavaa pauhaavaa ryöppyä. Ladossa, jossa virta hidastuu ja laajenee, on Vuori-Niilin korkeus merenpinnasta vielä 450 metriä. Koskimatkansa alussa Niili saa oikealta Asua nimisen syrjäjoen, joka tuo vettä Elgonin vuoren pohjoispuolelta ja Rudolf-järven vuorisilta seuduilta. Speke luuli Asuaa yhdeksi Niilin niskahaaraksi, otaksuen sen alkavan Njansan koilliskulmasta, Kavirondo-lahdesta.
Ladon pohjoispuolella alkavat laajat rämeet, joiden pituus on lähes 500 ja leveys 300 kilometriä. Tämä alue epäilemättä on ennen ollut järvenä, joka alaltaan on ollut Viktoria Njansan laajuinen, ehkä laajempikin. Lännestä tähän järveen laski seitsemän tai kahdeksan suurta virtaa, jotka nykyään monine syrjäjokineen järven tilalla muodostavat Bahr-el-Ghazalin, Niilin leveän läntisen latvahaaran. Bahr-el-Ghazalin latvat ovat osaksi vain muutaman päivämatkan päässä Kongon syrjäjokien lähteistä. Niili rämealueella haarautuu kahteen rinnakkaiseen uomaan, joista itäinen, Kirahvijoki, uudelleen yhtyy pääjokeen vasta 80 kilometriä Bahr-el-Ghazalin laskupaikan alapuolella. Bahr-el-Abiadin suulta alkaen Niiliä sanotaan Valkoiseksi Niiliksi. Tämän nimen se oikeastaan saa syrjäjoestaan Sobatista, joka tulvillaan ollessaan tuo siihen valtavat määrät maidonvalkoista vettä. Sobatin latvat ovat Abessinian vuorimaan etelärinteillä ja Rudolfin järven läheisyydessä. Sobatin saatuaan Niili juoksee 560 kilometriä suoraan pohjoiseen maan kautta, joka troopillisesta rehevyydestä vähitellen vaihtuu arojen akaasioiksi ja laihaksi heinäksi. Saharan erämaan läheisyys alkaa vähitellen tuntua, sillä pohjoisempana se ulottuu Niilin poikki Punaisen meren rantaan saakka.
Khartumin luona Niili saa suurimman ja tärkeimmän syrjäjokensa, Sinisen Niilin eli Bahr-el-Azrakin, jota maanasukkaat sanovat Abjaiksi. Tämä joki alkaa Abessinian Gojamin maakunnasta, juoksee Tsana-järven eteläpään läpi ja tuo Niiliin joka kesä niin valtavan tulvan, että Niili silloin saattaa vedellään peittää koko Ala-Egyptin. Sininen Niili on alkumatkallaan niin koskinen, että se putoaa 1300 metriä, ennenkuin jättää taakseen Abessinian rajan. Latvaosalla siihen yhtyy paljon jyrkkään putoavia syrjäjokia, jonka vuoksi se lumen sulaessa ja sadekauden alkaessa Abessiniassa tulvii hyvin nopeaan ja Valkoiseen Niiliin tuo 10.000 kuutiometriä vettä sekunnissa, kaksitoista kertaa enemmän kuin pääjoessa itsessään on vettä. Tavallisissa oloissa Sinisen Niilin vesimäärä on vain 200 kuutiometriä sekunnissa.
Kolmisensataa kilometriä Khartumin alapuolella Niili saa viimeisen lisäjokensa, Atbaran eli Bahr-el-Ashwadin (»Mustan joen»), joka alkaa Tsana-järven pohjoispuoliselta ylängöltä. Latvaosaa sanotaan Abessiniassa Takazzeksi, s.o. »hirmuiseksi», siitä rajusta voimasta, jonka se saa laskiessaan enemmän kuin 1300 metriä mutkittelevassa kurussaan. Kuivan aikaan Atbaran uomassa ei ole vettä ensinkään, mutta tulvan aikana se on niin vetevä ja kuljettaa kanssaan niin paljon lietettä, että. Baker piti sitä ensi sijassa Egyptin hedelmöittäjänä. Pää-Niilin, Atbaran ja Sinisen Niilin välinen maa on luultavasti se Meroen saari, josta vanhan ajan historioitsijat kertovat.
Atbaran laskukohdalta Niilin vielä pitää kulkea 2500 kilometriä kuivaa erämaata, ennenkuin se mereen ennättää, ja tämä matka panee sen vesivarat kovalle koetukselle. Nubian erämaassa se muodostaa suuren S:n muotoisen mutkan ja tällä välillä ovat ne kosket eli kataraktit, joita niin usein mainitaan Egyptin ja Sudanin historiassa. Joen laakso on täällä sangen kapea ja erämaa ulottuu aivan rantaan saakka. Muualla sulkevat laakson korkeat karut kalliot. Ilman tavattoman kuivuuden vuoksi on haihtuminen suuri ja Niilin vesimäärä Atbaran suulta saakka vähenemistään vähenee, kuta kauemmaksi se kulkee pohjoista kohti. Kuudes koski on 80 km. Khartumin alapuolella Shabhikan luona. Joki on sillä kohdalla kapea ja luonnonkaunis. Niili siinä putoo 18 kilometrin matkalla 6 metriä. Berberin alapuolella on viides koski, jonka pituus on 160 km. ja korkeus 60 m. Neljäs koski on puolta lyhempi, sen korkeus 50 m. Neljännen ja kolmannen kosken välillä on 320 km. suvantoa, jolla joki laskee sangen vähän. Länsirannalla on tavallista enemmän viljeltävää maata, joten tällä osalla on melkoinen kiinteä väestö, muodostaen Dongolan maakunnan. Kolmannen kosken pituus on 70 km., putouskorkeus 10 metriä. Toinen koski päättyy Wadi Haifan kohdalla, Sudanin rajalla; sen pituus on 200 km. ja putouskorkeus 65 metriä. Toisen ja ensimmäisen, Assuanin, kosken välillä on taas 340 kilometriä tyyntä suvantoa, joka Assuanin padolla on paisutettu suureksi säiliöjärveksi Egyptin tehokkaampaa kastelua varten. Ensimmäisen kosken putouskorkeus on vain viisi metriä.
Voisimme siis nykyään Herodotokselle ja vanhain helleenein muille oppineille, joille Niilin säännöllinen suonen sykkinä antoi niin paljon ajatuksen aihetta, sangen seikkaperäisesti kertoa tämän ikivanhan kulttuurinluojan synnyn ja kehityksen, ja vielä enemmänkin, voisimme heille tarkkaan selostaa senkin, mitä luonnonsuhteita sen on kiittäminen tulvastaan ja hedelmöittävästä lietteestään.