Perustettuaan useita luostaria Italiassa ja jätettyään munkkikuntansa johdannon Elias nimiselle veljelle, lähti Fransiskus v. 1219 muutaman munkin seuraamana matkalle itämaihin julistaaksensa pelastuksen sanomaa pakanoillekin. Muut tahtoivat miekalla taistella "uskottomia" vastaan, Fransiskuksen lämmin sydän paloi rakkaudesta heihin. Egyptissä joutui hän sultaani Malek al Kamelin vangiksi, vaan hänen sanansa: "en tule ihmisten, vaan Jumalan lähettämänä näyttämään sinulle ja kansallesi autuuden tietä" sekä hänen muutenkin jalo käytöksensä tekivät sultaaniin syvän vaikutuksen, ja Fransiskus sai vapaasti jatkaa matkaansa. Muuten on tämä kronikan kertoma retki mitä yksityisseikkoihin tulee, niin epäluotettava, ettei kirkkohistoria siitä sen enempää kerro.
Palattuaan kotia, sai Fransiskus kuulla, että eripuraisuuden myrkyllinen siemen oli itämässä hänen munkkikunnassaan. Sen oli kylvänyt yllämainittu Elias, joka oli koettanut lieventää munkkikunnan ankaria sääntöjä. Etenkin tahtoi hän myöntää veljille maallista omaisuutta. Vastustajain johtajana oli Antonius Paduasta, joka saarnaajana oli saavuttanut äärettömän maineen ja jyrkästi vaati Fransiskuksen sääntöjen noudattamista, semminkin ehdotonta köyhyyttä koskevaa määräystä tahtoi hän säilytettäväksi. Fransiskus erotti Eliaksen yhdistyksestä, vaan sopi ennen kuolemaansa hänen kanssaan. Ajan höltynyt kuri, joka kaikkialla pyrki vallalle uskonnollisellakin alalla, valmisti kuitenkin ennen pitkää sijaa Eliaksen mielipiteille Fransiskaneinkin keskuudessa, etenkin kun paavitkin edustivat samaa katsantotapaa. Seuraus oli, että Fransiskanein luostarit, jotka tuon vaatimattoman perustajan määräyksen mukaan alussa olivat halpoja, mökin tapaisia rakennuksia, pian kasvoivat hyvinkin komeiksi ylöllisyyden kodeiksi. Tuota tarkkaa määräystä ehdottomasta köyhyydestä oli helppo kiertää. Luostari — niin arveltiin — sai olla rikas, kun vain sen asukkaat olivat köyhät.
Monta kertaa koetti Fransiskus turhaan saada paavin vahvistusta säännöilleen. Niitä pidettiin liika ankarina. Vasta Honorius III vahvisti Fransiskanein munkkikunnan v. 1223. Perustuskirjassa sanotaan nimenomaan, etteivät munkit millään ehdolla saisi vastaanottaa rahoja eivätkä mitään omistaa, jota paitse heitä velvoitetaan kuuliaisuuteen paaville. Sillä välin oli munkkikunta jo levinnyt useihin maihin. Paitse Italiassa omisti se jo siihen aikaan luostareita Espanjassa. Franskassa, Kreikassa, Englannissa ja Unkarissa, ja v. 1220 päätti munkkikunnan yleinen kokous Roomassa lähettää saarnaajia Syyriaan, Egyptiin ja Airikaan.
Miten taipuvainen ajanhenki oli kannattamaan Fransiskuksen aatetta, näemme siitäkin, että jo v. 1213 syntyi nunnayhdistyskin, joka oli järjestetty kerjäläismunkkien [Tällä nimellä kutsuttiin niitä munkkeja, jotka sitoutuivat elämään almuista. Niinkuin vasta saamme nähdä, syntyi samaan aikaan muitakin semmoisia munkkiyhdistyksiä.] Ohjesääntöjen mukaan. Eräs rikas 18-vuotias neiti Italiasta — hänen nimensä oli Klara — joka oli tunnettu kauneudestaan, päätti nim. Jättää hyvästi maailmalle ja rikkaalle kodilleen pyhittääksensä elämänsä Herralle ja edistääksensä Hänen valtakuntaansa. Klaran esimerkin viehättäminä ja omantunnon rauhaa kaivaten, kokoontui hänen luoksensa muitakin naisia. Ennen pitkää muodostivat nämä pienen kerjäläis-nunnayhdistyksen, jonka johtajattareksi Klara rupesi. He ovat kirkkohistoriassa tunnetut nimellä Klaralais-nunnat. Asettuen Fransiskuksen ylitarkastuksen alle, sai tämä nunnayhdistys häneltä vahvistuksen säännöilleen (1224).
Fransiskuksen tarkka silmä huomasi pian, etteivät kaikki, jotka pyrkivät hänen munkkikuntaansa, suinkaan ajanpitkään olisi alttiit noudattamaan hänen sääntöjään. Näitä kaikkia varoitti hän luopumasta omaisuudestaan, yhteiskunnasta ja perhe-elämästä, kehottaen heitä vain määräaikoina pukeutumaan katumuspukuun sekä muuten laikkaan noudattamaan hartautta ja tosi kristillisyyttä. Tällä tavoin syntyi hänen vaikutuksestaan maailman ja varsinaisen munkkikunnan välillä toimiva liitto, joka viritti sekin uutta elinvoimaa kuolleisiin ulkomuotoihin jähmettyneesen kirkkoon. Se on tunnettu nimellä Tertiarein yhdistys.
Jo varhain alkoivat Fransiskuksen puutteesta ja alituisista kidutuksista riutuneet voimat uupua. Niitä kulutti sitä paitse mielikuvituksen hehkuva tuli, jonka uhriksi hän yhä innokkaammin antautui. Fransiskus eli täydestä sydämmestä tuota keski-ajan omituisen runollista uskonnollista elämää, joka, vieraana raittiin, Jumalan sanan määräämän totuuden vaatimuksille, ei älyä, että Herra itse tahtoo määrätä jokaisen kristityn ristin ja itse sen kantamiseen voimaa antaa. Fransiskus rukoili ja rukoili hartaasti, hän sepitti hengellisiä runoja, liikkui mielikuvituksessaan henkimaailman yli-ilmoissa; kaikki, aurinko, kuu, tähdet, eläimet, puut olivat hänestä hengen salaperäisiä ilmiöitä, joiden kanssa hän oli likeisesti sukua. Mutta miten lähellä hänestä Jumala olikin ja miten hänen sydämmensä riemuitsikin tuossa luulossa, oli hän kuitenkin kaukana totuuden oikeasta tunnosta. "Hän oli muukalainen ja vieras Herran tykönä, niinkuin kaikki hänen esi-isänsä", joiden eksynyt lapsi hän oli. Älkäämme silti häntä tuomitko. Jumala katsoo sydämmeen, ja Fransiskuksen sydän paloi rakkaudesta Häneen. Joka Jumalan sanan valossa tarkemmin tutkii tämän merkillisen miehen elämänvaiheita, hän ei voi muuta ajatella. Kernaasti unohtukoot Fransiskuksen taikauskoisen ajan väitteet, että hänen jaloissaan ja käsissään nähtiin ristiinnaulitun Herran merkit, jommoisilla kertomuksilla katolinen kirkko monesti on koettanut todistaa "pyhimysten" erinomaista pyhyyttä: mutta kirkkohistorian todistus hänen sydämmensä uhraavaisesta rakkaudesta, joka "kaikki uskoi, kaikki toivoi, kaikki kärsi, eikä koskaan väsynyt", ei ole milloinkaan unohtuva.
Fransiskus kuoli 45 vuoden ikäisenä v. 1226. Hän oli saapunut
Portiunkulakirkkoon rukoilemaan, että "sisarensa", kuolema, tulisi.
Hänen kuihtuneita jäseniään peitti erään veljen puku. Vielä
kuollessaankin saarnasi hän köyhyydestä.
Fransiskanein munkkikunta on merkillinen ilmiö kirkkohistoriassa, niinkuin sen perustajakin epäilemättä on keski-ajan huomattavimpia henkilöitä. Herätyssaarnallaan ovat he vaikuttaneet arvaamattoman paljon hyvää aikana, jolloin kirkon hengellinen elämä oli kokonaan kuolla. Kuuluisin kaikista Fransiskanein lukuisista saarnaajista oli Bertold Regensburgista (k. 1272). Häntä kuulemaan kokoontui monesti kymmeniä tuhansia ihmisiä. Hänen saarnansa, joista muutamia on säilynyt, olivatkin monessa suhteessa ihmeteltävän etevät.
Mutta ennen pitkää paljasti Fransiskanein munkkikunta maailman nähtäväksi ja pilkattavaksi sen turmeluksen hedelmiä, joiden siemenet jo alusta alkaen olivat itäneet sen helmassa. Ei tiennyt "pyhä" Fransiskus, kuinka turmeltunut ihmissydän on!
Pukunsa tähden olivat Fransiskanit tunnetut nimellä "harmajat veljet"; vaatimattomuuden osotteeksi käyttivät he itse niinenään "pienemmät veljet". Tavattoman nopeasti kasvoi tämä munkkikunta, Jo kolmannentoista vuosisadan loppupuolella omisti se noin 8,000 luostaria ja siihen kuului 200,000 munkkia.