Tarkastaessamme Descartes'n filosofian yleistä luonnetta huomaamme siinä johtavana evidenssin eli ilmeisen selvyyden aatteen. On luultavaa, että hän sen nouti matematisista tutkimuksistaan. Todellisuus on Descartes'n mukaan olemukseltaan ymmärrettävissä ja on kokoonpantu muutamista yksinkertaisista ja absoluuttisista alkeista. Kaikki oliot johtuvat näiden alkeiden eri yhtymisistä ja yhteensovittumisesta. Nämät alkeet ovat senlaatuiset, että järki ne löytää itsestään intuitsionin eli välittömän tajunnan avulla. Järjen tulee vain kiintyä käsitteisiin ja aatteisiin, jotka todella ovat ilmeisen selvät, sekä pyrkiä niistä muodostamaan äärimäisiä johtopäätöksiä, saavuttaakseen tiedon olioiden yleisluonteesta.
Kolme aatetta on ennen muita evidenttistä eli ilmeisen selvää, nimittäin aatteet: ajatus, ulottuvaisuus ja täydellisyys. Ajatus on Descartesin mukaan samaa kuin sielu; ulottuvaisuus taaskin yhtä kuin aine ja täydellisyys samaa kuin Jumala. Kaiken muun saattaa selittää näiden kolmen aatteen ja niiden suhteiden avulla. Descartes'n filosofia näyttää siis olevan jonkunmoista yleistä matematiikkiä. Mutta lähemmin tarkastettaessa huomataan, että se vain muodoltaan on matematinen, eikä sisällykseltään. Ensiksikään ei sillä intuitsionilla, johon hän perustaa filosofiansa, ole esineenään yksinomaan abstraktisia suureita, kuten matematiikillä, vaan tosiolioita, kuten esim. ajatus ja täydellisyys. Toiseksi olettaa Descartes näiden olioiden kätkevän vapauden, josta matematinen välttämättömyys on seurauksena. Ja siinä kohdin hänen filosofiansa eroaa Pytagoralaisten puhtaasti matematisesta idealismista ja Spinozan sallimususkoisesta panteismista.
Ennenkuin siirrymme tarkastamaan Descartes'n filosofian pääpiirteitä, luomme silmäyksen hänen metodiinsa. Toisessa osassa teostaan "Discours de la Méthode" (Metodin Esitys) selvittää hän metodinsa periaatteet neljän pääsäännön muodossa. Ensimäinen näistä säännöistä osottaa, ett'ei Descartes yksistään ole vapautunut vanhojen filosofien auktoriteettiuskosta, vaan että hän samalla tavoittelee positivista totuuden kriteriumia, jona hän pitää evidenssiä eli ilmeistä selvyyttä, s. o. jonkun käsitteen tai aatteen täydellistä yksinkertaisuutta, tarkkuutta ja ymmärrettäväisyyttä, joka välttämättömästi saattaa käsitteen vastaamaan todellisuutta. Descartes'n metodin alkuperus on siis välitön tajunta, jonka avulla järki saattaa omistaa periaatteita. Toinen ja kolmas mainituista säännöistä osottavat, millä keinoin järki saattaa löytää periaatteita ja sitten käyttää niitä kaikkien muiden tietojen saavuttamiseksi. Nämät keinot ovat analysi, joka menee himmeästä selvään, s. o. kokoopannusta yksinkertaiseen, ja syntesi, joka päinvastoin menee selvästi himmeään eli yksinkertaisesta kokoonpantuun.
Mutta sekä analysi että syntesi ovat vastakkaisia toisiansa täydentäviä ajatustoimituksia, jotka yhteensä muodostavat sen metodillisen menetystavan, jota kutsutaan deduktsioniksi. Tämä deduktsioni ei ole sekoitettava Aristoteles'n ja skolastikkojen mekaniseen syllogismiin, vaan on se järjen toimiva pyrkimys siirtymään toisesta intuitsionista toiseen. Neljäs sääntö täydentää edellisiä määräämällä analysin ja syntesin yhteisen ehdon, joka on keskeymätön yksijaksoisuus. Tämä toteutuu täydellisen kysymykseen kuuluvien aineksien ja näkökohtien luettelemisen sekä yleiskatsauksien kautta. Tätä menetystapaa kutsuu Descartes myöskin paikoittain induktsioniksi. Intuitsioni, deduktsioni ja induktsioni ovat siis Descartes'n metodin päämenetystavat. Mutta koska induktsioni vain on kahden edellisen täydentäjänä, saatamme pitää intuitsionia ja deduktsionia hänen metodinsa varsinaisina peruksina.
Descartes'n vakaumukset metodin suhteen johtavat hänet suorastaan metafysiikkinsä perustuksiin. Hänellä on ollut metodinsa ensimäinen sääntö apuna metafysiikkinsä kulmakiven laskemisessa. Ilmeisen selvyyden aate on päässyt kehittymään ja kantamaan hedelmiä. Se saattaa hänet havaitsemaan, että kaikki hänen siihenastiset vakaumuksensa ovat perustuneet auktoriteettiin tai tottumukseen, vaan eivät evidenssiin. Hän päätti siis pitää niitä epäilyksenalaisina, jopa vastaiseksi väärinä. Syitä tähän epäilykseen esittää hän useita; niitä on aistimien pettäväisyys, väärä perustelu, unien harhakuvat ja se olettama, että joku pahansuopa henki huviksensa meitä pettää. Mutta viitattuaan kaikkiin näihin seikkoihin, jotka oikeuttavat häntä epäilemään käsitteidensä ja vakaumuksiensa todenperäisyyttä, huomauttaa Descartes, että hänen kaikkea epäillessään kuitenkin välttämättömästi on pitäminen totena yhtä seikkaa, nimittäin sitä, että hän epäilee. Itse epäileminen, ja senkautta tajunnalle välttämättömästi ilmenevä tosiseikka: ajatteleminen, on hänen mielestään jotakin epäilemätöntä, varmaa. Cogito, ergo sum—ajattelen, siis olen olemassa—on ensimäinen Descartes'n saavuttama järkähtämätön totuus, on se pelastava luoto, joka pistää esiin epävarmuuden valtamerestä. Descartes'n epäileminen eroaa suuresti skeptikkojen epäilemisestä; sillä nämät epäilevät vain epäilläksensä. Descartes taas epäilee, jotta hän lopulta saavuttaisi varmuuden ja totuuden. Skeptikkojen epäilys on lopullinen, se on heidän päämääränsä. Descartes'n epäilys on vain väliaikainen, on vain keino.
Lause cogito, ergo sum sisältää Descartes'n mielestä yksinkertaisimman ja selvimmän totuuden, joka on kaikkien muiden edellytyksenä, ja sille hän perustaa filosofiansa. Siitä hän tekee kaksi johtopäätöstä. Ensimäinen on sielun ja ruumiin erotus eli sielun henkisyys. Descartes'n perustelu tässä kohdin on seuraava: Ajattelen, siis olen olemassa; mutta mitä olen? olen ajatteleva olento, enkä muuta; sillä jos oletan, ett'ei sitä, jota kutsun ruumiikseni, olekaan todellisuudessa olemassa, mutta että ajatustoimintani jatkuu, niin olen kuitenkin olemassa. Mutta jos sitävastoin lakkaisin ajattelemasta, lakkaisi myös olemassaoloni vaikka ruumiini ja kaikki muut seikat olisivat olemassa. Koko olemukseni on siis ajattelemista, ja minä, s. o. sielu, joka tekee ihmisen siksi kuin hän on, on kokonaan erilainen kuin ruumis, jopa helpompikin ymmärtää kuin se.
Toinen johtopäätös, johon Descartes tulee kuuluisan lauseensa johdosta, on evidenssin kriteriumin oikeutus. Väitteessä cogito, ergo sum,— niin selittää Descartes, se, joka saattaa minut varmaksi sen totuudesta on vain se selvä tosiseikka, että olemassaolo edellyttää ajattelemista. Tämän johdosta ottaa Descartes yleiseksi säännöksi, että kaikki ne seikat, jotka käsitämme hyvin selvästi ja hyvin tarkasti, ovat vallan todet.
Tehtyään nämät johtopäätökset Descartes siirtyy ulommaksi minää. Ajatus näet oikeuttaa olettamaan, että ulkopuolella minää on olemassaoloa, sillä ajatus eli sielu sisältää täydellisyyden aatteen. Tämä tajunnassa piilevä täydellisyyden aate todistaa Descartes'n mielestä täydellisen olennon olemassaolon; sillä, sanoo hän, tämä aate ei ole voinut tulla minuun itsestäni, eikä mistään epätäydellisestä seikasta, ja kuitenkin sillä täytyy olla syynsä ja alkuunpanijansa. Lisäksi minä, jossa on täydellisyyden aate, ja joka kuitenkin olen epätäydellinen, en ole itse voinut antaa itselleni olemassaoloa; sillä jos olisin voinut itse antaa itselleni olemassaolon, olisin samalla antanut itselleni täydellisyyden. Siis olen toiselta olennolta saanut sekä epätäydellisen olemassaoloni, että täydellisyyden aatteen, ja tämä olento on Jumala. Sen, että Jumala, ollen täydellinen olento, todella on olemassa, todistaa Descartes huomauttamalla, että täydellisyyteen välttämättömästi kuuluu olemassaolo, samoin kuin kolmio-käsitteeseen kuuluu, että sen kolme kulmaa yhteensä vastaa kahta suoraa kulmaa.
Tämä n. k. ontologinen Jumalan olemassaolon todistus ei lähemmin tarkastettuna ja arvosteltuna pidä paikkaansa. Sillä olkoon käsite mikä tahansa, niin ei olemassaolo loogilliselta kannalta ollenkaan enennä sen selvyyttä tai täydellisyyttä. Ei myöskään saata varmasti ja selvästi määritellä täydellisen käsitettä, sillä emme ainoastaan itse ole epätäydellisiä, vaan meitä ympäröivä maailma on myös suuressa määrin epätäydellinen. Itse täydellisen käsite on siis meissä voinut syntyä abstraktsionin kautta epätäydellisestä. Se käsite, jonka meidän oma ja maailman puutteellisuus ymmärrettävänä meissä synnyttää, on ainoastaan paremmuuden käsite. Kuitenkin Descartes katsoo täydellisen käsitettä epäilemättömäksi aksiomiksi. Mutta vaikka mainittu käsite olisikin ilmeisen selvä ja varma, ei se oikeuta päättämään, että sillä on vastineensa todellisuudessa. Sillä samalla tavalla voisimme selvästi kuvitella mitä tahansa ja väittää, että kuvittelemamme seikka on olemassa.
Esitettyään Jumalan olemassaolon todistukset, Descartes määrää Jumalan ominaisuudet. Niiden tajuamiseksi arvelee hän riittävän, että tarkastamme kaikkia itsessämme havaittuja ominaisuuksia ja kysymme onko niiden omistaminen täydellisyyttä vai ei. Itsessämme havaitsemme täten epätäydellisiä ominaisuuksia, mutta kaikki ne ominaisuudet, joiden saatamme kuvitella Jumalassa olevan, ovat täydellisiä. Jumalalla ei voi olla kokoonpantua luontoa, eikä siis aineellisuutta. Jumala on vain puhdasta ajattelemista.