Sodan syttyminen Pohjois- ja Etelävaltioiden välillä avasi Mr. Moodyn kristilliselle lähetystyölle uuden työvainion.
Hän oli innokkaasti puoltanut neekeriorjuuden poistamista siitä ajasta asti, kun hän oleskeli Bostonissa ja otti elävästi asioiden kulkuun osaa. Sinä päivänä, jona Lincolnin kutsumus sotilaille julistettiin, oli Mr. Moody eräässä pyhäkouluopettajien kokouksessa paikkakunnalla nimeltä Sycamore, 111. Hän kääntyi erään ystävän puoleen ja lausui:
"Meidän on lähteminen, mutta nyt olemme täällä. Tehkäämme minkä voimme voittaaksemme tänään joukon sieluja Kristukselle".
Lincolnin käynti New Market Hallissa oli oppilaissa herättänyt mitä hehkuvimman isänmaanrakkauden, ja seitsemänkymmentä viisi heistä noudatti heti kutsumusta. Mr. Moodyn sydän seurasi luonnollisestikin heitä heidän palvelukseensa. Leiri pystytettiin Chicagon eteläisen rajan läheisyyteen, Camp Douglass, ja sinne lähetettiin sittemmin kunniasanansa päälle kymmenen tuhatta kapinallista. "Army and navy Committee" muodostettiin heti N.M.K.Y:n keskuudessa. Siihen yhdistyi U. S. Christian Commissionin luoteinen haara, sittekun vanhempien yhdistys 16 p. marraskuuta 1861 oli perustettu. Mr. Moody ei välittänyt yhdistyä "the Christian Commission'iin", koska hän arveli, että sellainen yhdistys sitoisi hänen vapauttaan ja estäisi häntä hänen laajassa vaikutuksessaan, jonka tuloksena oli monet kääntymiset. Samanlaisista syistä kieltäytyi hän, innokkaista hänelle tehdyistä tarjoumuksista huolimatta, rupeamasta rykmenttipastoriksi.
Eräässä kirjeessä 19 p:ltä marrask. 1861 kirjoitti hän äidilleen:
"Minä luulen, että sinä mielelläsi kävisit meidän kokouksissamme New Market Hall'issa. Niissä käy paljon kansaa ja ne ovat sangen hauskat. Toisinaan nousee viisitoista vieläpä kaksikymmentäkin henkeä rukoilemaan… Nykyään työskentelen sangen paljon sotamiesten kesken. Kentuckyssä viihdyin erinomaisesti. Pojat tahtoivat minua rykmenttipastorikseen, mutta minun ystäväni eivät tahtoneet laskea minua, ja senvuoksi jään edeskinpäin kaupunkiin. Tahtoisin Teitä kaikkia tavata ja puhella kanssanne Vapahtajastani, jonka tunnen olevan minua läsnä. Oi, mitä olisi elämä ilman Kristusta! Toisinaan tulen katsoneeksi ales tähän synnin pimeään maailmaan, mutta kun katson Jeesukseen, ojennan minä katseeni ylöspäin".
Yksi hänen veljistään — Warren — otti sotamiehen pestin ja tämäkin seikka kiinnitti vielä enemmän hänen sydämmensä leiriin. Hän kirjoitti 13 p. syysk. 1862 äidilleen ja pyysi saada tarkat tiedot veljensä olinpaikasta, koska hän halusi lähettää kirjoja hänelle. "Pidän joka ilta leirissä kokouksia sotamiehille. Suuri osa heistä kääntyy vääriltä teiltään. Sano Georgelle ja Edille (kaksi veljeä Northfieldissä) etteivät he saa jättää noita rukouskokouksia. Rukoile eteenkinpäin. Nyt on olemassa tärkeät syyt rukoukseen. Näyttää siltä kuin Jumala odottaisi, että tämä kansa huutaisi hänen puoleensa. Minä toivon todellakin, että nämä kokoukset jatkuvat ja ett'eivät Jeesuksen ystävät väsy, ja, äitini, minä toivon, että sinä puhut Warrenin kanssa hänen sielustaan. Sano hänelle, että sinä tahdot joka päivä rukoilla hänen edestään, ja Jumala on kuuleva rukouksesi. Pyydä, ettei hän harjoittaisi korttipeliä, sillä korttipeli johtaa hasardipeliin, ja hasardipeli johtaa helvettiin".
Evankeelisten kokousten, rukouskokousten, laulukokousten (uskonnollisten ja isänmaallisten), raamattujen, kirjojen ja lehtisten jakamisella sekä persoonallisten luonakäyntien kautta koetti Mr. Moody voittaa sotilaita Kristuksen puolelle. Hän järjesti ne, jotka tunnustivat olevansa uskovaisia, "Veljesliitoiksi", joiden tuli kantaa "Kristuksen lippua" mukanaan ja olla uskolliset toisiaan kohtaan ja sille asialle, jota he ajoivat. 72:ta Illionoisin rykmenttiä kutsuttiin ensin "N.M.K.Y:n rykmentiksi". Aate oli, että se muodostaisi rykmentin "rautakylkiä", jossa joka mies olisi kristitty. Mr. Moody oikein ahmimalla ahmi ne monet tilaisuudet, joita sotajoukkojen kokoominen tuotti hänelle, työhön Kristuksen eteen.
Yhdeksän eri kertaa lähti Mr. Moody taistelutantereelle — toisinaan "the Christian Commissionin" jäsenenä saarnaamaan ja auttamaan sotilaita, väliste taasen "the Sanitary Commission" tai "the Chicago Citizens' Committee" yhdistysten lähettiläänä viemään elintarpeita haavoitetuille taistelun jälkeen. Hän oli taistelutantereella ja palveli haavoitettuja tappelujen jälkeen Port Donelson'in, Pittsburgh Landing'in, Shiloh'n ja Murfreesboron luona, hän oli armeijan kanssa Clevelandin ja Chattanoogan luona ja marssi ensimmäisten joukossa Richmondiin.
Hän oli sotamiesten suosittu lemmikki ja erinomaisesti kunnioitettu itsensäuhraavan työnsä takia. Joka ilta, kun hän oli taistelukentällä, kokoontuivat pojat loimuavan leiritulen ympäri kuuntelemaan hänen vakavia kehoituspuheitaan. Hän kävi tavallisesti telteissä, puheli innokkaasti sotamiesten kanssa ja nuhteli jumalattomia. Koska hän tunsi useita sotilaita monesta eri rykmentistä, otti hän persoonallisesti osaa heidän menestykseensä ja pyysi Jumalalta, että hän antaisi heille voiton synnin, saatanan ja kapinallisten yli. Usein kuultiin hänen äänensä rukouksen muodossa kohoavan jumalattomien telteistä. Erittäinkin sinä aikana, jolloin kenraali O. O. Howard, joka täydellisesti hyväksyi hänen toimintaansa, oli armeijan ylijohtajana, näki hän runsaat hedelmät työstään.