De longs mois s'écoulèrent sans qu'Élisabeth reçût d'au-delà des frontières des nouvelles de sa famille. Son frère, le comte d'Artois, assidu à lui écrire régulièrement, se taisait lui-même. Une lettre cependant, une seule lettre lui arriva sous les verrous du Temple: cette lettre était écrite par sa tante Adélaïde; elle était datée de Rome, et relative aux événements de juin. Ce fut Manuel qui la remit lui-même à la princesse. Cet acte de bienveillance ne devait pas se renouveler. L'ère des perquisitions commença: une surveillance minutieuse et tracassière, une inquisition de tous les instants rendirent toute correspondance impossible. Les portes de la France demeurèrent fermées aussi bien que celles de la tour du Temple.
Le 14 novembre, la maladie vint ajouter à toutes les épreuves de la famille royale. Louis XVI, le premier, eut une fluxion qui l'incommoda extrêmement. La Reine et Madame Élisabeth demandèrent qu'on fît appeler M. Dubois-Foucou, son dentiste; le conseil du Temple s'y opposa. Le conseil général de la Commune arrêta que le conseil du Temple lui transmettrait tous les matins le bulletin de la santé des prisonniers, et, apprenant que la maladie du Roi s'était aggravée, il nomma deux commissaires pour aller «instruire la Convention de la santé du ci-devant.» La fièvre étant survenue, le 22, la Commune avertie s'alarma, permit à M. Le Monnier, ancien premier médecin du Roi, d'entrer à la tour, accompagné de M. Robert, chirurgien, et réclama chaque jour un bulletin de la santé du malade. L'émotion de M. Le Monnier fut grande en revoyant son ancien maître, ainsi que Madame Élisabeth, à laquelle il avait voué la plus profonde affection. Il vint au Temple deux fois par jour pendant la semaine que dura la maladie du Roi. Marie-Antoinette demanda au conseil du Temple qu'il lui fût permis de transférer pendant ce temps-là le lit de son fils dans sa chambre. Le conseil le lui refusa. L'enfant eut une forte coqueluche accompagnée de fièvre; sa mère et Madame Élisabeth demandèrent à le veiller: «Vous lui avez refusé la grâce de monter auprès de nous, accordez-nous celle de descendre auprès de lui.» Prière inutile! La révolution ne se bornait plus à persécuter la Reine, elle persécutait la mère. Marie-Antoinette prit elle-même le mal qu'elle voulait guérir. La maladie se communiqua aussi à sa fille et à Madame Élisabeth, qui eût regretté peut-être d'être exempte du fléau qui atteignait tous les siens. Les médecins et les geôliers se rencontrèrent chaque jour.
En voyant la maladie entrer dans cette prison, il semble que la Providence prenait à tâche d'éprouver cette grande et malheureuse famille par tous les genres de souffrance.
Cléry tomba malade à son tour. La fièvre et une forte douleur au côté l'obligèrent de garder le lit. Il essaya de se lever pour habiller son maître: Louis refusa ses soins, lui ordonna de se coucher, et fit lui-même la toilette de son fils. Le petit Prince ayant recouvré la santé, se tint pendant une grande partie de la journée dans la chambre de Cléry, et de temps en temps lui apportait de la tisane.
Dans la soirée, Louis XVI profita d'un moment où il était moins surveillé pour aller voir lui-même son valet de chambre; il le fit boire, et il lui dit avec bonté: «Je voudrois vous donner moi-même des soins, mais vous savez combien nous sommes observés; prenez courage, demain vous verrez mon médecin.»
A l'heure du souper, la famille royale entra chez Cléry, et Madame Élisabeth, sans que les commissaires s'en aperçussent, lui remit une fiole qui contenait un looch. Cette princesse, qui était extrêmement enrhumée, s'en privait pour lui; il voulut refuser, elle insista. Après le souper, Marie-Antoinette déshabilla et coucha son fils, et Madame Élisabeth roula les cheveux de son frère.
Revenu le lendemain, M. Le Monnier ordonna une saignée à Cléry. Celui-ci resta six jours au lit; chaque jour la famille royale allait le visiter: Madame Élisabeth lui apportait des drogues qu'elle avait demandées comme pour elle. Le malade reprit une partie de ses forces; sa fermeté s'emparant de celle dont il était témoin, il lutta avec énergie contre un mal qui l'aurait rendu incapable de rendre les services qu'il voulait rendre. Le moral a tant d'influence sur le physique, qu'on peut croire que cette résolution de guérir à tout prix contribua autant que les remèdes à lui rendre la santé.
Un soir, après avoir couché le petit Prince, Cléry se retirait pour faire place à la Reine, qui venait, avec les princesses, embrasser son fils et lui donner le bonsoir dans son lit. Madame Élisabeth, que la surveillance des commissaires avait empêchée de parler à Cléry, profita de ce moment pour remettre à l'enfant une petite boîte d'ipécacuanha, en lui disant: «Ceci est pour Cléry, je vous prie de le lui remettre dès qu'il reviendra.» Les princesses remontèrent dans leur chambre, Louis XVI passa dans son cabinet, Cléry alla souper, et ne rentra que vers onze heures pour préparer le lit du Roi. Comme il était seul dans la chambre (Louis XVI étant encore dans la tourelle), le jeune prince l'appela à voix basse. Cléry, étonné qu'il ne dormît pas à pareille heure, lui en demanda le motif: »C'est que ma tante m'a remis une petite boîte pour vous, lui dit-il, et je n'ai pas voulu m'endormir sans vous l'avoir donnée; il étoit temps que vous vinssiez, car mes yeux se sont fermés plusieurs fois.»—«Les miens se remplirent de larmes, ajoute Cléry en racontant le trait que nous venons de rappeler. Le Dauphin s'en aperçut, m'embrassa, et deux minutes après il dormoit profondément.»
Quoique placée sur le second plan dans la hiérarchie de la famille, et quoique aimant à s'effacer elle-même, Madame Élisabeth, on le voit, était toujours au premier rang dès qu'il s'agissait d'être utile ou de consoler. C'était un spectacle touchant que celui de cette femme angélique réclamant avidement sa part des tortures de sa famille; puis suspendant le souvenir de ses propres infortunes pour s'occuper des infortunes des autres, et renouvelant auprès d'un serviteur souffrant la tradition des exemples de son aïeul saint Louis, dont les mains royales se plaisaient à servir, dans les malades et les infirmes, les membres mêmes de Jésus-Christ.
Une nouvelle municipalité avait, dans la journée du dimanche 2 décembre, remplacé la Commune du 10 août. Un assez grand nombre des anciens membres avaient été réélus. Il n'y avait eu jusqu'à ce jour qu'un seul commissaire auprès du Roi et un auprès de la Reine: la nouvelle Commune décida qu'il y en aurait deux à l'avenir. Conformément à cet arrêté, huit municipaux se trouvèrent dès le 3 décembre de service au Temple, quatre, comme nous l'avons dit, en surveillance près de la famille royale, et les quatre autres se tenant dans la salle du Conseil. Chaque jour, ils se renouvelaient par moitié. On arrivait le soir à neuf heures, on soupait, et l'on tirait au sort pour savoir qui serait de garde chez le Roi ou chez la Reine. On passait tour à tour vingt-quatre heures auprès des détenus, vingt-quatre heures dans la salle du Conseil. Ceux que leur billet avait désignés pour la nuit montaient après le souper, et restaient près des prisonniers jusqu'au lendemain onze heures. Après le dîner, ils reprenaient leur poste jusqu'à l'arrivée des nouveaux municipaux. C'est à cette époque que l'on commença au rez-de-chaussée de la tour des dispositions pour y installer quelques jours après le conseil, qui se tenait dans une des salles du château du Temple.