L'embargo décrété contre les navires anglais, qui lésait d'ailleurs aussi les intérêts français, n'avait pas été approuvé par tout le monde. Dès le mois de décembre 1807, des critiques et des opposants crièrent, bien inconsidérément, à l'influence française et Jefferson fut taxé de Bonapartiste. On l'accusait de servilité à l'égard de Napoléon,—ce qui était faux car, à cette époque même, il ne se trouvait nullement en bons termes avec le gouvernement français. Et Turreau, loin d'exercer une action sur les décisions du Président, se plaignait plutôt de son attitude anti-française. Il accusait le cabinet de Washington de fausseté[55]. Il accusait les représentants de tous les partis, dont l'opinion était comme le résumé de l'opinion publique, de s'opposer à tout projet qui pourrait déplaire à la Grande-Bretagne et de rendre ainsi toute guerre impossible entre les États-Unis et leur ancienne métropole, dont l'influence occulte ne pourrait jamais être détruite. À chaque instant on reprochait au ministre de France les décrets de Napoléon, qui avaient complètement modifié les dispositions favorables des membres du Congrès. C'était sans doute un prétexte pour expliquer leur indifférence ou leur inaction, quoique, aux yeux de Turreau, les mesures prises par le gouvernement français ne pouvaient pas être comparées aux excès et aux outrages infligés par l'Angleterre aux États-Unis.
En janvier 1808, Champagny avait adressé à Armstrong une lettre dans laquelle il défendait les décrets de Berlin et de Milan[56]. Cette lettre, qui, en termes énergiques, exprimait la pensée de Napoléon, résumait, en somme, la situation faite aux États-Unis par la rivalité de la France et de l'Angleterre. Elle contenait des vérités qui froissèrent les Américains. En faisant l'énumération des griefs, elle faisait ressortir que l'union américaine avait à souffrir, plus qu'aucune autre puissance, des agressions de l'Angleterre. La guerre entre les deux nations devait en être la conséquence inévitable, car il n'était pas admissible, pour l'intérêt et la dignité des États-Unis, d'accepter le principe monstrueux et l'anarchie que le gouvernement anglais voulait faire prévaloir sur mer. Et l'empereur considérait cette guerre comme étant déclarée en fait depuis le jour où l'Angleterre avait publié l'exécution de ses ordres en conseil. En d'autres termes, c'était inviter les États-Unis à prendre parti entre la France et l'Angleterre et préjuger, sinon même imposer une action en faveur de la France contre l'Angleterre.
Armstrong envoya cette lettre à Jefferson: elle constituait un ultimatum d'un nouveau genre. Aucune nation indépendante ne pouvait s'y soumettre.
Devant l'agitation que produisit la lecture de ce factum au Congrès, le Président demanda inutilement d'en garder le secret. Mais les Fédéralistes trouvèrent, au contraire, dans sa publication, un prétexte, trop longtemps cherché, pour tourner contre la France l'antipathie que le peuple nourrissait contre l'Angleterre. C'était tout profit pour eux et l'Empereur leur fournissait lui-même les moyens de constituer un parti anglais, parti que Rose, l'envoyé de Canning, n'avait pu réussir à former. Pickering n'hésita pas à se faire l'instrument de ce parti, en cherchant à l'organiser et à le développer, du moins dans le territoire de ce qui fut la Nouvelle Angleterre. Il demandait, en échange, au gouvernement anglais, de soutenir une propagande énergique contre les Républicains. Ce faisant, Pickering agissait en conspirateur rebelle, tombant sous le coup de la loi qu'il avait lui-même contribué à faire voter quand il était Secrétaire d'État et, aux termes de laquelle, tout citoyen des États-Unis qui, sans autorisation officielle, se mettait en relation avec un gouvernement étranger, était passible de peines sévères. Il s'imaginait pouvoir se mettre au-dessus de cette loi, étant persuadé que Jefferson était lié, par engagement secret, avec Napoléon, dans le but de collaborer à la ruine de l'Angleterre.
Il affirmait que, dans son message en faveur de l'embargo, le Président n'avait pas invoqué des raisons suffisantes pour justifier cette grave mesure, qu'il devait y avoir des motifs cachés au public. Lesquels? L'Empereur avait-il exigé qu'il n'y eut plus de neutres? Avait-il exigé aussi que les ports américains, ainsi que ceux des États d'Europe, ses vassaux, fussent fermés au commerce anglais? L'embargo, insinuait-il, n'était peut-être qu'une forme adoucie et complaisante par laquelle on répondait, d'une façon déguisée, à des ordres impératifs. De tels procédés mèneraient graduellement à une guerre avec l'Angleterre, ou à une soumission honteuse à la France. En les dévoilant, Pickering attirait sous sa bannière les Fédéralistes, avec d'autant plus de facilité que les mesquineries de la politique intérieure disparaissaient de la sorte sous un semblant de patriotisme.
Cependant, il ne fallait pas se payer de mots. L'embargo, tel qu'il existait et fonctionnait, avait été une réponse nécessaire aux ordres en conseil, à toutes les vexations du gouvernement anglais et ceux qui voulaient le supprimer, Pickering en tête, malgré leurs sentiments anti-français, se voyaient, quand même, acculés à une guerre avec la Grande-Bretagne. Ils arrivaient donc au résultat désiré par Napoléon. Il n'y avait pas d'autres expédients[57], à moins de soumettre le commerce américain aux licences et aux taxes anglaises, ce qui équivalait à abdiquer toute souveraineté nationale et, en réalité, on pouvait accuser les Fédéralistes qui, en 1801, avaient la prétention de représenter le parti national d'Amérique, de n'être plus qu'une faction anglaise aux ordres du cabinet de Saint-James. Cette faction remuante pouvait devenir d'autant plus dangereuse qu'elle entretenait des relations secrètes avec Sir James Craig, gouverneur du Bas-Canada, à Québec, lequel avait grand intérêt à être renseigné sur ce qui se passait aux États-Unis. Un nommé John Henry, Anglais de naissance, Américain d'habitudes, qui était reçu dans les cercles officiels et mondains de Boston, joua, en cette occurrence, un rôle équivoque d'ambassadeur aventurier, qu'en des termes moins pompeux, on peut appeler espion. Il s'entremit habilement, et, grâce aux renseignements qu'il sut fournir, il contribua à faciliter une alliance entre les Fédéralistes de la Nouvelle Angleterre et les Tories anglais. Cette alliance, qui devait aboutir au parti anglais préconisé par Pickering, s'appuyait sur la nécessité, soi-disant urgente, d'inaugurer une politique extérieure conforme au principe anglo-saxon: avec beaucoup plus de force, elle tendait vers une politique intérieure anti-républicaine et ses coups les plus perfides étaient dirigés contre Jefferson.
Jefferson, cependant, ne se laissa pas intimider. Il demeura fermement attaché à la théorie de l'embargo, avec toutes les conséquences qu'elle comportait. Ces conséquences allaient dépasser les intentions même de l'auteur. Des Républicains avisés, même des partisans de l'embargo limité à une certaine durée, commençaient à s'apercevoir des inconvénients d'un embargo d'une durée illimitée. Le démocrate Even Sullivan, gouverneur du Massachusetts fédéraliste, fit ressortir combien cet État était atteint par les restrictions commerciales qui troublaient de fond en comble le jeu des importations et exportations. Les fonctionnaires des douanes avaient peine à faire respecter les prescriptions légales et partageaient en beaucoup d'endroits le mécontentement du public. Le long des côtes du Maine et de la frontière du Canada, la contrebande menaçait de prendre des proportions inquiétantes, et, dans toute la région, l'insurrection fut sur le point d'éclater. Sur plusieurs points, il y eut des rencontres sanglantes.
Si la rue était agitée, au sein du gouvernement lui-même, les dissensions se firent jour. À l'inébranlable fermeté de Jefferson, Madison opposait l'hésitation du doute. Robert Smith semblait craindre les excès et les complications de toutes sortes, fruits de l'embargo et, si Gallatin prenait froidement toutes les mesures pour faire respecter la loi, c'était par devoir et non sans exprimer parfois la peur des plus graves bouleversements. Tous les opposants, fédéralistes comme républicains, se rencontraient pour émettre cette affirmation:—«La constitution avait donné le pouvoir au Congrès pour régler le commerce avec des nations étrangères, entre les divers États et avec les tribus indiennes,—mais elle ne lui avait pas donné le pouvoir d'empêcher le commerce avec les nations étrangères».
Ainsi, l'embargo qui avait été voté par le Congrès, sur l'insistance de Jefferson, était une mesure imposée par la situation intolérable rejaillissant sur le commerce des neutres, à la suite des ordres en conseil et des décrets de Napoléon. En Amérique, cette mesure risquait de mettre de nouveau aux prises les partis d'une politique opposée et intransigeante, de répandre dans la jeune union la désunion et l'insurrection; mais, considérée en soi, elle était une des formes atténuées peut-être mais inévitables que prenait, dans le temps, l'évolution d'un pays qui était né et qui s'était développé entre la rivalité de la France et de l'Angleterre.
À un point de vue plus élevé, l'embargo, aux yeux du président Jefferson, répondait à un idéal politique qui ne manquait pas de grandeur. Pour lui, c'était le seul moyen d'échapper aux horreurs de la guerre qui, dans sa préparation comme dans son exécution, entraînait des brutalités coutumières au vieux monde, qu'il voulait épargner au nouveau monde. En cela, il demeurait fidèle au principe des ancêtres puritains qui, ayant rompu avec la mère-patrie, prétendaient fonder un État sur des bases de pureté sociale et religieuse. Ils n'y parvinrent pas toujours[58]. Et, à mesure que la politique américaine tendait à devenir plus mondiale, la réalisation de cette possibilité devenait plus aléatoire. Le moyen que préconisait Jefferson pour éloigner des États-Unis, ce qu'il appelait les vices, les crimes et les corruptions de l'Europe, si louable fut-il, le prouvait abondamment. Sous prétexte de résister aux ingérences étrangères, on marchait simplement à la ruine intérieure. Nous avons vu les résistances soulevées dans tous les partis par l'embargo. Ce fut bientôt un tolle général. Car, enfin, s'il s'agissait d'éviter la guerre avec ses conséquences qui peuvent non seulement détruire toutes les ressources vitales, mais modifier la forme d'un gouvernement, avec le système de l'embargo, on risquait d'aboutir aux mêmes résultats. Son application stricte entraînait une telle diminution des libertés individuelles et des droits de propriété, qu'à ce point de vue, de longues guerres étrangères n'auraient pas occasionné plus de maux. Si les libertés américaines, au nom desquelles on avait combattu, devaient périr, mieux valait les voir tomber sous les coups d'une guerre, dans la mêlée sanglante mais glorieuse des champs de bataille, que de les exposer à être étouffées par un système de restrictions appelé de non-intercourse, qui se composait de petites aspirations et de petits moyens.