Jourdan ignorait une partie des dispositions de l'archiduc, car rien n'est plus difficile que les reconnaissances, surtout dans un pays aussi accidenté que celui où agissaient les deux armées. Il occupait toujours l'ouverture de l'angle formé par le Danube et le lac de Constance, de Tuttlingen à Steusslingen. Cette ligne était fort étendue, et la nature du pays, qui ne permettait guère une concentration rapide, rendait cet inconvénient encore plus grave. Il ordonna au général Férino, qui commandait sa droite vers Steusslingen, de marcher sur Wahlwies, et à Souham, qui commandait le centre vers Eigeltingen, de se porter sur Nenzingen. Ces deux généraux devaient combiner leurs efforts pour emporter la gauche et le centre de l'archiduc, en passant la Stokach et en gravissant le Nellemberg. Jourdan se proposait ensuite de faire agir sa gauche, son avant-garde et sa réserve sur le point de Liptingen, afin de pénétrer à travers les bois qui couvraient la droite de l'archiduc, et de parvenir à la forcer. Ces dispositions avaient l'avantage de diriger la plus grande masse des forces sur l'aile droite de l'archiduc, qui était la plus compromise. Malheureusement toutes les colonnes de l'armée avaient des points de départ trop éloignés. Pour agir sur Liptingen, l'avant-garde et la réserve partaient d'Emingen-ob-Ek, et la gauche de Tuttlingen, à la distance d'une journée de marche. Cet isolement était d'autant plus dangereux, que l'armée française, forte de trente-six mille hommes environ, était inférieure d'un tiers au moins à l'armée autrichienne.
Le 5 germinal (25 mars) au matin, les deux armées se rencontrèrent. L'armée française marchait à une bataille, celle des Autrichiens à une reconnaissance. Les Autrichiens, qui s'étaient ébranlés un peu avant nous, surprirent nos avant-gardes, mais furent bientôt refoulés sur tous les points par le gros de nos divisions. Férino à la droite, Souham au centre, arrivèrent à Wahlwies, à Orsingen, à Nenzingen, au bord de la Stokach, au pied du Nellemberg, ramenèrent les Autrichiens dans leur position du matin, et commencèrent l'attaque sérieuse de cette position. Ils avaient à franchir la Stokach et à forcer le Nellemberg. Une longue canonnade s'engagea sur toute la ligne.
A notre gauche, le succès était plus prompt et plus complet. L'avant-garde, actuellement commandée par le général Soult, depuis une blessure qu'avait reçue Lefebvre, repoussa les Autrichiens qui s'étaient avancés jusqu'à Emingen-ob-Ek, les chassa de Liptingen, les mit en déroute dans la plaine, les poursuivit avec une extrême ardeur, et parvint à leur enlever les bois. Ces bois étaient ceux mêmes qui couvraient la droite autrichienne; en poursuivant leur mouvement, les Français pouvaient la jeter dans le ravin de la Stokach, et lui causer un désastre. Mais il était clair que cette aile allait être renforcée aux dépens du centre et de la gauche, et qu'il fallait agir sur elle avec une grande masse de forces. Il fallait donc, comme dans le plan primitif, faire converger sur ce même point l'avant-garde, la réserve et la gauche. Malheureusement le général Jourdan, se confiant dans le succès trop facile qu'il venait d'obtenir, voulut atteindre un objet trop étendu, et au lieu d'amener Saint-Cyr à lui, il prescrivit à ce général de faire un long circuit, pour envelopper les Autrichiens et leur couper la retraite. C'était trop se hâter de recueillir les fruits de la victoire, quand la victoire n'était pas remportée. Le général Jourdan ne garda sur le point décisif que la division d'avant-garde et la réserve confiée à d'Haupoult.
Pendant ce temps, la droite des Autrichiens, voyant les bois qui la couvraient forcés par l'ennemi, fit volte-face, et disputa avec une extrême opiniâtreté la chaussée de Liptingen à Stokach, qui traverse ces bois. On se battait avec acharnement, lorsque l'archiduc accourut en toute hâte. Jugeant le danger avec un coup d'oeil sûr, il retira les grenadiers et les cuirassiers du centre et de la gauche pour les transporter à sa droite. Ne s'effrayant pas du mouvement de Saint-Cyr sur ses derrières, il sentit que Jourdan repoussé, Saint-Cyr n'en serait que plus compromis, et il résolut de se borner à un effort décisif vers le point actuellement menacé.
On se disputait les bois avec un acharnement extraordinaire. Les Français, très inférieurs en nombre, résistaient avec un courage que l'archiduc appelle admirable; mais le prince chargea lui-même avec quelques bataillons sur la chaussée de Liptingen, et fit lâcher prise aux Français. Ceux-ci perdirent les bois, et se trouvèrent enfin dans la plaine découverte de Liptingen, d'où ils étaient partis. Jourdan fit demander du secours à Saint-Cyr, mais il n'était plus temps. Il lui restait sa réserve, et il résolut de faire exécuter une charge de cavalerie pour reprendre les avantages perdus. Il lança quatre régimens de cavalerie à la fois. Cette charge, arrêtée par une autre charge que firent à propos les cuirassiers de l'archiduc, ne fut pas heureuse. Une confusion horrible se mit alors dans la plaine de Liptingen. Après avoir fait des prodiges de bravoure, les Français se débandèrent. Le général Jourdan fit des efforts héroïques pour arrêter les fuyards; il fut emporté lui-même. Cependant les Autrichiens, épuisés de ce long combat, n'osèrent pas nous poursuivre.
La journée fut dès lors finie. Férino et Souham s'étaient maintenus, mais n'avaient forcé ni le centre ni la gauche des Autrichiens. Saint-Cyr courait sur leurs derrières. On ne pouvait pas dire que la bataille fût perdue: les Français, inférieurs du tiers, avaient conservé partout le champ de bataille, et déployé une rare bravoure; mais avec leur infériorité numérique, et l'isolement de leurs différens corps, n'avoir pas vaincu, c'était être battu. Il fallait sur-le-champ rappeler Saint-Cyr, très compromis, rallier l'avant-garde et la réserve maltraitées, ramener le centre et la droite. Jourdan donna sur-le-champ des ordres en conséquence, et prescrivit à Saint-Cyr de se replier le plus promptement possible. La position de ce dernier était devenue très périlleuse; mais il opéra sa retraite avec l'aplomb qui l'a toujours signalé, et il regagna le Danube sans accident. La perte avait été à peu près égale des deux côtés, en tués, blessés ou prisonniers. Elle était de quatre à cinq mille hommes environ.
Après cette journée malheureuse, les Français ne pouvaient plus tenir la campagne, et ils devaient chercher un abri derrière une ligne puissante. Devaient-ils se retirer en Suisse ou sur le Rhin? Il était évident qu'en se retirant en Suisse, ils combinaient leurs efforts avec l'armée de Masséna, et pouvaient par cette réunion reprendre une attitude imposante. Malheureusement le général Jourdan ne crut pas devoir en agir ainsi; il craignait pour la ligne du Rhin, sur laquelle Bernadotte n'avait réuni encore que sept à huit mille hommes, et il résolut de se replier à l'entrée des défilés de la forêt Noire. Il prit là une position qu'il croyait forte, et laissant le commandement à son chef d'état-major Ernould, il partit pour Paris, afin d'aller se plaindre de l'état d'infériorité dans lequel on avait laissé son armée. Les résultats parlaient beaucoup plus haut que toutes les plaintes du monde, et il valait bien mieux qu'il restât à son armée que d'aller se plaindre à Paris.
Très heureusement le conseil aulique imposait à l'archiduc une faute grave, qui réparait en partie les nôtres. Si l'archiduc, poussant ses avantages, eût poursuivi sans relâche notre armée vaincue, il aurait pu la mettre dans un désordre complet, et peut-être même la détruire. Il aurait été temps alors de revenir vers la Suisse pour assaillir Masséna, privé de tout secours, réduit à ses trente mille hommes, et engagé dans les hautes vallées des Alpes. Il n'eût pas été impossible de lui couper la route de France. Mais le conseil aulique défendit à l'archiduc de pousser vers le Rhin avant que la Suisse fût évacuée: c'était la conséquence du principe, que la clé du théâtre de la guerre était dans les montagnes.
Pendant que ces événemens se passaient en Souabe, la guerre se poursuivait dans les Hautes-Alpes. Masséna agissant vers les sources du Rhin, Lecourbe vers celles de l'Inn, Dessoles vers celles de l'Adige, avaient eu des succès balancés. Il y avait au-delà du Rhin, un peu au-dessus du point où il se jette dans le lac de Constance, une position qu'il était urgent d'emporter, c'était celle de Feldkirch. Masséna y avait mis toute son opiniâtreté, mais il y avait perdu plus de deux mille hommes sans résultat. Lecourbe à Taufers, Dessoles à Nauders, avaient livré des combats brillans, qui leur avaient valu à chacun trois ou quatre mille prisonniers, et qui avaient amplement compensé l'échec de Feldkirch. Ainsi les Français, par leur vivacité et leur audace, conservaient la supériorité dans les Alpes.
Les opérations commençaient en Italie, le lendemain même de la bataille de Stokach. Les Français avaient reçu environ trente mille conscrits, ce qui portait la masse de leurs forces en Italie à cent seize mille hommes à peu près. Ils étaient distribués ainsi qu'il suit: trente mille hommes de vieilles troupes gardaient, sous Macdonald, Rome et Naples. Les trente mille jeunes soldats étaient dans les places. Il restait cinquante-six mille hommes sous Schérer. De ces cinquante-six mille hommes, il en avait été détaché cinq mille sous le général Gauthier pour occuper la Toscane, et cinq mille sous le général Dessoles pour agir dans la Valteline. C'étaient donc quarante-six mille hommes qui restaient à Schérer pour se battre sur l'Adige, point essentiel, où il aurait fallu porter toute la masse de nos forces. Outre l'inconvénient du petit nombre d'hommes sur ce point décisif, il en était un autre qui ne fut pas moins fatal aux Français. Le général n'inspirait aucune confiance, il n'avait pas assez de jeunesse, comme nous l'avons dit; il s'était d'ailleurs dépopularisé pendant son ministère. Il le sentait lui-même, et il n'avait pris le commandement qu'à regret. Il allait pendant la nuit écouter les propos des soldats sous leurs tentes, et recueillir de ses propres oreilles les preuves de son impopularité. C'étaient là des circonstances bien défavorables, au début d'une campagne grande et difficile.