La Limmat sort du lac de Zurich à Zurich même, et coupe la ville en deux parties. Conformément au plan convenu avec Hotze et Suwarow, Korsakoff se disposait à attaquer Masséna, et pour cela il avait porté la masse de ses forces dans la partie de Zurich qui est en avant de la Limmat. Il n'avait laissé que trois bataillons à Closter-Fahr, pour garder un point où la Limmat est plus accessible: il avait dirigé Durasof avec une division près de l'embouchure de la Limmat dans l'Aar, pour veiller de ce côté; mais sa masse, forte de dix-huit mille hommes au moins, était en avant de la rivière, en situation offensive.
Masséna basa son plan sur cet état de choses. Il résolut de masquer plutôt que d'attaquer le point de Zurich, où Korsakoff avait amassé ses forces; puis, avec une portion considérable de ses troupes, de tenter le passage de la Limmat à Closter-Fahr, point faiblement défendu. Le passage opéré, il voulait que cette division remontât la Limmat sur la rive opposée, et vînt se placer sur les derrières de Zurich. Alors il se proposait d'attaquer Korsakoff sur les deux rives, et de le tenir enfermé dans Zurich même. Des conséquences immenses pouvaient résulter de cette disposition.
Mortier avec sa division, qui était forte de huit mille hommes, et occupait la droite de ce champ de bataille, fut dirigé sur Zurich. Elle devait contenir d'abord, puis attaquer la masse russe. Klein avec sa division, qui était forte de dix mille hommes, devait être placé à Altstetten, entre le point de Zurich et celui de Closter-Fahr, où l'on allait tenter le passage. Elle pouvait ainsi ou se porter devant Zurich, et donner secours à Mortier contre la masse russe, ou courir au point du passage, s'il était nécessaire de le seconder. Cette division renfermait quatre mille grenadiers, et une réserve de superbe cavalerie. La division Lorge, avec une partie de la division Mesnard, devait exécuter le passage à Closter-Fahr. Quinze mille hommes à peu près formaient cette masse. Le reste de la division Mesnard devait faire des démonstrations sur la Basse-Limmat, pour tromper et retenir Durasof.
Ces dispositions, qui ont fait l'admiration de tous les critiques, furent mises à exécution le 3 vendémiaire an VIII (25 septembre 1799), à cinq heures du matin. Les apprêts du passage avaient été faits près du village de Dietikon, avec un soin et un secret extraordinaires. Des barques avaient été traînées à bras, et cachées dans les bois. Dès le matin, elles étaient à flot, et les troupes étaient rangées en silence sur la rive. Le général Foy, illustré depuis comme orateur, commandait l'artillerie à cette immortelle bataille; il disposa plusieurs batteries de manière à protéger le passage. Six cents hommes s'embarquèrent hardiment, et arrivèrent sur l'autre rive. Sur-le-champ ils fondirent sur les tirailleurs ennemis, et les dispersèrent. Korsakoff avait mis là, sur le plateau de Closter-Fahr, trois bataillons avec du canon. Notre artillerie, supérieurement dirigée, éteignit bientôt les feux de l'artillerie russe, et protégea le passage successif de notre avant-garde. Lorsque le général Gazan eut réuni aux six cents hommes qui avaient passé les premiers un renfort suffisant, il marcha sur les trois bataillons russes qui gardaient Closter-Fahr. Ceux-ci s'étaient logés dans un bois, et s'y défendirent bravement. Gazan les enveloppa, et fut obligé de tuer presque jusqu'au dernier homme pour les déloger. Ces trois bataillons détruits, le pont fut jeté. Le reste de la division Lorge et partie de la division Mesnard passèrent la Limmat: c'étaient quinze mille hommes portés au-delà de la rivière. La brigade Bontemps fut placée à Regensdorf, pour faire face à Durasof, s'il voulait remonter de la Basse-Limmat. Le gros des troupes, dirigé par le chef d'état-major Oudinot, remonta la Limmat, pour se porter sur les derrières de Zurich.
Cette partie de l'opération achevée, Masséna se reporta de sa personne sur l'autre rive de la Limmat, pour veiller au mouvement de ses ailes. Vers la Basse-Limmat, Mesnard avait si bien trompé Durasof par ses démonstrations, que celui-ci s'était porté sur la rive, où il déployait tous ses feux. A sa droite, Mortier s'était avancé sur Zurich par Wollishofen, mais il y avait rencontré la masse de Korsakoff, posté, comme on l'a dit, en avant de la Limmat, et avait été obligé de se replier. Masséna arrivant dans cet instant ébranla la division Klein, qui était à Altstetten. Humbert, à la tête de ses quatre mille grenadiers, marcha sur Zurich, et rétablit le combat. Mortier renouvela ses attaques, et on parvint à renfermer ainsi les Russes dans Zurich.
Pendant ce temps, Korsakoff, chagriné d'entendre du canon sur ses derrières, avait reporté quelques bataillons au-delà de la Limmat; mais ces faibles secours avaient été inutiles. Oudinot, avec ses quinze mille hommes, continuait à remonter la Limmat. Il avait enlevé le petit camp placé à Hong, ainsi que les hauteurs qui sont sur les derrières de Zurich, et s'était emparé de la grande route de Vintherthur, qui donne issue en Allemagne, et la seule par laquelle les Russes pussent se retirer.
La journée était presque achevée, et d'immenses résultats étaient préparés pour le lendemain. Les Russes étaient enfermés dans Zurich; Masséna avait porté par le passage à Closter-Fahr quinze mille hommes sur leurs derrières, et placé dix-huit mille hommes devant eux. Il était difficile qu'il ne leur fît pas essuyer un désastre. On a pensé qu'il aurait dû, au lieu de laisser la division Klein devant Zurich, la porter par Closter-Fahr, derrière cette ville, de manière à fermer tout à fait la route de Vintherthur. Mais il craignait que, Mortier restant avec huit mille hommes seulement, Korsakoff ne lui passât sur le corps et ne se jetât sur la Lint. Il est vrai que Korsakoff aurait rencontré Soult et Lecourbe; mais il aurait pu rencontrer aussi Suwarow, venant d'Italie, et on ne sait ce qui serait arrivé de cette singulière combinaison.
Korsakoff s'était enfin aperçu de sa position, et avait porté ses troupes dans l'autre partie de Zurich, en arrière de la Limmat. Durasof, sur la Basse-Limmat, apprenant le passage, s'était dérobé; et évitant la brigade Bontemps, par un détour, était venu regagner la route de Vintherthur. Le lendemain 4 vendémiaire (26 septembre), le combat devait être acharné, car les Russes voulaient se faire jour, et les Français voulaient recueillir d'immenses trophées. Le combat commença de bonne heure. La malheureuse ville de Zurich, encombrée d'artillerie, d'équipages, de blessés, attaquée de tous côtés, était comme enveloppée de feux. De ce côté-ci de la Limmat, Mortier et Klein l'avaient abordée, et étaient près d'y pénétrer. Au-delà, Oudinot la serrait par derrière et voulait fermer la route à Korsakoff. Cette route de Vintherthur, théâtre d'un combat sanglant, avait été prise et reprise plusieurs fois. Korsakoff, songeant enfin à se retirer, avait mis son infanterie en tête, sa cavalerie au centre, son artillerie et ses équipages à la queue. Il s'avançait ainsi formant une longue colonne. Sa brave infanterie, chargeant avec furie, renverse tout devant elle, et s'ouvre un passage; mais quand elle a passé avec une partie de la cavalerie, les Français reviennent à la charge, attaquent le reste de la cavalerie et les bagages, et les refoulent jusqu'aux portes de Zurich. Au même instant, Klein, Mortier, y entrent de leur côté. On se bat dans les rues. L'illustre et malheureux Lavater est frappé sur la porte de sa maison, d'une balle par un soldat suisse ivre qui lui mit son fusil sur la poitrine pour avoir de l'argent; il tomba atteint d'une blessure grave à la cuisse dont il mourut quelques mois après. Enfin, tout ce qui était resté dans Zurich est obligé de mettre bas les armes. Cent pièces de canon, tous les bagages, les administrations, le trésor de l'armée et cinq mille prisonniers, deviennent la proie des Français. Korsakoff avait eu en outre huit mille hommes hors de combat, dans cette lutte acharnée. Huit et cinq faisaient treize mille hommes perdus, c'est-à-dire la moitié de son armée. Les grandes batailles d'Italie n'avaient pas présenté des résultats plus extraordinaires. Les conséquences pour le reste de la campagne ne devaient pas être moins grandes que les résultats matériels. Korsakoff, avec treize mille hommes au plus, se hâta de regagner le Rhin.
Pendant ce temps, Soult, chargé de passer la Lint au-dessus du lac de Zurich, exécutait sa mission avec non moins de bonheur que le général en chef. Il avait exécuté le passage entre Bilten et Richenburg. Cent cinquante braves, portant leur fusil sur leur tête, avaient traversé la rivière à la nage, abordé sur l'autre rive, balayé les tirailleurs, et protégé le débarquement de l'avant-garde. Hotze, accouru sur-le-champ au lieu du danger, était tombé mort d'un coup de feu, ce qui avait mis le désordre dans les rangs autrichiens. Petrasch, succédant à Hotze, avait en vain essayé de rejeter dans la Lint les corps qui avaient passé; il avait été obligé de se replier, et s'était retiré précipitamment sur Saint-Gall et le Rhin, en laissant trois mille prisonniers et du canon. De leur côté, les généraux Jellachich et Linken, chargés de venir par la Haute-Lint, dans le canton de Glaris, recevoir Suwarow au débouché du Saint-Gothard, s'étaient retirés en apprenant tous ces désastres. Ainsi près de soixante mille hommes étaient repoussés déjà de la ligne de la Limmat, au-delà de celle du Rhin, et repoussés après des pertes immenses. Suwarow, qui croyait déboucher en Suisse dans le flanc d'un ennemi attaqué de tous côtés, et qui croyait décider sa défaite en arrivant, allait trouver au contraire tous ses lieutenans dispersés, et s'engager au milieu d'une armée victorieuse de toutes parts.
Parti d'Italie avec dix-huit mille hommes, il était arrivé au pied du Saint-Gothard le cinquième jour complémentaire de l'an VII (21 septembre). Il avait été obligé de démonter ses Cosaques pour charger son artillerie sur le dos de leurs chevaux. Il envoya Rosemberg avec six mille hommes, pour tourner le Saint-Gothard par Disentits et le Crispalt. Arrivé le 1er vendémiaire (23 septembre) à Airolo, à l'entrée de la gorge du Saint-Gothard, il y trouva Gudin avec une des brigades de la division Lecourbe. Il se battit là avec la dernière opiniâtreté; mais ses soldats, mauvais tireurs, ne sachant qu'avancer et se faire tuer, tombaient par pelotons sous les balles et les pierres. Il se décida enfin à inquiéter Gudin sur ses flancs, et il l'obligea ainsi à céder la gorge jusqu'à l'hôpital. Gudin, par sa résistance, avait donné à Lecourbe le temps de recueillir ses troupes. Celui-ci, n'ayant guère sous sa main que six mille hommes, ne pouvait résister à Suwarow qui arrivait avec douze mille, et à Rosemberg qui, transporté déjà à Urseren, en avait six mille sur ses derrières. Il jeta son artillerie dans la Reuss, gagna ensuite la rive opposée en gravissant des rochers presque inaccessibles, et s'enfonça dans la vallée. Arrivé au-delà d'Urseren, n'ayant plus Rosemberg sur ses derrières, il rompit le pont du Diable, et tua une multitude de Russes, avant qu'ils eussent franchi le précipice en descendant dans le lit de la Reuss et en remontant la rive opposée. Lecourbe avait fait ainsi une retraite pied à pied, profitant de tous les obstacles pour fatiguer et tuer un à un les soldats de Suwarow.