Le 3 thermidor (21 juillet), l'armée française se mit en marche avant le jour. Elle savait qu'elle allait apercevoir le Caire et rencontrer l'ennemi. A la pointe du jour, elle découvrit enfin à sa gauche, au-delà du fleuve, les hauts minarets de cette grande capitale, et à sa droite, dans le désert, les gigantesques pyramides dorées par le soleil. A la vue de ces monumens, elle s'arrêta comme saisie de curiosité et d'admiration. Le visage de Bonaparte était rayonnant d'enthousiasme; il se mit à galoper devant les rangs des soldats, et leur montrant les pyramides: Songez, s'écriait-il, songez que du haut de ces pyramides quarante siècles vous contemplent. On s'avança d'un pas rapide. On voyait, en s'approchant, s'élever les minarets du Caire, on voyait grandir les pyramides, on voyait fourmiller la multitude qui gardait Embaheh, on voyait étinceler les armes de ces dix mille cavaliers, brillans d'or et d'acier, et formant une ligne immense. Bonaparte fit aussitôt ses dispositions. L'armée, comme à Chébreïss, était partagée en cinq divisions. Les divisions Desaix et Régnier formaient la droite, vers le désert; la division Dugua formait le centre, les divisions Menou et Bon formaient la gauche, le long du Nil. Bonaparte, qui, depuis le combat de Chébreïss, avait jugé le terrain et l'ennemi, fit ses dispositions en conséquence. Chaque division formait un carré; chaque carré était sur six rangs. Derrière étaient les compagnies de grenadiers en pelotons, prêtes à renforcer les points d'attaque. L'artillerie était aux angles; les bagages et les généraux au centre. Ces carrés étaient mouvans. Quand ils étaient en marche, deux côtés marchaient sur le flanc. Quand ils étaient chargés, ils devaient s'arrêter pour faire front sur toutes les faces. Puis quand ils voulaient enlever une position, les premiers rangs devaient se détacher, pour former des colonnes d'attaque, et les autres devaient rester en arrière, formant toujours le carré, mais sur trois hommes de profondeur seulement, et prêts à recueillir les colonnes d'attaque. Telles étaient les dispositions ordonnées par Bonaparte. Il craignait que ses impétueux soldats d'Italie, habitués à marcher au pas de charge, eussent de la peine à se résigner à cette froide et impassible immobilité des murailles. Il avait eu soin de les y préparer. Ordre était donné surtout de ne pas se hâter de tirer, d'attendre froidement l'ennemi, et de ne faire feu qu'à bout pourtant.
On s'avança presque à la portée du canon. Bonaparte, qui était dans le carré du centre, formé par la division Dugua, s'assura, avec une lunette, de l'état du camp d'Embabeh. Il vit que l'artillerie du camp, n'étant pas sur affût de campagne, ne pourrait pas se porter dans la plaine, et que l'ennemi ne sortirait pas des retranchemens. C'est sur cette prévision qu'il basa ses mouvemens. Il résolut d'appuyer avec ses divisions sur la droite, c'est-à-dire sur le corps des Mameluks, en circulant hors de la portée du canon d'Embabeh. Son intention était de séparer les Mameluks du camp retranché, de les envelopper, de les pousser dans le Nil, et de n'attaquer Embabeh qu'après s'être défait d'eux. Il ne devait pas lui être difficile de venir à bout de la multitude qui fourmillait dans ce camp après avoir détruit les Mameluks.
Sur-le-champ il donna le signal. Desaix, qui formait l'extrême droite, se mit le premier en marche. Après lui venait le carré de Régnier, puis celui de Dugua, où était Bonaparte. Les deux autres circulaient autour d'Embabeh, hors de la portée du canon. Mourad-Bey qui, quoique sans instruction, était doué d'un grand caractère et d'un coup d'oeil pénétrant, devina sur-le-champ l'intention de son adversaire, et résolut de charger pendant ce mouvement décisif. Il laissa deux mille Mameluks pour appuyer Embabeh, puis se précipita avec le reste sur les deux carrés de droite. Celui de Desaix, engagé dans les palmiers, n'était pas encore formé, lorsque les premiers cavaliers l'abordèrent. Mais il se forma sur-le-champ, et fut prêt à recevoir la charge. C'est une masse énorme que celle de huit mille cavaliers galopant à la fois dans une plaine. Ils se précipitèrent avec une impétuosité extraordinaire sur la division Desaix. Nos braves soldats, devenus aussi froids qu'ils avaient été fougueux jadis, les attendirent avec calme, et les reçurent, à bout portant, avec un feu terrible de mousqueterie et de mitraille. Arrêtés par le feu, ces innombrables cavaliers flottaient le long des rangs, et galopaient autour de la citadelle enflammée. Quelques-uns des plus braves se précipitèrent sur les baïonnettes, puis, retournant leurs chevaux et les renversant sur nos fantassins, parvinrent à faire brèche, et trente ou quarante vinrent expirer aux pieds de Desaix, au centre même du carré. La masse, tournant bride, se rejeta du carré de Desaix sur celui de Régnier qui venait après. Accueillie par le même feu, elle revint vers le point d'où elle était partie; mais elle trouva sur ses derrières la division Dugua que Bonaparte avait portée vers le Nil, et fut jetée dans une déroute complète. Alors la fuite se fit en désordre. Une partie des fuyards s'échappa vers notre droite, du côté des pyramides; une autre, passant sous le feu de Dugua, alla se jeter dans Embabeh, où elle porta la confusion. Dès cet instant le trouble commença à se mettre dans le camp retranché. Bonaparte s'en apercevant, ordonna à ses deux divisions de gauche de s'approcher d'Embabeh, pour s'en emparer. Bon et Menou s'avancèrent sur le feu des retranchemens, et arrivés à une certaine distance, firent halte. Les carrés se dédoublèrent; les premiers rangs se formèrent en colonnes d'attaque, tandis que les autres restèrent en carré, figurant toujours de véritables citadelles. Mais au même instant les Mameluks, tant ceux que Mourad avait laissés à Embabeh, que ceux qui s'y étaient réfugiés, voulurent nous prévenir. Ils fondirent sur nos colonnes d'attaque, tandis qu'elles étaient en marche. Mais celles-ci s'arrêtant sur-le-champ, et se formant en carré avec une merveilleuse rapidité, les reçurent avec fermeté, et en abattirent un grand nombre. Les uns se rejetèrent dans Embabeh, où le désordre devint extrême; les autres, fuyant dans la plaine, entre le Nil et notre droite, furent fusillés ou poussés dans le fleuve. Les colonnes d'attaque abordèrent vivement Embabeh, s'en emparèrent, et jetèrent dans le Nil la multitude des fellahs et des janissaires. Beaucoup se noyèrent; mais comme les Égyptiens sont excellens nageurs, le plus grand nombre d'entre eux parvint à se sauver. La journée était finie. Les Arabes, qui étaient près des pyramides et qui attendaient la victoire, s'enfoncèrent dans le désert. Mourad, avec les débris de sa cavalerie, et le visage tout sanglant, se retira vers la Haute-Égypte. Ibrahim, qui de l'autre rive contemplait ce désastre, s'enfonça vers Belbeys, pour se retirer en Syrie. Les Mameluks mirent aussitôt le feu aux djermes qui portaient leurs richesses. Cette proie nous échappa, et nos soldats virent pendant toute la nuit des flammes dévorer un riche butin.
Bonaparte plaça son quartier-général à Giseh, sur les bords du Nil, où Mourad-Bey avait une superbe habitation. On trouva, soit à Giseh, soit à Embabeh, des provisions considérables, et nos soldats purent se dédommager de leurs longues privations. Ils trouvèrent des vignes couvertes de magnifiques raisins dans les jardins de Giseh, et les eurent bientôt vendangées. Mais ils firent sur le champ de bataille un butin d'une autre espèce, c'étaient des schalls magnifiques, de belles armes, des chevaux, et des bourses qui renfermaient jusqu'à deux ou trois cents pièces d'or; car les Mameluks portaient toutes leurs richesses avec eux. Ils passèrent la soirée, la nuit et le lendemain à recueillir des dépouilles. Cinq à six cents Mameluks avaient été tués. Plus de mille étaient noyés dans le Nil. Les soldats se mirent à les pêcher pour les dépouiller, et employèrent plusieurs jours encore à ce genre de recherche.
La bataille nous avait à peine coûté une centaine de morts ou blessés; car si la défaite est terrible pour des carrés enfoncés, la perte est nulle pour des carrés victorieux. Les Mameluks avaient perdu leurs meilleurs cavaliers par le feu ou par les flots. Leurs forces étaient dispersées, et la possession du Caire nous était assurée. Cette capitale était dans un désordre extraordinaire. Elle renferme plus de trois cent mille habitans, et elle est remplie d'une populace féroce et abrutie, qui se livrait à tous les excès, et voulait profiter du tumulte pour piller les riches palais des beys. Malheureusement la flottille française n'avait pas encore remonté le Nil, et nous n'avions pas le moyen de le traverser pour aller prendre possession du Caire. Quelques négocians français, qui s'y trouvaient furent envoyés à Bonaparte par les scheiks, pour convenir de l'occupation de la ville. Il se procura quelques djermes pour envoyer un détachement qui rétablît la tranquillité et mît les personnes et les propriétés à l'abri des fureurs de la populace. Il entra le surlendemain dans le Caire, et alla prendre possession du palais de Mourad-Bey.
A peine fut-il établi au Caire, qu'il se hâta d'employer la politique qu'il avait déjà suivie à Alexandrie, et qui devait lui attacher le pays. Il visita les principaux scheiks, les flatta, leur fit espérer le rétablissement de la domination arabe, leur promit la conservation de leur culte et de leurs coutumes, et réussit complètement à les gagner par un mélange de caresses adroites et de paroles imposantes, empreintes d'une grandeur orientale. L'essentiel était d'obtenir des scheiks de la mosquée de Jemil-Azar une déclaration en faveur des Français. C'était comme un bref du pape chez les chrétiens. Bonaparte y déploya tout ce qu'il avait d'adresse, et il y réussit complètement. Les grands scheiks firent la déclaration désirée, et engagèrent les Égyptiens à se soumettre à l'envoyé de Dieu, qui respectait le prophète, et qui venait venger ses enfans de la tyrannie des Mameluks. Bonaparte établit au Caire un divan, comme il avait fait à Alexandrie, composé des principaux scheiks et des plus notables habitans. Ce divan ou conseil municipal devait lui servir à gagner l'esprit des Égyptiens, en les consultant, et à s'instruire par eux de tous les détails de l'administration intérieure. Il fut convenu que dans toutes les provinces il en serait établi de pareils, et que ces divans particuliers enverraient des députés au divan du Caire, qui serait ainsi le grand divan national.
Bonaparte résolut de laisser exercer la justice par les cadis. Dans son projet de succéder aux droits des Mameluks, il saisit leurs propriétés, et fit continuer au profit de l'armée française la perception des droits précédemment établis. Pour cela il fallait avoir les Cophtes à sa disposition. Il ne négligea rien pour se les attacher, en leur faisant espérer une amélioration dans leur sort. Il fit partir des généraux avec des détachemens, pour redescendre le Nil, et aller achever l'occupation du Delta, qu'on n'avait fait que traverser. Il en envoya vers le Nil supérieur pour prendre possession de l'Égypte-Moyenne. Desaix fut placé avec sa division à l'entrée de la Haute-Égypte, dont il devait faire la conquête sur Mourad-Bey, dès que les eaux du Nil baisseraient avec l'automne. Chacun des généraux, muni d'instructions détaillées, devait répéter dans tout le pays ce qui avait été fait à Alexandrie et au Caire. Ils devaient s'entourer des scheiks, capter les Cophtes, et établir la perception des impôts pour fournir aux besoins de l'armée.
Bonaparte s'occupa ensuite du bien-être et de la santé des soldats. L'Égypte commençait à leur plaire: ils y trouvaient le repos, l'abondance, un climat sain et pur. Ils s'habituaient aux moeurs singulières du pays, et en faisaient un sujet continuel de plaisanteries. Mais, devinant l'intention du général avec leur sagacité accoutumée, ils jouaient aussi le respect pour le prophète, et riaient avec lui du rôle que la politique les obligeait à jouer. Bonaparte fit construire des fours pour qu'ils eussent du pain. Il les logea dans les bonnes habitations des Mameluks, et leur recommanda surtout de respecter les femmes. Ils avaient trouvé en Égypte des ânes superbes et en grand nombre. C'était un grand plaisir pour eux de se faire porter dans les environs et de galoper sur ces animaux à travers les campagnes. Leur vivacité causa quelques accidens aux graves habitans du Caire. Il fallut défendre de traverser les rues trop vite. La cavalerie était montée sur les plus beaux chevaux du monde, c'est-à-dire sur les chevaux arabes enlevés aux Mameluks.
Bonaparte s'occupa aussi de maintenir les relations avec les contrées voisines, afin de conserver et de s'approprier le riche commerce de l'Égypte. Il nomma lui-même l'émir-haggi. C'est un officier choisi annuellement au Caire, pour protéger la grande caravane de la Mecque. Il écrivit à tous les consuls français sur la côte de Barbarie, pour avertir les deys que l'émir-haggi était nommé, et que les caravanes pouvaient partir. Il fît écrire par les scheiks au shérif de la Mecque, que les pèlerins seraient protégés, et que les caravanes trouveraient sûreté et protection. Le pacha du Caire avait suivi Ibrahim-Bey à Belbeys. Bonaparte lui écrivit, ainsi qu'aux divers pachas de Saint-Jean-d'Acre et de Damas, pour les assurer des bonnes dispositions des Français envers la Sublime-Porte. Ces dernières précautions étaient malheureusement inutiles, et les officiers de la Porte se persuadaient difficilement que les Français, qui venaient envahir une des plus riches provinces de leur souverain, fussent réellement ses amis.
Les Arabes étaient frappés du caractère du jeune conquérant. Ils ne comprenaient pas qu'un mortel qui lançait la foudre fût aussi clément. Ils l'appelaient le digne enfant du prophète, le favori du grand Allah; ils avaient chanté dans la grande mosquée la litanie suivante: