Les négociations de Rastadt se poursuivaient avec succès pour la France. Treilhard, devenu directeur, et Bonaparte parti pour l'Égypte, avaient été remplacés au congrès par Jean Debry et Roberjot. Après avoir obtenu la ligne du Rhin, il restait à résoudre une foule de questions militaires, politiques, commerciales. Notre députation était devenue extrêmement exigeante, et demandait beaucoup plus qu'elle n'avait droit d'obtenir. Elle voulait d'abord toutes les îles du Rhin, ce qui était un article important, surtout sous le rapport militaire. Elle voulait ensuite garder Kehl et son territoire, vis-à-vis Strasbourg; Cassel et son territoire, vis-à-vis Mayence. Elle voulait que le pont commercial entre les deux Brisach fût rétabli; que cinquante arpens de terrain nous fussent accordés en face de l'ancien pont de Huningue, et que l'importante forteresse d'Ehrenbreitstein fût démolie. Elle demandait ensuite que la navigation du Rhin, et de tous les fleuves d'Allemagne aboutissant au Rhin, fût libre, que tous les droits de péage fussent abolis; que les marchandises fussent, sur les deux rives, soumises à un même droit de douane; que les chemins de halage fussent conservés, et entretenus par les riverains. Elle demandait enfin une dernière condition fort importante, c'est que les dettes des pays de la rive gauche cédés à la France fussent transportées sur les pays de la rive droite, destinés à être donnés en indemnité.
La députation de l'Empire répondit avec raison que la ligne du Rhin devait présenter une sûreté égale aux deux nations; que c'était la raison d'une sûreté égale, qui avait été surtout alléguée, pour faire accorder cette ligne à la France; mais que cette sûreté n'existerait plus pour l'Allemagne, si la France gardait tous les points offensifs, soit en se réservant les îles, soit en gardant Cassel et Kehl, et cinquante arpens vis-à-vis Huningue, etc. La députation de l'Empire ne voulut donc pas admettre les demandes de la France, et proposa pour véritable ligne du partage, le thalweg, c'est-à-dire le milieu du principal bras navigable. Toutes les îles qui étaient à droite de cette ligne devaient appartenir à l'Allemagne, toutes celles qui étaient à gauche devaient appartenir à la France. De cette manière, on plaçait entre les deux peuples le véritable obstacle qui fait d'un fleuve une ligne militaire, c'est-à-dire le principal bras navigable. Par suite de ce principe, la députation demandait la démolition de Cassel et de Kehl, et refusait les cinquante arpens vis-à-vis Huningue. Elle ne voulait pas que la France conservât aucun point offensif, lorsque l'Allemagne les perdait tous. Elle refusait avec moins de raison la démolition d'Ehrenbreitstein, qui était incompatible avec la sûreté de la ville de Coblentz. Elle accordait la libre navigation du Rhin, mais elle la demandait pour toute l'étendue de son cours, et voulait que la France obligeât la république batave à reconnaître cette liberté. Quant à la libre navigation des fleuves de l'intérieur de l'Allemagne, cet article dépassait, disait-elle, sa compétence, et regardait chaque état individuellement. Elle accordait le chemin de halage. Elle voulait que tout ce qui était relatif aux péages et à leur abolition fût renvoyé à un traité de commerce. Elle voulait enfin, relativement aux pays de la rive gauche cédés à la France, que leurs dettes restassent à leur charge, par le principe que la dette suit son gage, et que les biens de la noblesse immédiate fussent considérés comme propriétés particulières, et conservés à ce titre. La députation demandait accessoirement que les troupes françaises évacuassent la rive droite et cessassent le blocus d'Ehrenbreitstein, parce qu'il réduisait les habitans à la famine.
Ces prétentions contraires donnèrent lieu à une suite de notes et de contre-notes, pendant tout l'été. Enfin, vers le mois de vendémiaire an VI (août et septembre 1798), le thalweg fut admis par la députation française. Le principal bras navigable fut pris pour limite entre la France et l'Allemagne, et les îles durent être partagées conséquemment à ce principe. La France consentit à la démolition de Cassel et de Kehl, mais elle exigea l'île de Pettersau, qui est placée dans le Rhin à peu près à la hauteur de Mayence, et qui est d'une grande importance pour cette place. L'Empire germanique consentit de son côté à la démolition d'Ehrenbreitstein. La libre navigation du Rhin et l'abolition des péages furent accordées. Il restait à s'entendre sur l'établissement des ponts commerciaux, sur les biens de la noblesse immédiate, sur l'application des lois de l'émigration dans les pays cédés, et sur les dettes de ces pays. Les princes séculiers avaient déclaré qu'il fallait faire toutes les concessions compatibles avec l'honneur et la sûreté de l'Empire, afin d'obtenir la paix, si nécessaire à l'Allemagne. Il était évident que la plupart de ces princes voulaient traiter; la Prusse les y engageait. Quant à l'Autriche, elle commençait à montrer des dispositions toutes contraires, et à exciter le ressentiment des princes ecclésiastiques contre la marche des négociations. Les députés de l'Empire, tout en se prononçant pour la paix, gardaient cependant la plus grande mesure, par la crainte que leur causait l'Autriche, et louvoyaient entre celle-ci et la Prusse. Quant aux ministres français, ils montraient une extrême raideur; ils vivaient à part, et dans une espèce d'isolement, comme tous nos ministres en Europe. Telle était la situation du congrès à la fin de l'été de l'an VI (1798).
Pendant que ces événemens se passaient en Orient et en Europe, la France, toujours chargée du soin de diriger les cinq républiques instituées autour d'elle, avait eu des soucis sans fin. C'étaient des difficultés continuelles pour y diriger l'esprit public, pour y faire vivre nos troupes, pour y mettre d'accord nos ambassadeurs avec nos généraux, pour y maintenir enfin la bonne harmonie avec les états voisins.
Presque partout il avait fallu faire comme en France, c'est-à-dire, après avoir frappé sur un parti, frapper bientôt sur l'autre. En Hollande on avait exécuté, le 3 pluviôse (22 janvier), une espèce de 18 fructidor pour écarter les fédéralistes, abolir les anciens règlemens, et donner au pays une constitution unitaire, à peu près semblable à celle de la France. Mais cette révolution avait tourné beaucoup trop au profit des démocrates. Ceux-ci s'étaient emparés de tous les pouvoirs. Après avoir exclu de l'assemblée nationale tous les députés qui leur paraissaient suspects, ils s'étaient eux-mêmes constitués en directoire et en deux conseils, sans recourir à de nouvelles élections. Ils avaient voulu par là imiter la convention nationale de France, et ses fameux décrets des 15 et 18 fructidor. Ils s'étaient entièrement emparés depuis de la direction des affaires, et ils sortaient de la ligne où le directoire français voulait maintenir toutes les républiques confiées à ses soins. Le général Daendels, l'un des hommes les plus distingués du parti modéré, vint à Paris, s'entendit avec nos directeurs, et repartit pour aller en Hollande porter aux démocrates le coup qu'on leur avait récemment porté à Paris, en les excluant du corps législatif par les scissions. Ainsi, tout ce qu'on faisait en France, il fallait immédiatement après le répéter dans les états qui dépendaient d'elle. Joubert eut ordre d'appuyer Daendels. Celui-ci se réunit aux ministres, et avec le secours des troupes bataves et françaises, dispersa le directoire et les conseils, forma un gouvernement provisoire, et fit ordonner de nouvelles élections. Le ministre de France, Delacroix, qui avait appuyé les démocrates, fut rappelé. Ces scènes produisirent leur effet accoutumé. On ne manqua pas de dire que les constitutions républicaines ne pouvaient marcher seules, qu'à chaque instant il fallait le levier des baïonnettes, et que les nouveaux états se trouvaient sous la dépendance la plus complète de la France.
En Suisse, l'établissement de la république une et indivisible n'avait pas pu se faire sans combats. Les petits cantons de Schwitz, Zug, Glaris, excités par les prêtres et les aristocrates suisses, avaient juré de s'opposer à l'adoption du régime nouveau. Le général Schauembourg, sans vouloir les réduire par la force, avait interdit toute communication des autres cantons avec ceux-ci. Les petits cantons réfractaires coururent aussitôt aux armes et envahirent Lucerne, où ils pillèrent et dévastèrent. Schauembourg marcha sur eux, et après quelques combats opiniâtres, les réduisit à demander la paix. Le gage de cette paix avait été l'acceptation de la constitution nouvelle. Il fallut employer aussi le fer et même le feu pour réprimer les paysans du Haut-Valais, qui avaient fait une descente dans le Bas-Valais, dans le but d'y rétablir leur domination. Malgré ces obstacles, en prairial (mai 1798), la constitution était partout en vigueur. Le gouvernement helvétique était réuni à Arau. Composé d'un directoire et de deux conseils, il commençait à s'essayer dans l'administration du pays. Le nouveau commissaire français était Rapinat, beau-frère de Rewbell. Le gouvernement helvétique devait s'entendre avec Rapinat pour l'administration des affaires. Les circonstances rendaient cette administration difficile. Les prêtres et les aristocrates, postés dans les montagnes, épiaient le moment favorable pour soulever de nouveau la population. Il fallait se tenir en garde contre eux, nourrir et satisfaire l'armée française qu'on avait à leur opposer, organiser l'administration, et se mettre en mesure d'exister bientôt d'une manière indépendante. Cette tâche n'était pas moins difficile pour le gouvernement helvétique que pour le commissaire français placé auprès de lui.
Il était naturel que la France s'emparât des caisses appartenant aux anciens cantons aristocratiques, pour payer les frais de la guerre. L'argent contenu dans les caisses, et les approvisionnemens renfermés dans les magasins formés par les ci-devant cantons, lui étaient indispensables pour faire vivre son armée. C'était l'exercice le plus ordinaire du droit de conquête; elle aurait pu sans doute renoncer à ce droit, mais la nécessité la forçait d'en user dans le moment. Rapinat eut donc ordre de mettre le scellé sur toutes les caisses. Beaucoup de Suisses, même parmi ceux qui avaient souhaité la révolution, trouvèrent fort mauvais qu'on s'emparât du pécule et des magasins des anciens gouvernemens. Les Suisses sont, comme tous les montagnards, sages et braves, mais d'une extrême avarice. Ils voulaient bien qu'on leur apportât la liberté, qu'on les débarrassât de leurs oligarques, mais ils ne voulaient pas faire les frais de la guerre. Tandis que la Hollande et l'Italie avaient souffert, presque sans se plaindre, le fardeau énorme des campagnes les plus longues et les plus dévastatrices, les patriotes suisses jetèrent les hauts cris pour quelques millions dont on s'empara. Le directoire helvétique fit de son côté apposer de nouveaux scellés sur ceux qui venaient d'être apposés par Rapinat, et protesta ainsi contre la mesure qui mettait les caisses à la disposition de la France. Rapinat fit sur-le-champ enlever les scellés du directoire helvétique, et déclara à ce directoire qu'il était borné aux fonctions administratives, qu'il ne pouvait rien contre l'autorité de la France, et qu'à l'avenir ses lois et ses décrets n'auraient de vigueur qu'autant qu'ils ne contiendraient rien de contraire aux arrêtés du commissaire et du général français. Les ennemis de la révolution, et il s'en était glissé plus d'un dans les conseils helvétiques, triomphèrent de cette lutte et crièrent à la tyrannie. Ils dirent que leur indépendance était violée, et que la république française, qui avait prétendu leur apporter la liberté, ne leur apportait en réalité que l'asservissement et la misère. L'opposition ne se manifestait pas seulement dans les conseils, elle était aussi dans le directoire et dans les autorités locales. A Lucerne et à Berne, d'anciens aristocrates occupaient les administrations; ils apportaient des obstacles de toute espèce à la levée de quinze millions frappés sur les anciennes familles nobles pour les besoins de l'armée. Rapinat prit sur lui de purger le gouvernement et les administrations helvétiques. Par une lettre du 28 prairial (16 juin), il demanda au gouvernement helvétique la démission de deux directeurs, les nommés Bay et Pfiffer, celle du ministre des affaires étrangères, et le renouvellement des chambres administratives de Lucerne et de Berne. Cette demande, faite avec le ton d'un ordre, ne pouvait être refusée. Les démissions furent données sur-le-champ; mais la rudesse avec laquelle se conduisit Rapinat fit élever de nouveaux cris, et mit tous les torts de son côté. Il compromettait en effet son gouvernement, en violant ouvertement les formes pour faire des changemens qu'il eût été facile d'obtenir par d'autres moyens. Sur-le-champ, le directoire français écrivit au directoire helvétique pour désapprouver la conduite de Rapinat, et pour donner satisfaction de cette violation de toutes les formes. Rapinat fut rappelé; néanmoins les membres démissionnaires demeurèrent exclus. Les conseils helvétiques nommèrent, pour remplacer les deux directeurs démissionnaires, Ochs, l'auteur de la constitution, et le colonel Laharpe, le frère du général mort en Italie, l'un des auteurs de la révolution du canton de Vaud, et l'un des citoyens les plus probes et les mieux intentionnés de son pays.
Une alliance offensive et défensive fut conclue entre les républiques helvétique et française le 2 fructidor (19 août). D'après ce traité, celle des deux puissances qui était en guerre avait droit de requérir l'intervention de l'autre et de lui demander un secours dont la force devait être déterminée suivant les circonstances. La puissance requérante devait payer les troupes fournies par l'autre; la libre navigation de tous les fleuves de la Suisse et de la France était réciproquement stipulée. Deux routes devaient être ouvertes, l'une de France à la Cisalpine, en traversant le Valais et le Simplon, l'autre de France en Souabe, en remontant le Rhin et en suivant la rive orientale du lac de Constance. Dans ce système des républiques unies, la France s'assurait deux grandes routes militaires pour se rendre dans les états de ses alliés, et être en mesure de déboucher rapidement en Italie ou en Allemagne. On a dit que ces deux routes transportaient le théâtre de la guerre dans les états alliés. Ce n'étaient pas les routes, mais l'alliance avec la France qui exposait ces états à devenir le théâtre de la guerre. Les routes n'étaient qu'un moyen d'accourir plus tôt et de les protéger à temps, en prenant l'offensive en Allemagne ou en Italie.
La ville de Genève fut réunie à la France, ainsi que la ville de Mulhausen. Les bailliages italiens, qui avaient long-temps hésité entre la Cisalpine et la république helvétique, se déclarèrent pour celle-ci, et votèrent leur réunion. Les ligues grises, que le directoire aurait voulu réunir à la Suisse, étaient partagées en deux factions rivales, et balançaient entre la domination autrichienne et la domination helvétique. Nos troupes les observaient. Les moines et les agens étrangers amenèrent un nouveau désastre dans l'Underwalden. Ils firent soulever les paysans de cette vallée contre les troupes françaises. Un combat des plus acharnés eut lieu à Stanz, et il fallut mettre le feu à ce malheureux bourg pour en chasser les fanatiques qui s'y étaient établis.
Les mêmes difficultés se présentaient de l'autre côté des Alpes. Une espèce d'anarchie régnait entre les sujets des nouveaux états et leurs gouvernemens, entre ces gouvernemens et nos armées, entre nos ambassadeurs et nos généraux. C'était une épouvantable confusion. La petite république ligurienne était acharnée contre le Piémont, et voulait à tout prix y introduire la révolution. Grand nombre de démocrates piémontais s'étaient réfugiés dans son sein, et en étaient sortis armés et organisés, pour faire des incursions dans leur pays, et essayer d'y renverser le gouvernement royal. Une autre bande était partie du côté de la Cisalpine, et s'était avancée par Domo-d'Ossola. Mais ces tentatives furent repoussées et une foule de victimes inutilement sacrifiées. La république ligurienne n'avait pas renoncé pour cela à harceler le gouvernement de Piémont; elle recueillait et armait de nouveaux réfugiés, et voulait elle-même faire la guerre. Notre ministre à Gênes, Sotin, avait la plus grande peine à la contenir. De son côté, notre ministre à Turin, Ginguené, n'avait pas moins de peine à répondre aux plaintes continuelles du Piémont, et à le modérer dans ses projets de vengeance contre les patriotes.