Le brave et infortuné Latouche-Tréville, dévoré par un mal incomplétement guéri, et par une ardeur dont il n'était pas maître, succomba le 20 août, dans le port de Toulon, à la veille de mettre à la voile. Napoléon apprit ce triste événement à Boulogne, dans les derniers jours d'août 1804, au moment où, prêt à s'embarquer, il était cependant saisi de quelques pressentiments de coalition européenne, et tenté parfois de porter ses coups ailleurs qu'à Londres. La flotte de Toulon ayant perdu son chef, il fallait forcément ajourner l'expédition d'Angleterre, car choisir un nouvel amiral, le nommer, l'envoyer, lui donner le temps de faire connaissance avec son escadre, tout cela exigeait plus d'un mois. Or on avait atteint la fin d'août; on était donc conduit en octobre, pour le départ de Toulon, et en novembre pour l'arrivée dans la Manche. C'était dès lors une campagne d'hiver à faire, et de nouvelles combinaisons à imaginer.
Sept. 1804.
Napoléon chercha tout de suite quel homme il nommerait à la place de l'amiral Latouche. «Il n'y a pas un moment à perdre, écrivit-il au ministre Decrès, pour envoyer un amiral qui puisse commander l'escadre de Toulon. Elle ne peut pas être plus mal qu'elle n'est aujourd'hui entre les mains de Dumanoir, qui n'est pas capable de maintenir la discipline dans une si grande escadre, ni de la faire agir... Il me paraît que pour l'escadre de Toulon, il n'y a que trois hommes, Bruix, Villeneuve, ou Rosily. Vous pouvez sonder Bruix. Je crois à Rosily de la bonne volonté, mais il n'a rien fait depuis quinze ans... Toutefois il y a une chose urgente, c'est de prendre un parti...»
(28 août 1804.)
Napoléon, obligé de différer son expédition, songe à rendre permanent l'établissement naval et militaire créé à Boulogne.
À partir de ce jour, il reconnut que l'établissement naval et militaire qu'il avait créé à Boulogne, serait moins passager qu'il ne l'avait supposé d'abord, et il s'occupa sur les lieux mêmes d'en simplifier l'organisation, pour la rendre moins coûteuse, et pour ajouter aussi à sa perfection sous le rapport des manœuvres. «La flottille, écrivait-il à Decrès, a été considérée jusqu'ici comme d'expédition; il faut la considérer désormais comme établissement fixe, et dès ce moment porter la plus grande attention à tout ce qui doit être immuable, en la régissant par d'autres règles que l'escadre.»
(18 septembre 1804.—23 fructidor an XII.)
Il simplifia, en effet, les rouages administratifs, supprima beaucoup de doubles emplois, provenant du rapprochement des armées de terre et de mer, révisa tous les appointements, s'occupa, en un mot, de faire de la flottille de Boulogne une organisation à part, qui, coûtant le moins possible, pourrait durer autant que la guerre, et continuer d'exister dans le cas où l'armée serait obligée de quitter pour un moment les côtes de la Manche.
Il imagina aussi la division en escadrilles, pour mettre plus d'ordre dans les mouvements de ces 2,300 bâtiments. La distribution définitivement adoptée fut la suivante: neuf chaloupes ou bateaux canonniers formaient une section, et portaient un bataillon; deux de ces sections formaient une division, et portaient un régiment. Les péniches, ne pouvant contenir que la moitié moins de monde, devaient être doubles en nombre. La division de péniches était composée de 4 sections, ou 36 péniches, au lieu de 18, afin de suffire à un régiment de deux bataillons. Plusieurs divisions de chaloupes, bateaux et péniches, formaient une escadrille, et devaient transporter plusieurs régiments, c'est-à-dire, un corps d'armée. À chaque escadrille étaient joints un certain nombre de ces bâtiments de pêche ou de cabotage, qu'on avait disposés pour embarquer les chevaux de la cavalerie et les gros bagages. La flottille tout entière était divisée en huit escadrilles, deux à Étaples pour le corps du maréchal Ney, quatre à Boulogne pour le corps du maréchal Soult, deux à Wimereux pour l'avant-garde et la réserve. Le port d'Ambleteuse, dans le nouveau projet qu'on avait eu le temps de mûrir, était destiné à la flottille batave, et celle-ci était chargée de transporter le corps du maréchal Davout. Chaque escadrille était dirigée par un officier supérieur, et manœuvrait en mer d'une manière indépendante, quoique combinée avec l'ensemble des opérations. De la sorte, les distributions de la flottille se trouvaient complétement adaptées à celles de l'armée.