Napoléon se montra peu ému de cet incident, et affecta de dire qu'il était difficile d'assassiner un homme tel que lui. Il comptait, outre la difficulté de l'approcher, sur le prestige de sa gloire, et sur sa fortune, à laquelle il avait confié tant de fois sa vie avec une insouciance héroïque. Une réflexion néanmoins le préoccupa beaucoup: c'est que ce n'était plus la révolution française, mais lui, lui seul, qui devenait l'objet de la haine universelle, comme l'auteur unique des maux du siècle, comme la cause de l'agitation incessante et terrible du monde. Déjà l'Europe ne nommait plus que lui dans ses douleurs. Que ne tirait-il de la bouche de ce fanatique une leçon profonde et durable, au lieu d'une impression passagère, mêlée d'une certaine pitié pour son assassin, et de quelque tristesse pour lui-même! Tout en effet révélait qu'un sentiment violent lent naissait dans les âmes, car la police recueillit plus d'un propos attestant des pensées d'assassinat; elle obtint même la révélation d'un soldat à qui, dans l'île de Lobau, on avait fait la proposition de tuer l'Empereur.
Départ de Napoléon pour Munich avant d'avoir reçu la ratification du traité de paix. Napoléon commençait à sentir son isolement moral, et se promit d'y penser; mais il ordonna de ne faire aucun bruit de cette aventure[32], songea même un instant à gracier le coupable, puis réfléchissant qu'il fallait effrayer les jeunes fanatiques allemands, il livra Staaps à une commission militaire, et partit dans la nuit du 15 octobre, laissant l'ordre de lui faire savoir à Passau, à l'aide de signaux, ce qu'on aurait résolu à Dotis. Ces signaux étaient organisés de Vienne à Strasbourg, le long du Danube, au moyen de pavillons. Un pavillon blanc lui apprendrait que la paix était ratifiée, un pavillon rouge qu'elle ne l'était pas; et il se proposait dans ce dernier cas de revenir sur-le-champ pour reprendre les hostilités. L'évacuation, au contraire, devait commencer sans délai, si la paix était ratifiée. En se retirant on devait faire sauter les fortifications de Vienne, de Brünn, de Raab, de Grätz, de Klagenfurth, triste adieu aux Autrichiens, mais conforme aux droits de la guerre.
Pendant que Napoléon remontait rapidement la vallée du Danube, au milieu des colonnes de sa garde qui était déjà en marche vers Strasbourg, et qui le saluait de ses acclamations, la cour de Dotis avait reçu avec une sorte de désespoir le traité conclu à Vienne. Vainement MM. de Liechtenstein et de Bubna firent-ils valoir l'impossibilité où ils s'étaient trouvés d'obtenir mieux, et la certitude qu'ils avaient acquise d'une reprise immédiate d'hostilités s'ils n'avaient pas cédé, on les accabla de reproches durs et violents. Les diplomates, si souvent raillés pour leur lenteur par les militaires, se vengèrent de ceux-ci en les taxant de duperie. Disgrâce de MM. de Bubna et de Liechtenstein, et ratifications du traité de Vienne. M. de Liechtenstein, malgré la gloire dont il s'était couvert dans la dernière campagne, M. de Bubna, malgré la faveur dont il jouissait, furent pour ainsi dire frappés de disgrâce, et renvoyés à l'armée. Toutefois on accepta le traité dont on disait tant de mal, pour n'avoir pas la guerre avec Napoléon, et surtout pour ne pas arracher à ce bon peuple autrichien une paix dont Napoléon l'avait mis en possession par une publication anticipée. On choisit un nouveau négociateur, M. de Urbna, grand chambellan de l'empereur, pour porter les ratifications, avec mission de réclamer quelques changements dans le chiffre et les échéances de la contribution de guerre. Ces réclamations, écoutées avec politesse, mais renvoyées à l'Empereur, furent suivies de l'échange immédiat des ratifications, qui eut lieu le 20 octobre au matin. Sur-le-champ le prince Berthier, qui n'attendait que ce signal pour commencer l'évacuation, ordonna au maréchal Oudinot, qui campait sous Vienne, de se mettre en mouvement pour suivre sur la route de Strasbourg la garde impériale; au maréchal Davout de se rendre de Brünn à Vienne; au maréchal Masséna de se rendre de Znaïm à Krems; au maréchal Marmont, qui campait à Krems, de prendre par Saint-Polten et Lilienfeld la route de Laybach; au prince Eugène de prendre par Œdenbourg et Léoben celle d'Italie. En même temps il ordonna de mettre le feu aux mines pratiquées sous les remparts de la capitale, et tandis que les Viennois regardaient partir nos troupes avec des yeux où ne se peignait plus la colère, ils entendirent les détonations répétées qui leur annonçaient la destruction de leurs murailles. Ils en furent vivement affectés, et peut-être aurait-on pu leur épargner cette dernière affliction, en renonçant à un acte de prévoyance d'une utilité fort douteuse.
Départ de Napoléon pour Paris. Napoléon s'était d'abord rendu à Passau, pour y ordonner les travaux au moyen desquels il voulait faire de cette ville une grande place de la confédération. Les signaux lui ayant appris qu'il n'y avait rien de nouveau, il s'était rendu à Munich, où il avait attendu dans la famille du prince Eugène les dépêches qui devaient le ramener à Paris ou à Vienne. Un courrier lui ayant enfin apporté la nouvelle des ratifications, il fit ses adieux à ses alliés, agrandis encore une fois par sa protection, et il partit pour la France, où s'étaient accumulées de graves affaires, trop longtemps négligées ou trop brusquement conduites, pendant qu'il les dirigeait du milieu des champs de bataille.
Au nombre des affaires qui attendent Napoléon à son arrivée, se trouve celle de Rome. Au nombre des affaires qui allaient l'assaillir, la plus sérieuse, la plus affligeante, était celle de Rome, dont il est temps de faire connaître les tristes vicissitudes. On se souvient sans doute que lorsque Napoléon, disposé à détruire le vieil ordre de choses européen, voulut rompre avec la maison d'Espagne et avec le Pape, il s'empara des Légations, qu'il attacha au royaume d'Italie sous le titre de départements, et fit occuper Rome par le général Miollis. Pour justifier cette occupation, il avait prétexté la nécessité de lier par le centre de la Péninsule ses armées du nord et du midi de l'Italie, et en outre le besoin de se prémunir contre les menées hostiles dont Rome était constamment le théâtre. Longue suite de démêlés de Napoléon avec Pie VII. À partir de ce jour la situation était devenue intolérable. Le Pape ayant quitté le Vatican pour le Quirinal, s'était enfermé dans ce dernier palais comme dans une forteresse, et y avait donné lieu à des scènes aussi déplorables pour le pouvoir oppresseur que pour le pouvoir opprimé. Le général Miollis, condamné à un rôle des plus ingrats, pour lequel il n'était pas fait, car cet intrépide soldat était aussi cultivé par l'esprit que ferme par le cœur, le général Miollis s'efforçait vainement d'adoucir sa mission. Situation du Pape, enfermé dans le palais Quirinal. Pie VII, indigné au plus haut point comme pontife de la violence exercée envers l'Église, ulcéré comme prince de l'ingratitude de Napoléon, qu'il était allé sacrer à Paris, ne pouvait plus contenir les sentiments auxquels il était en proie, et qui, sans diminuer le tendre et religieux intérêt qu'il méritait, lui faisaient perdre une partie de sa dignité. Le général Miollis ayant voulu le visiter au premier de l'an à la tête de son état-major, il avait refusé de le recevoir. Les cardinaux, de leur côté, n'avaient pas accepté les invitations que le général leur adressait, sous prétexte qu'ils étaient malades, et celui-ci avait affecté d'envoyer chercher de leurs nouvelles. Enfin le Pape n'ayant plus les caisses romaines à sa disposition, et résolu à ne rien demander, avait mis en gage la belle tiare dont Napoléon lui avait fait présent lors du couronnement; triste commerce d'épigrammes, qui n'aurait pas dû rabaisser les rapports déjà si difficiles qu'avaient entre elles des puissances si différemment grandes. Il n'était pas possible que de ces procédés offensants on ne vînt bientôt aux violences. Comme on avait appris que le Pape adressait des protestations aux cours étrangères, on avait arrêté ses courriers, ce qui prouvait suffisamment la vérité autrefois si bien comprise par le Premier Consul, que, pour être indépendant, le Pape devait être souverain temporel du territoire dans lequel il résidait. Pie VII se disant alors prisonnier n'avait plus voulu correspondre avec personne, pas plus avec le gouvernement français qu'avec d'autres.
Les troupes romaines, adroitement flattées par le général Miollis, qui leur avait persuadé qu'en se laissant incorporer dans les troupes françaises elles cesseraient de porter le vieux sobriquet de soldats du Pape, avaient consenti à cette incorporation. Le Pape voulant les punir en les dénationalisant, avait changé l'uniforme et la cocarde des troupes romaines, et n'avait accordé cette nouvelle cocarde qu'aux troupes qui lui étaient restées fidèles, c'est-à-dire à la garde noble et à la garde suisse qui occupaient son palais. Bientôt les jeunes gens de famille qui composaient la garde noble, blessés de ce qu'éprouvait leur souverain, avaient bravé les Français avec une arrogance qui, dans leur position, était un courage méritoire. Désarmement de la garde noble dans le propre palais du Pape. Le général français, à son tour, cédant à un sentiment de fierté blessée, avait envahi le Quirinal, enfoncé les portes, et désarmé la garde noble, dans le propre palais du souverain pontife. Après un tel outrage il n'y avait plus aucune violence qu'on ne pût se permettre. Pie VII, depuis qu'il s'était privé du cardinal Consalvi, avait pris successivement pour secrétaires d'État le cardinal Gabrielli et le cardinal Pacca. On avait voulu arrêter ce dernier au milieu du Quirinal, mais le Pape, déployant en cette occasion toute la majesté de son âge et de sa dignité suprême, était venu en habits pontificaux couvrir son secrétaire d'État, qu'on n'avait pas osé saisir en sa présence. Depuis il l'avait fait coucher dans une chambre à côté de la sienne, et il vivait au milieu de quelques domestiques fidèles, qui se succédaient pour veiller jour et nuit à toutes les issues du palais Quirinal, dont les portes et les fenêtres étaient constamment fermées.
Napoléon, ainsi entraîné dans une lutte acharnée contre le vieil ordre européen, lutte dont la déplorable catastrophe de Vincennes avait été le premier acte, dont la spoliation de Bayonne était le second, la captivité de Pie VII le troisième, et pas le moins triste, oubliait à l'égard du pontife tout ce qu'il devait de respect à son rang, à son âge, à ses vertus, tout ce qu'il devait de gratitude à sa conduite, et surtout de ménagement à une puissance qu'il avait rétablie, et qu'il ne pouvait renverser sans la plus déplorable inconséquence. Combien ne prêtait-il pas à rire de lui, tout grand qu'il était, aux quelques philosophes restés à Paris autour de MM. Sieyès, Cabanis, de Tracy, et qui avaient tant blâmé le Concordat! Plutôt en effet que d'en arriver aux scènes du Quirinal, il est bien certain qu'ils avaient eu raison de vouloir que les deux puissances, au lieu d'entrer en rapports et de signer des traités, s'oubliassent tout à fait, et vécussent comme entièrement étrangères l'une à l'autre!
Résolution prise par Napoléon d'enlever au Pape le gouvernement temporel. Mais Napoléon, aveuglé par la passion, oubliant qu'après s'être fait à Vincennes l'émule des régicides, qu'après s'être fait à Bayonne l'égal de ceux qui déclaraient la guerre à l'Europe pour y établir la république universelle, il se faisait au Quirinal l'égal au moins de ceux qui avaient détrôné Pie VI pour créer la république romaine, oubliant qu'il avait accablé les uns et les autres de mépris, et qu'il avait obtenu la couronne en affectant de ne pas leur ressembler, Napoléon avait bientôt mis le comble à ses procédés inouïs, en prenant la résolution de détrôner Pie VII, et de lui ôter le sceptre en lui laissant la tiare. Que ceux qui avaient imaginé la constitution civile du clergé, et créé la république romaine, en agissent ainsi, rien n'était plus simple et ne pouvait plus honorablement se justifier, puisqu'ils étaient convaincus! Mais l'auteur du Concordat se conduire de la sorte! C'était de sa part un oubli de lui-même, désolant pour les admirateurs de son rare génie, alarmant pour ceux qui songeaient à l'avenir de la France, impossible même à expliquer si on n'en tirait pas la leçon, tant de fois reproduite dans l'histoire, que l'homme le plus grand n'est plus qu'un enfant, dès que les passions s'emparent de lui.
Il faut que cette comédie finisse, avait dit Napoléon dans une de ses lettres, et il est vrai qu'elle ne pouvait pas durer davantage. Égorger le pontife, ce dont assurément le noble cœur de Napoléon était incapable, eût mieux valu que de le laisser au Quirinal s'agiter, se dégrader presque par l'irritation qu'il éprouvait. Décret du 17 mai qui abolit la puissance temporelle du Pape, et réunit à l'Empire les États du Saint-Siége. Napoléon avait donc pris le parti de supprimer la puissance temporelle du Pape, et il avait attendu pour prononcer sa sentence qu'il n'eût plus de ménagements à garder envers l'Autriche. Le 17 mai, en effet, après les batailles de Ratisbonne et d'Ébersberg, après l'entrée à Vienne, il avait, à Schœnbrunn, décrété la suppression de la puissance temporelle du Pape, et déclaré les États du Saint-Siége réunis à l'Empire. Application aux États romains des principes de la révolution française. Il avait nommé, pour administrer ces États, une consulte composée de princes et de bourgeois romains, proclamé l'abolition des substitutions, de l'inquisition, des couvents, des juridictions ecclésiastiques, et appliqué enfin à l'État romain tous les principes de 1789. Il avait laissé à Pie VII les palais de Rome, une liste civile de deux millions, et toute la représentation pontificale, disant que les Papes n'avaient pas besoin de la puissance temporelle pour exercer leur mission spirituelle, que cette mission même avait souffert de leur double rôle de pontifes et de souverains, qu'il ne changerait rien à l'Église, à ses dogmes, à ses rites, qu'il la laisserait indépendante, riche et respectée, mais que, successeur de Charlemagne, il retirait seulement la dotation d'un royaume temporel que cet empereur avait faite au Saint-Siége. Tout cela était dit en un langage impérieux, grandiose, spécieux, mais bien étrange dans la bouche de l'ancien Premier Consul!
Proclamation faite le 11 juin à Rome du décret du 17 mai. Ce décret fut publié à Rome le 11 juin à son de trompe, au milieu d'une population partagée, le bas peuple et le clergé indignés de la violence faite à leur pontife, les classes moyennes, quoique fort disposées à se passer du gouvernement ecclésiastique, se défiant singulièrement de ce qui venait de l'homme qui avait comprimé la révolution française. Le Pape n'attendait que ce dernier acte pour recourir aux seules armes qui restassent dans ses mains, celles de l'excommunication. Plus d'une fois il avait songé à s'en servir; mais la crainte de montrer émoussées des armes autrefois si puissantes, la crainte si elles retrouvaient quelque efficacité contre un prince d'origine nouvelle, de le pousser aux plus redoutables extrémités, avaient fait hésiter les conseillers du Saint-Siége. Néanmoins on était tombé d'accord que si la suppression de la puissance temporelle était décrétée, il fallait fulminer l'anathème. Dans la prévoyance de cet événement les bulles étaient toutes rédigées à l'avance, transcrites de la propre main du Pape, et signées. Elles prononçaient l'anathème avec ses conséquences non pas contre Napoléon nominativement, mais contre tous les auteurs et complices des actes de violence et de spoliation exercés sur le Saint-Siége et le patrimoine de Saint-Pierre. Le Pape lance contre Napoléon la bulle d'excommunication. À peine la publication du décret du 17 mai avait-elle eu lieu, qu'au moyen des intelligences pratiquées en dehors du Quirinal, des mains courageuses et fidèles affichèrent dans Saint-Pierre, et dans la plupart des églises de Rome, la bulle d'excommunication, qui osait frapper Napoléon sur son trône, et qui n'ayant plus pour elle la force du sentiment religieux depuis longtemps affaibli, en devait trouver une cependant dans la justice humaine, révoltée des violences, des ingratitudes commises par le guerrier envers le pontife qui l'avait sacré.