Le cardinal tenant à conserver le siége de Lyon, dont il était à la fois titulaire nommé et institué, persistait à s'appeler cardinal archevêque de Lyon, simple administrateur du diocèse de Paris. Pour rendre plus visible la situation qu'il avait prise, il n'habitait point l'archevêché de Paris, mais un hôtel qu'il possédait rue du Mont-Blanc. Napoléon avait d'abord supporté cette conduite équivoque pendant qu'il laissait languir les affaires de l'Église. Mais arrivé au moment de s'en occuper sérieusement, et s'étant par hasard transporté à Notre-Dame pour faire on ne sait quelle visite des lieux, il n'y avait point rencontré le cardinal Fesch. Cette circonstance lui avait fait sentir vivement l'inconvenance de la position prise par son oncle, et il avait dit que lorsqu'il honorait de sa visite le clergé de la métropole, il voulait trouver l'archevêque de Paris au pied des tours de Notre-Dame.—Après Forcé d'opter, le cardinal Fesch se prononce pour l'archevêché de Lyon, et renonce à l'archevêché de Paris. cette apostrophe, transmise par le ministre des cultes, il lui avait fait demander son option immédiate entre les deux siéges. Obligé de choisir, le cardinal oncle avait jugé plus sûr, plus conforme à sa politique ordinaire, de se prononcer pour le clergé orthodoxe, et avait opté pour Lyon, siége dont il était canoniquement investi. Aussitôt un cri s'était élevé dans toutes les sacristies de France en faveur du prélat si désintéressé, si fidèle à l'Église, qui faisait pour elle de si nobles sacrifices, et on avait partout exalté son courage et son abnégation. Nomination du cardinal Maury à l'archevêché de Paris. Napoléon avait répliqué par un choix éclatant, et qui devait exciter au plus haut degré la jalousie de son oncle, il avait nommé le cardinal Maury archevêque de Paris.
Cet illustre défenseur de l'Église, qui dans l'Assemblée constituante avait déployé tant d'éloquence, d'esprit et de courage, qui, par ses saillies, son sang-froid, avait défendu le clergé comme un gentilhomme formé à l'école de Voltaire aurait pu défendre l'aristocratie, retiré depuis à Rome où il avait vécu quinze années dans l'exil et la consolation des beaux livres, avait enfin accepté avec empressement l'occasion de rentrer dans sa patrie, et parce qu'il s'était montré reconnaissant envers Napoléon, auquel il devait son retour, il avait perdu en un jour le fruit de la plus glorieuse lutte, et d'idole du clergé et des royalistes était devenu l'objet de leur dédain, presque de leur haine. Ce personnage avait quelques-uns des défauts qui suivent parfois le talent, même la piété, il aimait la table, les propos familiers, ne s'était pas corrigé de ces défauts en Italie, et fournissait ainsi aux hypocrites médiocrités de l'Église des prétextes pour le dénigrer. Aussi malgré son esprit et sa gloire n'avait-il pas grande influence sur le clergé. Le cardinal Fesch en particulier nourrissait contre lui la plus ardente jalousie, et Napoléon, qui n'avait pas été fâché de causer à son oncle le double chagrin de nommer au siége de Paris, et d'y nommer un personnage célèbre, n'avait guère réussi à lui opposer un contre-poids, car tous les talents du cardinal Maury ne pouvaient lutter d'influence avec l'hypocrisie, le pédantisme, l'ingratitude, et la parenté elle-même du cardinal Fesch.
Difficultés qu'on suscite au cardinal Maury dans l'administration du diocèse de Paris. Cette nomination à peine signée, Napoléon avait exigé que le cardinal Maury fût investi de l'administration du diocèse, ce que le chapitre n'avait pas osé refuser, mais ce qui était devenu l'occasion de tracasseries continuelles, et vraiment dégradantes pour le cardinal, pour son clergé, pour l'autorité impériale. On laissait bien le cardinal Maury administrer le diocèse, et présider aux cérémonies ordinaires, mais si, dans certaines solennités, il faisait, suivant un privilége de sa dignité, porter la croix devant lui, une partie du chapitre s'enfuyait de l'autel, laissant là les clercs inférieurs et les fidèles stupéfaits. Le soir on se réjouissait dans les cercles dévots et royalistes des échecs essuyés par l'ancien défenseur de l'Église et de l'aristocratie, devenu l'élu de la faveur impériale.
Le cardinal Maury s'était hâté d'écrire au Pape pour faire appel à son ancien attachement, et en obtenir, à défaut de bulles, l'entrée en possession provisoire du diocèse de Paris. On attendait la réponse du pontife, sans espérer qu'elle fût favorable.
Napoléon se hâte d'organiser par une suite de décrets le nouvel établissement pontifical, afin de l'imposer au Pape comme chose accomplie dans un prochain concordat. On voit quelles difficultés de tout genre suscitait cette administration provisoire des diocèses, mais Napoléon ne s'en inquiétait guère, dans la croyance où il était de conclure un arrangement prochain avec le Pape. Afin de le vaincre par des résolutions déjà prises, sur lesquelles personne ne pût se flatter de revenir, il s'était hâté de convertir en statut organique la réunion des États romains. Déjà il avait prononcé la réunion des duchés de Parme et de Plaisance sous le titre de département du Taro, et celle de la Toscane sous les titres de départements de l'Arno, de l'Ombrone et de la Méditerranée. Cette fois il réunit la province romaine sous les titres de départements de Trasimène et du Tibre. Rome déclarée seconde ville de l'Empire; l'héritier du trône qualifié roi de Rome; les papes appelés à résider tour à tour à Rome, à Paris et à Avignon. Dans le sénatus-consulte, l'un des plus célèbres du temps et des plus remarqués, il déclara Rome la seconde ville de l'Empire; il statua que l'héritier du trône, dont on annonçait la naissance comme si on avait eu le secret de la nature, porterait le titre de roi de Rome, et serait sacré successivement à Notre-Dame et à Saint-Pierre. Il décida en outre qu'un prince du sang tiendrait toujours une cour à Rome, que les papes résideraient auprès des empereurs, siégeraient alternativement à Rome et à Paris, jouiraient d'une riche dotation, prêteraient serment à l'Empire, et auraient autour d'eux les tribunaux de la pénitencerie, de la daterie, le sacré collége, tous les établissements en un mot de la chancellerie romaine, lesquels devaient être transportés à Paris et devenir dépenses impériales. À la suite de ces décisions, Napoléon ordonna immédiatement des travaux à l'archevêché de Paris, au Panthéon, à Saint-Denis, pour y recevoir le gouvernement pontifical et le Pontife lui-même. Il projeta également des travaux à Avignon, pour que le Pape, vivant habituellement à Paris auprès de lui, pût néanmoins se montrer aussi dans les diverses et antiques résidences de la papauté.
On se croit placé sous l'illusion d'un songe lorsqu'on entend raconter ces choses, que l'Église elle-même était loin alors de considérer comme impossibles! Mais Napoléon pensait qu'après quelques jours d'étonnement on s'habituerait à cet état nouveau, que le Pape résidant auprès de lui deviendrait plus traitable, que les cardinaux vivant en France prendraient un peu d'esprit français, et qu'enfin devant ce prodigieux spectacle, qui rappelait d'une manière si frappante l'ancien empire d'Occident, les contemporains ébahis laisseraient échapper de leur bouche vaincue le titre si envié d'Empereur d'Occident, titre auquel Napoléon a tout sacrifié, tout, jusqu'à son empire même!
Dans la persuasion où il s'entretenait complaisamment, Napoléon n'avait qu'un souci, c'était de se hâter, pour que l'arrangement avec le Pape, qu'il regardait comme prochain, embrassât tout ce qui pouvait toucher au régime de l'Église. Il s'occupa en effet de régler sur-le-champ l'établissement ecclésiastique qu'il faudrait laisser à Rome, de disloquer l'ancien, de reconstituer le nouveau, de manière que le Pape trouvant tout consommé quand on arriverait à des pourparlers, fût obligé d'accepter comme irrévocablement accomplis les changements qui lui déplairaient le plus.
Nouvelle organisation du clergé dans les anciens États pontificaux, et aliénation des biens de l'Église romaine. Il existait dans la Province romaine trente diocèses pour une population de 800 mille habitants, dont plusieurs sous le nom de siéges suburbicaires fournissaient des titres et des dotations aux principaux membres du sacré collége. Il existait en outre une innombrable quantité de couvents et de cures richement pourvus, et absorbant le revenu de biens considérables. Sans hésiter Napoléon abolit tous les siéges de l'État romain, à l'exception de trois qui furent dotés chacun de 30 mille francs de revenu, supprima les couvents d'hommes et de femmes, en allouant des pensions viagères aux membres des ordres supprimés, fit demander le serment à tous les curés, ordonna l'exil en Corse de ceux qui le refuseraient, et arrêta une nouvelle circonscription des cures, moins divisée et plus économique. Il ordonna également la suppression des ordres religieux en Toscane, dans Parme et Plaisance, ne laissa subsister que quelques couvents de femmes et quelques ordres voués à la bienfaisance, fit séquestrer tous les biens ecclésiastiques montant à Rome à 250 millions, en consacra 100 à la dette romaine, aux hospices, aux nouveaux siéges, aux cures conservées, et disposa des 150 restants au profit du domaine de l'État, auquel il les déclara réunis.
Ces décrets, rendus avec une incroyable promptitude, furent immédiatement expédiés à Rome pour être mis tout de suite à exécution. Trois colonnes d'infanterie furent dirigées d'Ancône, de Bologne, de Pérouse, sur Rome, pour apporter au général Miollis un renfort de neuf à dix mille hommes, en cas qu'il en eût besoin contre une population fort influencée par les moines. Ce général reçut l'ordre, au premier mouvement, de ne pas traiter les Romains avec plus de ménagements que des Espagnols.—Grâce à la paix, écrivait Napoléon, j'ai du temps, j'ai des troupes disponibles, et il faut en profiter pour terminer toutes les affaires en suspens. D'ailleurs dans deux mois je traiterai avec le Pape, et il faudra bien ou qu'il résiste, ce qui lui est impossible, ou qu'il s'arrange, ce qui le forcera d'accepter comme accomplis les changements que j'ai apportés à l'État de l'Église.—
Députation de cardinaux et d'évêques à Savone, pour faire accepter au Pape les nouveaux arrangements décrétés par Napoléon. Le projet de Napoléon était d'envoyer à Savone quelques cardinaux et quelques évêques, pour faire sentir au Pape qu'il était temps de s'entendre, car les intérêts les plus sacrés souffraient de ces longues dissensions; pour lui dire qu'après tout on ne touchait en rien aux dogmes de la religion, qu'on ne s'en prenait qu'à l'État temporel du pape, et qu'un pape vraiment attaché à la foi ne pouvait en compromettre le sort pour des intérêts purement temporels; que la France et l'Europe voyaient clairement ce dont il s'agissait; que l'on ne pouvait méconnaître dans Napoléon l'homme providentiel qui après avoir relevé l'Église, ne cessait de la protéger tous les jours, et d'étendre son action soit par la création de nouvelles cures, soit par l'établissement de l'influence religieuse dans l'éducation; que dans sa lutte avec le Pape on voyait non une querelle de religion, mais une querelle d'État; Langage que doivent tenir au Pape les députés qu'on lui envoie. que Napoléon voulant constituer l'Italie, avait comme tous les empereurs rencontré les papes pour adversaires, et qu'en politique prévoyant il avait voulu, dans la personne de Pie VII, se débarrasser non du pontife, mais du souverain temporel; que ce n'était pas en France apparemment que son ambition rencontrerait des improbateurs, que là même où elle pourrait en trouver, le Pape serait blâmé de sacrifier la foi à sa souveraineté princière; qu'il ferait donc mieux, avant que Napoléon fût amené peut-être à jouer le rôle de Henri VIII, d'accepter d'être le chef de l'Église, aux mêmes conditions que ses prédécesseurs l'avaient été sous les empereurs d'Occident, de sacrifier sa puissance temporelle désormais perdue à sa puissance spirituelle qui n'était pas menacée, et de ne pas s'exposer par une obstination folle à voir retrancher les deux tiers au moins du territoire européen de la communion romaine.—Telles étaient les raisons que Napoléon voulait faire parvenir au Saint-Père, et elles paraissaient d'autant plus plausibles, que la plus grande partie du clergé européen, placé comme tous les hommes sous l'impression du présent, qui agit sur les esprits avec la puissance des effets physiques, les jugeait soutenables et même concluantes. Napoléon choisit les cardinaux Spina et Caselli, qu'on supposait agréables au Pape, pour aller le visiter, l'entretenir, et lui faire une première ouverture s'ils le trouvaient bien disposé. Projet d'un concile. Si le Pape au contraire se montrait inabordable, Napoléon songeait à un autre moyen fort ordinaire dans l'ancien empire d'Occident, c'était de convoquer un concile, et d'y réunir l'Église chrétienne, dont il avait la presque totalité sous son autorité ou sous son influence, et qu'il se flattait de diriger à son gré. Il donnerait ainsi la paix à l'Église, comme il l'avait donnée à l'Europe, en traçant les conditions de cette paix avec la pointe de son épée.